太平洋戰爭的頭兩年中，麥克阿瑟將軍的西南太平洋地區戰事最為活躍，而他後來沿新幾內亞海岸推進，對戰局根本沒有決定性的影響。麥克阿瑟將軍曾經擔心，這種推進同尼米茲將軍橫跨中太平洋的迅猛進攻相比，似乎是多餘的。麥克阿瑟的部隊占領呂宋，為封鎖日本提供一個有用的基地。但在占領呂宋之後，他的部隊仍隻限於在西南太平洋地區作戰，隻能南進到菲律賓南部和婆羅洲，對於擊敗日本無關大局。
到了1945年，陸軍部和麥克阿瑟對這種束縛陸軍將軍手腳的限製，特別是由於這種限製將妨礙他參與進攻日本而日益不滿。陸軍部不願看到，在尼米茲指揮以海軍為核心的各級司令部進攻日本本土的同時，讓麥克阿瑟在南邊坐冷板凳。在華盛頓，有關整個太平洋戰場建立統一指揮部的各種老意見再度提了出來，但各種意見均遭到難以辯駁的反對。最後，麥克阿瑟在三月下旬間接從總統那裏得知，最高指揮部已尋得一項解決辦法。羅斯福對正在華盛頓的肯尼將軍說：“你可以告訴道格拉斯，我希望他不久將在菲律賓以北承擔重大任務。”
4月3日，參謀長聯席會議頒布了一項折衷的解決辦法：在進攻日本中，麥克阿瑟將指揮太平洋地區的全部陸軍地麵部隊和航空兵（駐馬裏亞納的陸軍第20航空隊和某些非戰區的部隊除外）；尼米茲指揮太平洋的全部海軍。這個方案看起來簡單，實際上難辦。附帶的一項指示是，參謀長聯席會議命令麥克阿瑟和尼米茲仍按舊的指揮關係完成當前各自的戰鬥任務。至於如何過渡到新的體製，應逐步進行，共同協商。
4月13日，由薩瑟蘭將軍率領的一班軍官從麥克阿瑟的馬尼拉總部飛抵關島，會晤尼米茲將軍和他的參謀人員，貫徹落實參謀長聯席會議的指示。薩瑟蘭將軍誤認為尼米茲態度謙讓，軟弱可欺，他盛氣淩人地提出了他所謂的麥克阿瑟的意見。他說，將軍建議盡可能迅速地全部接管尼米茲指揮的陸軍部隊，包括太平洋地區各島嶼基地上的駐軍。在接管過程中，薩瑟蘭要把他稱之為“過時的”尼米茲的統一指揮分散開來。他斷言，今後任何海軍將領都不得指揮和調動陸軍部隊。
如果薩瑟蘭認為尼米茲會順從地接受這種條件，那麼他很快就發現他錯了。尼米茲對他說，他希望在陸軍部隊完成作戰任務後再把對它的指揮權交還麥克阿瑟；隻要尼米茲仍在太平洋戰區負責，該區各地的主要駐軍都必須由他指揮；如果各海區和外圍島嶼不實行統一指揮，將會引起部隊混亂，而且影響戰爭任務的徹底完成。他最後說：“因此，我現在不能答應把這些對太平洋戰區的防務和履行職責必不可少的陸軍部隊（包括地麵、空中和後勤）的作戰指揮權交給他。
薩瑟蘭說，麥克阿瑟要求將衝繩島作為肯尼將軍的航空兵基地，作為預定在1945年11月1日發動進攻九州的“奧林匹克行動”的基地。尼米茲同意在完全占領衝繩後立即將整個琉球群島移交麥克阿瑟；如果參謀長聯席會議發出進攻九州的指示，他還可提前移交。他謝絕了請他負責西南太平洋地區海上作戰指揮的建議。他要是同意這樣做，就必然在事實上成為麥克阿瑟的部屬。如果他一旦接受麥克阿瑟的命令，麥克阿瑟一定會指揮快速航空母艦特混艦隊的一切行動，結果隻會受到海軍部尤其是金將軍的斥責。尼米茲說，雖然他不負責指揮西南太平洋的海軍部隊進行兩棲作戰，但他將一如既往在這類戰鬥中提供海上掩護並把海上直接參戰的部隊調歸麥克阿瑟指揮。
薩瑟蘭一行這次到關島來是專程代表麥克阿瑟提出立即采取行動的建議，但他們在4月16日清晨離開時卻是兩手空空，一無所獲。他們了解到尼米茲外表謙讓，實際上態度強硬。尼米茲向金報告說：“有關進攻日本的計劃和各項準備工作都未作認真討論，西南太平洋地區的一行人，顯然並未打算討論這些事。”
當晚，尼米茲在給夫人的信中寫道：從清晨西麵來的朋友們離開時算起，我度過了難熬的一天。我認為雙方均未使對方心悅誠服，至少我們是一無所失，而對方也了解到我方強硬，絕非軟弱可欺。相信以後必將進行多次會談，那時我們也許能獲得進展。會談的確進行了許多次，參謀人員在馬尼拉和關島間飛來飛去。尼米茲認為，將海軍與陸軍分開是一種消耗部隊的愚蠢行動。在處理完一天中令人心煩意亂的各種問題之後，他匆匆給夫人寫了一封思緒紛亂的信：“……真的，——參謀長聯席會議關於把陸軍和海軍分開的指示，肯定需要作大量工作和費大量口舌，才能使緊密相關的各個領導班子重新發揮作用……如果我的記憶雜亂無章，支離破碎，那完全是由於這些日子處於並非來自日本的沉重壓力之下。”
尼米茲在解決統一指揮這個棘手問題的過程中，逐漸認識到統一指揮是有一定限製的——統一取決於局勢，取決於擔任主官的領導。他再也不提全國範圍的武裝部隊實行統一指揮的問題了。
由於麥克阿瑟拒絕來關島協商，而他從禮儀規格上又不願與尼米茲的代表達成最後協議，因此尼米茲於5月15日飛往馬尼拉直接同他商談。麥克阿瑟按正常的禮儀接待了尼米茲，並請他住在他的寓所——巴克拉克官邸。它是這座經過戰爭洗禮的城市中少數幾座未遭破壞、還可居住的房屋之一。在會晤中，尼米茲發現麥克阿瑟還是非常理智的。他們共同簽署了以前會議製訂的各項計劃，並在兩天會談中解決了絕大部分存留的問題，奠定了進攻日本九州、本州及其他島嶼的合作基礎。
他們很快否定了關於任何陸軍部隊不得歸海軍將領指揮的提法。他們還摒棄了陳舊的英國兩棲進攻方案，即設置兩名並行全麵領導的指揮官，一名陸軍將領和一名海軍將領；而選用了美國1942年11月進攻北非首次運用的領導體製。按照美國兩棲進攻方案，在進攻時，兩棲部隊由一名軍官指揮，首先是一名海軍將領，然後是一名陸軍將領。進攻九州計劃的核心部分，在太平洋艦隊司令部兼戰區司令部1945年5月19日的一份絕密文件中是這樣寫的：第5艦隊司令將通過太平洋艦隊兩棲作戰部隊司令指揮兩棲登陸作戰，後者依次指揮各攻擊部隊或大隊指揮官，對各自目標進行兩棲作戰。
各突擊師或各獨立登陸部隊的指揮官在岸上建立指揮機構後，向相應的海軍攻擊大隊指揮官發出準備擔任登陸部隊指揮的通報，隨即指揮陸上各部隊。
軍長在抵達各自作戰地區並建立指揮機構之後……岸上部隊應交由軍長指揮。
美國陸軍第6集團軍司令，在向大平洋艦隊兩棲作戰艦隊司令宣布他已作好準備承擔對登陸部隊的指揮時，兩棲作戰部隊應交由第6集團軍司令指揮。由於中太平洋的部隊日益擴大，尼米茲將軍終於能把它分為第5和第3艦隊。第5艦隊由斯普魯恩斯將軍指揮，通過支援和指揮部隊在九州登陸，開始“奧林匹克行動。”這支艦隊包括特納將軍的兩棲作戰部隊和弗雷德裏克·謝爾曼將軍指揮的第58特混艦隊的部分快速航空母艦部隊。由哈爾西將軍指揮的第3艦隊，實際上是一個完全獨立的組織。它擁有其餘的快速航空母艦部隊，即第38特混艦隊，和番號為第37特混艦隊的英國太平洋艦隊。第3艦隊加上兩棲作戰部隊通過支援和指揮部隊在本州登陸，開始“王冠行動。”英國皇家海軍羅林斯中將為第37特混艦隊司令。麥凱恩將軍由於健康不斷惡化，第38特混艦隊司令將由約翰·H·托爾斯接任。
如果接替麥凱恩的任命按計劃下達，傑克·托爾斯終將能獲得他渴望已久的作戰指揮職務。不過，實際上他是在戰鬥結束之後才獲得這一職務的。尼米茲對托爾斯個人從來沒有好感，但他了解這個人有才幹，精通業務。而且，托爾斯在任何繁冗的工作中都能兢兢業業，盡忠職守，完成任務。尼米茲推薦他擔任航空母艦部隊司令，金勉強表示同意。
1945年5月8日德國宣告投降，標誌歐洲軸心國的最後失敗。太平洋艦隊司令部對此無人感到驚異。惟一使人費解的是，德國人居然能堅持這樣長的時間。當然，太平洋所有指揮官都為盟國的勝利而歡欣鼓舞，但尼米茲卻認為歐洲勝利對他自己的問題，並沒有多大作用。如果在一年前，他定會為之歡呼，因為那將意味著可以抽調更多的兵力和空中力量來擊敗日本。而現在他確信，在盟軍部隊從歐洲調來之前靠封鎖和轟炸，即可迫使日本投降。
尼米茲將軍根據一個可靠的情報相信，日本不久即將投降。2月，一位年輕的海軍中校弗雷德裏克·L·阿什沃思穿著一套哢嘰布製服來到太平洋艦隊司令部。他十分狼狽，汗水濕透全身，所以拉馬爾不願讓他進入內間。阿什沃思是一位海上武器專家，他解釋說他剛從美國飛來，很不適應中途島上這種炎熱而潮濕的天氣。他迫切地要晉見尼米茲將軍。拉馬爾忐忑不安地向尼米茲說明了情況，尼米茲同意讓那個中校進去。