北軍得進踞嶽州，便向中央報捷，當由馮政府下令道：
據第一路總司令兩湖宣撫使曹錕，攻嶽總司令張敬堯，海軍第二艦隊司令杜錫珪，迭次電呈，分路規複嶽州，水陸兼進，所向有功，先後於月塘嘴、羊樓市、通城、臨湘、古米山、九嶺、白葛嶺、天嶽關等處，連次激戰，迭獲勝利，節節進逼。三月十七日，攻破嶽州。逆軍頑強抗拒，相持不退，經我軍奮力攻擊，並由艦隊掩護，業於十八日將嶽州克複各等語，此次出師攻嶽，自開始攻擊以來，為期不過旬日，屢奪要隘，遂克名城，實由該總司令等調度有方，各將士勇忠用命，用能迅奏膚功，拯民水火，覽電殊深嘉慰。仍著該總司令等，遵照電令計劃，督率所部，奮勇進取，並先查明此次在事出力各將士，分別等差，呈請優獎。其陣亡被傷官兵，並準優予議恤，以昭激勸而慰英魂。第念嶽州、臨湘一帶，人民重罹兵燹，流離顛沛，弗安厥居，損失貲財，危及身命。哀我湘民，疊被荼毒，興言及此，慘怛良深！應由宣撫使曹錕，迅派妥員，各路查明，加意撫恤，安集勞徠，各安生業，用副吊民伐罪之至意。此令。
嶽州既下，主戰派當然得勢，無不興高采烈，得意揚揚。獨徐樹錚在軍糧城，電迫政府，速起用段祺瑞為總理，調度軍事，一致平南，否則將引兵入京，仿佛有興甲晉陽、入清君側的氣象。署國務總理王士珍，已早呈請辭職，此時複為環境所迫，苦口堅辭。馮總統乃準他辭去，再用段祺瑞為國務總理。段方組織參戰事務處，就將軍府特設機關，派靳雲鵬為參謀處處長，張誌潭為機要處處長，羅開榜為軍備處處長，陳籙為外交處處長，並聘定各部總長為參讚，各部次長為參議，於三月一日始告成立，實任那督辦事務。醉翁之意不在酒，故不妨遲遲辦理。到了三月二十五日，國務總理的任命，又複發表，他亦並不多辭，便即受任。凡王內閣中的人員，多半仍舊，惟換去財政總長王克敏，由交通總長曹汝霖兼代，江庸亦已辭去，改任朱深為司法總長，這是段祺瑞第三次組閣了。
段氏前二次組閣，均自兼陸軍總長，至此因段芝貴方長陸軍，既屬同鄉，又且同係，樂得令他原任。芝貴亦遇事稟承，不敢擅斷，所以段祺瑞雖不兼陸軍，也與兼職無異。內總百揆，外對列強，段合肥不憚煩劇，躬自指揮，真所謂能人多勞，一時無兩了。
徐樹錚聞段任總理，誌願已遂，乃將灤州、豐台、獨流、廊房等處所紮的奉軍，陸續開拔，由津浦鐵路南下，運往湘、鄂一帶，協助曹、張各軍，進攻南軍。隱示解圍微意。曹、張等軍勢益盛，遂複自嶽州出發，分道進兵，連下平江、湘陰各城。湘、粵、桂三省聯軍，逐路分堵，總敵不過北軍的厲害，隻好步步退讓。北軍乘勝進逼，到了同山口，與南軍鏖戰一次，南軍又敗，都奔往長沙，嬰城拒守。曹錕、張敬堯見前軍得利，便飭後隊，一齊向前，並攻長沙。南軍連遭敗衄，統不免膽戰心驚，驀聞北軍大至，已覺得未戰先慌，待至強敵壓境，勉強出拒，哪裏還能堅持到底？你也走，我也逃，大家棄槍拋械，向南竄去，好好一座長沙城，弄得空空洞洞，毫無人影。得之易，失之亦易。北軍自然放膽入城，打起得勝鼓，鳴起行軍樂，喜氣洋洋，不消細說。馮政府已任張敬堯為湖南督軍，至此敬堯馳入長沙，不待犒兵安民，即會同宣撫使曹錕，露布告捷。因複由中央下令道：
據第一路總司令兩湖宣撫使曹錕，總司令湖南督軍張敬堯等，迭次電稱：“各軍自三月十八日克複嶽州後，節節進攻，分途收複平江、湘陰兩城。二十五日，由同山口進規長沙，逆軍處處死抗，經我軍協力痛擊，星夜追逐，逆勢不支，遂於二十六日將長沙省城完全克複”等語。此次各軍激於義憤，忠勇奮發，由嶽州取長沙，曾不數日，力下堅城。該總司令等督率有方，各將士忍饑轉戰，嘉慰之餘，尤深軫念。所有在事出力官兵，著先行呈明，分別呈請優獎，仍即督飭各軍，乘勝收複縣邑，以奠全湘。所有地方被難人民，流離蕩析，並著查明，妥為撫恤，用副國家綏輯勞徠之至意。此令。