明代學者王夫之就說過，方臘之反，與當時帝國的經濟情況無關，與蔡京施行的新法也無關，就是因為花石綱。
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明教，又稱作牟尼教或摩尼教，發源於古代波斯薩珊王朝，為西元3世紀中葉波斯人摩尼所創立，摩尼充分吸引了佛教、基督教、拜火教（瑣羅亞斯德教）教義中的因素，主張靈魂從肉體上徹底解脫，因而強調禁欲、食素。同時也包括了佛教的轉世說和敘利亞的天使說，教義核心簡單歸納為“二宗三際”，二宗指光明和黑暗，三際指初際中際後際（過去現在未來），現在是黑暗的，未來是光明的，光明的勢力必將戰勝黑暗的勢力，到達明界。摩尼本人則堅稱自己是佛祖、瑣羅亞斯德和耶穌的繼承者，是真主的先知。
明教在唐代傳入中國，但並沒有得到官方的認可合法普及，唐武宗禁佛的同時也把明教納入左道旁門加以禁止，到了北宋，趙氏王朝依然不承認明教的合法地位，禁止信奉明教，信奉者一旦被官府發覺，就要被流放，財產全部沒收，一半充公，一半獎勵告發者，明教隻能以地下宗教的形勢流傳發展。
北宋末浙江的明教由福建地區傳入，在當時的影響力很廣，僅溫州地區就有明教齋堂40多處，當時的明教布道者對原來的明教教義作了改良，他們不再尊外國神仙摩尼為祖，而是改拜太平道的始祖張角為教祖，同時也拜讀佛教的《金剛經》，中國的明教教徒和佛教徒一樣不吃肉、不喝酒、提倡素食，不事神佛祖先，提倡節約，死則簡葬，教徒之間提倡團結互助。
相對佛道二教，明教的受眾更偏向於最底層的勞苦大眾，更為反映農民階層的經濟願意和政治訴求，所以從宋代開始，曆代農民起義軍都喜歡把它作為宗教旗幟，煽動農民將造反進行到底。
第一個揭起這個旗幟的是方臘。
方臘是睦州青溪（今浙江杭州市淳安縣）人，當地人稱方十三，家住幫源洞（位於青溪縣西北70公裏的山穀中），家境還算良好，有大一片漆園，原來也衣食無憂，但後來因為趙佶派朱勔征花石綱，幫源洞盛產漆楮竹木，小地主方臘也因此受到造作局的榨取，日子一天比一天難過，信奉明教的方臘便漸漸起了和教友兄弟們反抗朝廷的心思。
政和六年（1116年），青溪地區又發生了大水災，天災人禍加上宗教壓製，睦州地區的農民群眾對朝廷的對抗情緒越來越激烈，方臘利用此機會，四處奔走說教，組織隊伍準備起義。
宣和二年（1120年）七月，方臘的活動被當地的大地主、幫源裏正方有常察覺，把方十三抓了起來，準備送官，但方臘還是逃了出來，大魚漏網後，方有常知道自身難保，舉家逃往歙縣（今屬安徽）七賢村，方臘有仇必報，十月，帶領幾百教徒去七賢村殺了方有常全家40餘口，然後返回幫源，舉行誓師大會，正式開始造反。
方臘起事在睦州等地如星火燎原，一發而不可收拾，短短的幾天時間，就有近十萬人加入了這個隊伍，十一月一日，方臘自稱聖公，以方肥為宰相，並設置各級將領官職，“以巾飾為別，自紅巾以上凡六等”，並改元永樂，使這支農民隊伍有的基本的組織和領導。
得知方臘起義後，青溪知縣陳光第一時間向兩浙路提點刑獄張苑彙報，張苑也及時向朝廷彙報，但消息到了帥哥宰相王黼手頭，王宰相認為朝廷現在的主要重心是組織兵力伐遼，並沒有將青溪這點芝麻小事放在心上，斥責張苑大驚小怪張皇生事。
張苑沒有辦法，隻有前往睦州與剛剛上任的睦州通判葉居中一起企圖招撫方臘，方臘剛起了個好頭，當然不可能輕易罷手。
招撫不成，睦州官方隻有采取武力鎮壓，兩浙地區最高軍事長官（兩浙路製置使）陳建派出5000千官兵，由兵馬都監蔡遵、顏坦率領前往青溪鎮壓起義軍，方臘在隊伍無兵甲少器械的情況下，在息坑威坪鎮（今淳安縣西北新安江北岸）設伏，一口吃掉官府的5000兵馬，擊斃蔡遵顏坦，並獲取了大量的裝備。
初戰大捷後，方臘一鼓作氣，於十一月二十九日攻克了青溪縣城，知縣陳光倉皇逃跑。隨即方臘率部二萬攻打睦州，睦州知州張徽言棄城逃跑，到是通判葉居中臨危不亂，率二千餘官兵主動出擊方臘，被方臘擊退後堅守睦州，但兵力太過於寡弱，方臘率兵強攻，十二月一日，睦州陷落，葉居中被半個月前他還企圖招降的方臘砍掉了腦袋。
睦州陷落，附近的縣城相繼被義軍占領。
方臘占領睦州後，目標劍指與睦州相領的江南東路的重鎮歙州（今安徽省徽州），當時的歙州知州是仁宗朝名臣曾公亮之子曾孝蘊，曾孝蘊對方臘起義十分重視，方臘剛在睦州起事，曾孝蘊就在歙州界內積極組織兵力布防，以備方臘來侵。
但此時的朝廷還沒有充分認識到方臘起義的嚴重性，他們認為同時期的活動於開封附近的宋江起義對帝國來說更有威脅，於是他們經驗老道的曾孝蘊調到青州去鎮壓宋江起義，而歙州方麵用沒什麼資曆和經驗的毛栗代理知州主持歙州全局，同時派東南第三將，有“病關索”（水滸一零八好漢中楊雄的外號）之稱郭師中率兵進駐歙州。
方臘大軍很快殺向歙州，病關索郭師中率兵出戰，被方臘不費吹灰之力斬落馬下，而歙州城內則發生了民變，打開城門迎接義軍，而代理知州毛栗坐在一把手的位置上沒兩天就被砍了頭，歙州及附近屬縣陷落。
打下歙州後，方臘調頭殺向了杭州，於十二月二十九日殺到杭州城下，杭州是東南重鎮，有朝廷重兵據守，要吃掉杭州，方臘必需證明他的有足夠好的牙口。
看到如洪水般的農民起義軍湧來，杭州知州趙霆嚇得差點尿褲子，撒腿就跑，把守城任務交給了製置使陳建和廉訪使（負責監察方麵長官）趙約。
起義軍發動猛攻，很快將杭州拿下，方臘入城後殺了製置使陳建和廉訪使趙約。
攻占杭州後方臘軍兵分兩路，一路由大將方七佛率兵六萬北上，攻占崇德、秀州（今浙江嘉興）；另一路由方臘親自率領，南下攻占婺州（今浙江金華）、衢州（今浙江衢縣）、處州等地。