元顯將要出發，忽有急報傳到，謂玄已至新亭，嚇得魂不附體，棄船返奔，退屯國子學。越日，出陣宣陽門外，軍中自相驚擾，俄而玄軍前隊，鼓噪前來，大呼放仗。元顯拍馬急奔，還入東府，元顯討王恭時，曾以果銳見稱，此時竟如此頹靡，到已死得半截了。將佐統皆逃散，唯張法順一騎隨歸。元顯前曾錄尚書事，與乃父東西對居，道子所居稱東錄，元顯所居稱西錄，西府車騎輻輳，東府門可張羅，後來星孛天津，元顯解職，仍加尚書令。吏部尚書車胤，密白道子，請抑元顯。元顯聞悉，謂胤離間父子，意欲害胤，胤竟惶急自殺。自是公卿以下，無一敢與元顯抗禮。至元顯敗還，大都袖手旁觀，無人顧恤，隻有道子是情關骨肉，狼狽相依，雖平時亦隱恨元顯，到此丟去前嫌，想替兒子設法。怎奈想了多時，不得一籌，唯有相對泣下。俄而從事中郎毛泰，導引玄軍，闖將進來，七手八腳，把元顯抓了出去，送往新亭，縛諸舫前，由玄曆數元顯罪惡。元顯也不多言，但自稱為王誕張法順所誤，懊悔不休。玄複命將王誕張法順拿住，與元顯同付廷尉，置諸獄中，一麵整仗入京，矯詔解嚴，自為丞相，總掌百揆，都督中外諸軍，錄尚書事，領揚州牧。令桓偉為荊州刺史，桓謙為尚書左仆射，桓修為徐兗二州刺史，桓石生為江州刺史，卞範之為丹陽尹，王謐為中書令。新安太守殷仲文，係玄姊夫，棄郡投玄，星夜入都，玄即授為諮議參軍。晉安帝本同木偶，未曉國事，內政一切，統由琅琊王德文代理，德文又無兵無權，如何能製服桓玄？玄得獨斷獨行，不過借著天子的名目，號令四方，當下將元顯等牽出獄外，先將元顯開了頭刀，次及譙王尚之，又次及庾楷張法順。唯王誕本應同斬，桓修為舅乞憐，才得免死，流戍嶺南。再收捕元顯家屬，得元顯子六人，一並處死。隻因道子為安帝叔父，不得不欺人耳目，先行奏聞，然後處置。奏中有“道子酣縱不孝，罪應棄市”等語。複詔援議親故例，貸道子死，徙居安成郡，使禦史杜竹林，偕往管束。竹林密承玄旨，鴆死道子，父子代握政權，威嚇已極，至此相繼遇害，這叫做自作孽，不可活呢。法語之言。
劉牢之留次溧州，靜待好音，好幾日才見朝命，但授為會稽內史。牢之驚歎道：“今日便奪我兵權，禍在目前了。”已而敬宣自建康馳至，乃是討差出來，佯稱替玄慰諭，暗中卻為父設謀，進襲桓玄。牢之遲疑未決，私召劉裕入商道：“我悔不用卿言，致為桓玄所賣。今欲北趨廣陵，聯結高雅之等，起兵討逆，卿可從我去否？”裕答道：“將軍率勁卒數萬，望風降玄，今玄已得誌，威震天下，朝野人士，已失望將軍，將軍豈尚能再振麼？裕隻有棄官歸裏，不敢再從將軍。”言畢即退，出外遇著何無忌。無忌密問道：“汝將何往？”裕與語道：“我觀劉公必不能免，卿不若隨我至京口。桓玄若守臣節，我與卿不妨事玄，否則與卿圖玄便了。”無忌依議，也不向牢之告辭，竟偕裕同往京口去了。牢之大集僚佐，擬據住江北，糾眾討玄。參軍劉襲進言道：“天下唯一反字，最悖情理，將軍前反王兗州，指王恭。近日反司馬郎君，指元顯。今又欲反桓玄，一人三反，如何自立？”這數句話說得牢之瞠目結舌，無言可答。襲亦退出，飄然自去。佐史亦多半散走。牢之驚懼，使敬宣至京口迎家眷。敬宣愆期不還，牢之還道是機謀已泄，為玄所殺，乃率部曲北走。到了新洲，部眾散盡，牢之悔恨已極，且恐玄軍追來，竟解帶懸林，自縊而死。真是死得不值。尚有左右數人，代為棺殮，草草了事。及敬宣奔至，驚悉牢之早死，無暇舉哀，匆匆渡江，逃往廣陵。桓玄聞報，命將牢之斲棺梟首，曝屍市中。牢之驍勇過人，當時推為健將，唯故太傅謝安在日，嚐說牢之器小，不可獨任，獨任必敗，至是果如安言。
桓玄又偽示謙恭，讓去丞相，改官太尉，兼領豫州刺史，餘官如故。國家大事，俱就谘詢，小事乃決諸尚書令桓謙，及丹陽尹卞範之。自從安帝嗣位以來，會稽父子，秉權亂政，鬧得一蹋糊塗。玄初入建康，黜奸佞，攬賢豪，都下人民，欣然望治。過了月餘，玄即奢侈無度，政令失常，朋黨互起，淩侮朝廷，甚至宮中供奉，亦隱加尅扣。安帝以下，不免饑寒；再加三吳大饑，民多餓死。臨海永嘉，又遭孫恩盧循等侵掠，十室九空，百姓流離死亡，苦不勝言。桓玄出屯姑孰意欲撫安東土，乃遣人招致盧循，使為永嘉太守。循雖然受命，仍是暗中劫奪，騷擾不休。玄卻自詡有功，隱諷朝廷，錄取前後勳績，加封豫章桂陽諸郡公。又複表辭不受，暗囑有司為子侄請封。晉廷怎敢不依，因封玄子昇為豫章公，玄兄子濬為桂陽公。樂得炫赫。一麵鉤求異黨，再殺吳興太守高素，將軍竺謙之劉襲等人。數子皆牢之舊將，故一並遇害。襲兄冀州刺史劉軌，邀同司馬休之劉敬宣高雅之等，共據山陽，欲起兵攻玄，被玄先期察覺，發兵控禦。軌等自知無成，走投南燕去了。