6月11曰光緒皇帝下“明定國是”詔，宣布維新變法。“百日維新”開始。
7月3日詔立京師大學堂，派孫家鼐為管學大臣，以美國人丁韙良為京師大學堂西學總教習。
9月21日慈禧太後再出訓政。即日起，禦殿理亊，幽光緒帝於瀛台。28曰，殺譚嗣同、楊銳、劉光第、林旭、楊深秀、康廣仁六人，史稱“戊戌六君子”。康有為、梁啟超流亡國外。《申報》發表《縷記保國會逆跡》。
26日慈接矯詔：“《時務官報》無稗治體，徒惑人心，並著即行裁撤。”
12月28日《清議報》在日本橫濱出版，共出100期，於1901年停刊。有梁啟超《譯印政治小說序》發表，從社會價值上肯定小說的作用。該報設《侍界潮音集》，發表詩歌作品，從事“詩界革命”試驗。是年黃遵憲作《曰本雜事詩》。
林紓與王壽昌合作，譯小仲馬《巴黎茶花女遺事》，署名冷紅生、曉齋主人合譯。此為林紓譯外國小說之第一部，亦為歐洲純文學介紹入中國之第一部。1899年，該書以索隱書屋名義刻板行世。襲廷梁作《論白話為維新之本》。康有為自此年開始流亡生活，居明夷凡二年，成詩90首，名《明夷閣詩集》。是年秋瑾居京師，年23歲。
是年法國作家左拉為德累否斯案主張公道，被判徒刑一年，左拉迭赴英國。彼埃爾’居裏夫婦研究放射現象，並遊離鐳。美國合並夏威夷島。
1899年（清光緒二十五年己亥）
1月譚嗣同《仁學》在《清議報》始刊。12月山東義和團起，在肥城縣殺英傳教士。是年黃遵憲作《己亥雜詩》，此為黃最重要之詩作。冬，章太炎《訄書》在蘇州付梓，次年出版。河南安陽殷墟發現甲骨文。是年曾廣銓譯哈葛德小說《長生術》，時務報館譯柯南道爾《包探案》，均索隱書屋。
1900年（清光緒二十六年庚子）
1月又懸賞十萬兩，嚴緝康有為。
5月27日義和團毀長辛店俠路及車站、橋梁等，以阻止清軍進攻。30日，英、俄、美、法四國駐華公使到總理街門稱：“不論中國政府的態度如何，各國公使已決定調兵來北京，我們勸告中國政府讓步，以免引起意外的結果。”
6月13日義和團開始在北京焚燒教堂。30日，從大沽口登陸的八國聯軍已達一萬八千多人。
8月14日八國聯軍占領北京。慈禧太後抉光緒帝西逃。是年洪興全著《中東大戰演義》，由香港中華印務總局印行。
陳蝶仙著《淚珠緣》（杭州大觀報館》。蔣紹敬譯凡爾納《八十日環遊記》，經世文社。
1901年（清光緒二十七年辛醜）
7月命以後考試廢八股文，改用策論。
8月命各省於省城及所屬府州縣等設高等、中等、初級學堂；又命選派學生出洋留學。
9月李鴻章病逝。是年梁啟超在《清議報》發表《過渡時代論》。李伯元作《庚子國變彈詞》（1901~1902）。杭州《白話報》創刊。《世界繁華報》創刊。林紓、魏易譯斯陀夫人著《黑奴籲天錄》，包天笑譯哈葛德著《迦因小傳》。
1902年（清光緒二十八年壬寅）
1月管學大臣奏辦京師大學堂情形，定預科三年，與各省高等學堂功課相同，卒業授舉人；正科三年，卒業授進士。又薦吳汝綸為總教習。同月，梁啟超在曰本創辦《新民叢4艮》。11月京師大學堂開學。命自明年始，凡進士之授修撰、編修及選用庶吉士、主亊、中書者，皆入京師大學堂分門肆業。是年《新小說》創刊。
梁啟超作《新中國未來記》，發表於《新小說》，該小說僅完成四回。
吳趼人《二十年目睹之怪現狀》此年開始在《新小說》發表。其餘《痛史》、《九命奇冤》、《電術奇談》等亦發表在該刊。《據阿英《晚清小說史》）梁啟超《飲冰室詩話》開始發表。是年蔡元培、章炳麟、徐錫麟、秋瑾創立光複會。《大公報》創立於天津。
蔡元培與蔣智由等組織愛國女學於上海登賢裏。