方臘所到之處所向披靡，勢如破竹，僅僅用了三個月的時間，方臘便攻占了六州六十餘縣，隊伍擴展到了近百萬。終於驚醒了北宋帝國的高層，方臘，已經成為了帝國開國來最大的一次內亂。
和宋江比起來，方臘起事更顯得有組織有預謀有戰略，在幫源的起事誓師大會上，方臘就作了慷慨激昂的誓師演講，他指出現在東南一帶的百姓早已經不堪朝廷重負，他一旦起事，各州府的百姓必然會積極響應，他更是大膽的判斷，以帝國地方官員當下的行政辦事效率，至少在半年後才能組織兵力對他們進行有效的鎮壓。他方臘有半年的時間就一定能帶領兄弟們據有江表、畫江而守。
方臘的判斷是基本準確的，但是他沒有想到的是朝廷在經過初期的混亂後，竟然在非常短時間內組織了十五萬人的大軍南下平亂。
他的對手，是帝國軍界第一人，童貫。
宣和二年（1120年）十二月二十一日，趙佶任命童貫為並、淮、荊、浙諸路宣撫使，譚稹為製置使，王稟為統製，劉延慶都統諸路兵馬，把已經集中到京城準備北伐的陝西六路漢蕃精兵共十五萬兵馬全部南下，其中辛興宗楊惟宗統熙河兵、劉鎮統涇原兵；楊世可、趙明統環慶兵，黃迪統鄜延兵；馬公直領秦鳳兵；翼統領河東兵，加上東南第一將與第七將地方軍，近二十萬大軍征討伐方臘。
方臘起事之初判定朝廷最少在半年後才能調度大軍來對付他，但世事總有偏差，這些軍馬當初真不是為他準備的，這是方臘的不幸，其實也是童貫的不幸。
趙佶賦予了童貫全權處理東南軍事的大權，賜其禦筆，便宜行事。
童貫知道江浙的百姓是為什麼而反的，一到江浙，即使用了皇帝給他的禦筆，下手詔，把強征花綱石的罪過全賴在了朱勔父子的頭上，並革了朱勔父子的職，同時宣布罷花石綱。
此舉雖然不能使方臘放下屠刀回頭是岸，但有效的阻止的革命的烈火繼續擴散。
而剩下的需要在戰場上一見高下。
宣和三年正月，童貫命先頭部隊搶在起義軍的前麵占領江寧、鎮江二鎮，避免了方臘軍據長江天險據守，隨後，童家軍兵分二路，東路由王稟率領由蘇州南下，指向秀州；西路由劉鎮率領由宣州南下，指向歙州，童貫率餘部殿後。
王稟率軍抵秀州，方臘軍方七佛部正在攻秀州城，秀州守將王子武率部頑守，王稟殺到，二軍裏應外合，在秀州城下大敗方七佛，殲敵萬餘，方七佛率二萬殘部退往杭州。
二月，童貫主力到達杭州，杭州城有方臘的主力軍6萬餘和方七佛的2萬餘人，雙方兵力懸殊並不大。
雙方在杭州城下展開一次次激戰，方臘軍傷亡近二萬，二月二十八日，童貫占領杭州，方臘逃向富陽，後逃回家鄉幫源。童貫軍趁勢收複富陽新城、睦州。
東線戰事節節勝利的同時，西路的劉鎮也連傳捷報，在三月十三日攻占歙州。
三月底，劉光世又率鄜延兵、張思正率河東兵、姚平仲率涇原兵繼續增援。
四月七日，劉光世部占領衡州，殲敵2300人，斬首領鄭魔王；十七日，劉光世在婺州殲敵4千，複婺州，並占領了方臘最初起事的青溪縣。
在各路大軍的逼迫下，方臘的活動空間越來越小，最後退縮到老家幫源，想憑借幫源的有利地形（此處山巒眾多地形複雜）和政府軍打遊擊戰。
但是一方麵是深受農民起義之苦的大小地主們積極為政府軍當向導，另一方麵西北軍已經習慣在環境更為惡劣的西北和黨項人打遊擊戰，在複雜的地形條件下作戰反而是他們所長（此後到了北方平原反而不適應），幫源的地形並沒有對童貫大軍有多大的阻礙。
方臘軍退守幫源後，派兵駐守各進山要塞，最初政府軍強攻方臘本人親自把守的北山口，多次強攻都被擊退。
眼見戰局不利，劉鎮的西路軍劍走偏鋒，轉向進攻地勢最為險峻的門嶺，門嶺崖壁峭拔、險徑危側，一夫當關萬夫莫開，方臘認為政府軍是不可能從此突破，僅派了600名士兵把守。
劉鎮偷襲門嶺，沒有充分準備的600守兵全部被殲滅，門嶺失守，童貫大軍進入在幫源。
四月二十四日，在幫源，東西兩路大軍合圍，與方臘20萬大軍進行一天的激戰，雙方傷亡都很大，但最終方臘軍敗退。政府軍占領了幫源，方臘本人帶領殘部退到幫源東北的岩洞中。
洞戰，是政府軍麵臨的新的課題，顯然不適合大規模部隊作戰，在休整了一天後，童貫從部隊中抽出了一支敢死隊，隊長是當時級別職務還比較低的韓世忠。
四月二十六日，這支敢死隊偷偷的潛入了幫源洞中，擒者先擒王，向方臘本人的老剿發動襲擊，一舉擒俘方臘、方肥等36名起義軍首領。
擒獲方臘又有一個另版本，在《宋史。徽宗本紀》上生擒方臘的是當時的忠州防禦使辛興宗，但同樣的宋史韓世忠列傳上說，這是姓辛的搶了韓大元帥的功勞。
其實當時韓世忠不過是一個低級武官，級別上差了辛興宗四級，當時極可能是在已是西北名將的辛興宗的部下，在辛將軍的領導下進行了這次擒賊先擒王行動。所以兩種說法或許並不相矛盾。
真實的曆史上，方臘的生死和那位在五台山砸寺門，菜園子裏拔楊柳樹的魯智深大和尚八竿子打不上關係。
方臘被押往東京，八月份在東京被處決。
擒俘方臘後，童貫大軍繼續在江南呆了一段時間，陸續鎮壓了呂師囊、仇道人、俞道安等各支附合方臘起義隊伍。
雖然方臘起義失敗了，但它燃起的這把火對於帝國來說是非常致命的，它像多米諾牌一樣，推動著餘下情節的發展，導致了帝國後來所謂非正常死亡。
同時期的宋江起義與其相比，隻是算是小兒科。