朝廷慮恩複至，用謝琰為會稽太守，都督五郡軍事，率領徐州文武，鎮守海浦。琰以資望守越，時論總道他駕馭有方，可無後患，哪知他蒞任以後，荒廢職務，既不撫民，又不訓兵，鎮日裏閑居廳舍，飲酒自遣。將佐多入請道：“強賊在海，伺人形便，宜廣揚仁風，寬以濟猛，俾彼自新。”琰傲然道：“苻堅擁兵百萬，尚自送死淮南，況孫恩敗奔海島，怎能複出？如或出來，乃是天殲賊黨，令他速死了。”遂不從所請。
既而孫恩果複寇浹口，入餘姚，破上虞，進逼邢浦，距山陰北隻三十五裏。琰乃遣參軍劉宣之引兵往擊，得破賊眾，恩又退還海中。宣之還軍報琰，琰益以為賊不足慮，高枕無憂。偏孫恩探得官軍已返，複領眾登岸，再攻上虞。太守張虔碩驅兵出戰，為恩所破，敗走邢浦。恩乘勝進擊，戍兵多望風駭退，於是賊勢複張，人情大駭。警報紛至琰所，琰尚不以為意，將吏又請諸琰前，謂：“宜嚴加防堵，挫遏賊鋒。”琰還搖首道：“彼來送死，待我一出，便可立殲了。”談何容易。或謂：“賊頗猖獗，未可輕視，最好是預遣水軍，埋伏南湖，俟他到來，發伏邀擊，不患不勝。”此計最妙。琰付諸一笑，總道是賊黨烏合，容易破滅，不必多設機謀。
遷延了一兩日，賊已大至，琰尚未朝食，聞報即出，招集將士，便命擊賊。帳下督張猛，請食畢後行。琰瞋目道：“麼麽小醜，一鼓可平，我當先滅此寇，再來會食未遲。”猛又道：“眾皆枵腹，如何從戎？”琰不待說畢，便厲聲喝道：“汝敢違我軍令麼？左右快與我拿下，斬訖報來！”他將見琰動怒，乃環跪帳前，為猛乞免。琰尚執著“死罪可免，活罪難饒”二語，令把猛笞杖數十，然後發放。一麵出廳上馬，命廣武將軍桓寶為先鋒，匆匆出戰。行至江塘，與賊相遇，寶頗有膽力，前驅陷陣，殺賊甚多。琰見先鋒得勝，麾兵急進，怎奈塘路迫狹，不能四麵直上，隻好魚貫而前。琰尚恨遲慢，從後催趲，不防江外有賊艦驅至，艦中賊彎弓迭射，競向官軍射來。官軍無法避免，多被射倒，賊複從艦中登岸，上塘衝擊，把官軍截做兩段，官軍前後不能相顧，前麵的賊黨，頓時起勁，圍住桓寶。寶雖稱驍悍，究竟不能久持，手下所領的兵士，又是饑敝得很，無力再戰，寶自知必死，索性下馬格鬥，殺賊數十人，刀缺力竭，自刎而亡。餘眾盡做了刀下鬼兵。
那謝琰領著後隊，不得前進，自然倒退，到了千秋亭，賊眾不肯相舍，還是惡狠狠的趕來。琰正在著忙，忽背後有一騎馳至，用刀斫琰馬尾，馬負痛倒地，琰亦墜下，頂上又著了一刀，便即歸陰。究竟是為何人所殺？原來就是帳下督張猛。猛既殺琰泄恨，逼官軍降賊，官軍或逃或降，賊得與猛同入會稽。一不做，二不休，可恨逆猛忍心，還要屠琰家眷。琰有二子肇峻，俱為所害，隻有少子混曾尚晉陵公主，孝武帝女。就職都中，幸得免難。後來劉裕破賊左裏，活擒張猛，押送與混。混刳出猛肝，生食泄忿。有詔謂：“琰父子隕於君親，忠孝萃於一門，應並加旌典。”乃追贈琰為侍中司空，予諡忠肅。琰子肇得贈散騎常侍，峻得贈散騎侍郎。小子有詩歎道：
謝家琪草本多栽，況複東山受訓來。
誰料驕兵遭敗劫，捐軀徒使後人哀！
孫恩再入會稽，轉寇臨海，晉廷當然遣將抵禦，欲知後事，請看官續閱下回。
孫恩能殺王凝之，而不能殺謝道韞，非有幸有不幸也。凝之迷信道教，不知戰守，其死也固宜；道韞以一婦人，能從容抗賊，不為所屈，恩雖劇盜，亦詫為未有，縱之使去。林下高風，令人傾倒，是固《列女傳》中獨占一席者也。造物忌才而故阨之，又若憐才而特佑之，道韞有知，其亦可無遺恨歟？謝琰為安次子，資望並崇，當其奉詔討賊，累戰皆克，亦非真庸劣無能者比。厥後鎮守會稽，乃不聽將佐之謀，倉猝戰敗，致為忿將所戕，斯皆由驕之一字誤之耳。曹操苻堅，擁兵百萬，猶以驕盈複眾，況謝琰平！