新政府成立第一年：這段日子，李光耀很少有時間與家人在一起，李光耀沒有想到，家人如此支持自己，特別是內外忙忙碌碌的妻子柯玉芝。
家宴結束後，柯玉芝和李光耀一樣，也處於興奮之中。夫妻倆躺在臥室，說著那些永遠也說不完的情話。突然，柯玉芝好像想起了什麼似的，朗誦起印度著名詩人泰戈爾的名詩：“鳥翼係上了黃金，這鳥便永遠不能在天空中翱翔了。”正當李光耀感到莫名其妙時，她解釋道：“在你當上總理的時候，我希望你永遠記住你在劍橋大學時多次演講所說的話：廉，是立國之本；清，為當政之根。一位德國哲學家曾經這樣告誡人們：‘如果你把金錢當成上帝，它便會像魔鬼一樣折磨你。’人民期待你的政府是一個廉潔清白的政府。”
望著如此深明大義的妻子，李光耀激動得不知說什麼是好。柯玉芝緊接著又說道：“你雖然是總理，是最高的職位，但你才35歲，無論年齡、資曆，你都比不上你的其他內閣成員。你不宜拿最高薪金，你最多隻能拿中等薪金。錢不夠用，就到我的律師事務所拿。我就是你的後勤部、財政部！”
李光耀激動地吻著妻子，他開玩笑地說：“你不會罵我是傻瓜吧？”
“這樣的傻瓜才會受到人民的尊敬。”柯玉芝毫不含糊地說。
柯玉芝的一席話使李光耀感動不已。把高薪讓給年齡大、資曆高的內閣成員，莫講在新加坡是空前的，在世界上也是少有的。這為李光耀建設一個清廉的政府奠定了基石。他想起19世紀英國著名曆史學家阿克頓說過的名言：“不受製約的權力，必然導致執政者的腐敗。”今天，妻子特地從薪金收入方麵約束自己的權力，是有深刻道理的，意義是深遠的。
翌晨（6月6日），吃過柯玉芝備好的早點，李光耀就親自駕車去上班。車出大門口，顯龍、瑋玲手拉著小弟弟顯揚，像儀仗隊似的站在大門口，待父親車子開過時，他們齊聲高呼：“向總理爸爸致敬！”
孩子們的這一舉動，是李光耀沒有料到的，李光耀趕忙下車，一個一個抱著親吻。他向顯揚問道：“你們為什麼這樣做呀？”孩子大聲地說：“哥哥叫我來的，他說爸爸是總理了，第一天上班，我們要像電影上那樣，好好歡送，以向爸爸表示敬意。”
孩子們的話，逗得李光耀哈哈大笑，要不是為了8點前趕到辦公室，他真舍不得離開這3個可愛的孩子。他連忙說：“爸爸當不當總理，都是一樣的。你們表示敬意，不必搞這種形式。乖乖聽媽媽的話，聽大人的話，將來好好讀書，做個好學生，就是對爸爸最好的敬意。你們說是這樣嗎？”
三兄妹異口同聲地說：“是。爸爸，我們要做好學生。”
李光耀跳上車去，向孩子們招手，並按了一聲喇叭，汽車一溜煙向政府大廈駛去。
按約定，副總理杜進才和國家發展部部長王永元等8點來到了總理辦公室。
李光耀與杜進才商議了幾件原則性的事務，又給王永元交代了幾件急辦的事，並簽發了一大遝秘書送來的緊急文件，然後與部分內閣成員開了一次小型會議。
在這次小型內閣會議上，李光耀提醒大家要清醒地認識到新加坡新政府所麵臨的困難。因為，新加坡剛剛從動蕩不安的殖民時代走出來，經濟結構單一，社會風氣不好，失業率高，民眾文化素質較低，住房嚴重缺乏。所以，李光耀認為，要將這些難題告訴人民，讓人民知道在新加坡這樣一個多元種族、多元語言、多元文化的社會結構中發展所存在的種種困難。
經過討論，內閣成員們一致表示，要迎著困難前進。會議確定了政府的工作方法：一麵整頓殖民時代的官僚機構，清除腐敗文化，安定社會秩序；另一麵，迅速改變舊有的經濟結構，以多元化經濟代替單一經濟，製定以發展工業、推行工業化計劃為中心的五年經濟發展計劃。概括地說，就是一麵完善政治體製，一麵發展壯大經濟。
內閣會議還認為，當前的重中之重是立即安定社會秩序，做好群眾工作。李光耀強調指出，一定要動員群眾，使群眾了解政府的方針政策，“必須想方設法動員人民支持那些能夠改善生活水準和生活素質的計劃和政策，更重要的是要使這些計劃能給他們的子女帶來更好的生活。要讓廣大民眾了解未來的美好生活，告訴他們如何努力才能享受如此美好的生活。同時，要建立完善的規章製度，讓每一個公民都有受教育的平等機會，都有找工作或經商或從事一種行業或專業的平等機會，為社會創造財富，並且得到應有的報酬”。
早在劍橋大學上學時，李光耀就宣稱自己是一個社會主義者，然而，當他看到一些福利國家實行免費醫療、提供廉價住房造成了一些不良後果時，他改變了原來的觀點。他後來談到這個問題時，告訴記者說：“1959年，我們一上台執政，立即就將政策扭了過來，我們停止了免費藥物，起初人們拿藥，得付5毛錢，後來調整到1元，因為免費提供藥物會造成極大的浪費。”李光耀認為，不改變這種做法，將會阻礙社會的發展。
新政府成立之初，李光耀和他的內閣部長是相當繁忙的，但是，不論如何忙碌，他都時刻注意抓住大事不放。為了爭取群眾，實踐競選諾言，李光耀堅決釋放了在1956年和1957年發生普遍罷工和暴動風潮時被英方逮捕的8名人民行動黨人。這8人是：前人民行動黨武吉智馬區立法議員兼各業總務林清祥、各業副總務兼巴聯總務方水雙、人民行動黨發起人之一蒂凡那、各業工聯副總務普都查裏、軍港工聯會秘書兀哈爾、人民行動黨1957年度主席陳從今、人民行動黨助理秘書陳世鑒、人民行動黨積極分子曾超卓。
釋放這8人，李光耀是受到很大壓力的，盡管這8人都是人民行動黨黨員，但是他們又都是馬來亞共產黨黨員。當時，有不少人認為，這些馬來亞共產黨分子，隻不過掛了行動黨的招牌，釋放他們，等於放虎歸山。但為了爭取群眾，李光耀需要表現出他和馬來亞共產黨是“團結一致”的，所以，他還是毅然釋放了他們。李光耀不僅放了人，還把他們中的林清祥、方水雙、蒂凡那和兀哈爾委任為幾個部長的政治秘書，並委任普都查裏為工業促進局的經理。當時，這8個人都曾以書麵形式向李光耀保證，以後不再為共產黨效勞。
李光耀上任不到一個星期就率領政府代表團到吉隆坡訪問，向當時任馬來亞總理的拿督阿卜杜勒？拉紮克表示敬意。
作為馬來亞首都的吉隆坡位於馬來半島的中南部，是這個國家政治、經濟、文化的中心，陸、海、空交通十分便利。
東南亞各國的首都大多曆史悠久，但吉隆坡卻是一個例外，從形成到現在，才100多年的時間。了解曆史的李光耀知道，吉隆坡是炎黃子孫用血汗促成的。100年前，吉隆坡所在地叢林莽莽，虎豹當道。在李光耀曾祖父李沐文登上新加坡的前後幾年間，先後有幾批中國人劃著木船登上了馬來半島西海岸，沿巴生河而上尋找錫礦。劃行40公裏才來到當時還不叫吉隆坡的荒蕪河岸。首批87名華人，在到達後的20天裏就有69人病死或被野獸咬死，但幸存者和之後來的一批又一批華人經過兩年努力，終於發現了錫礦。從此，這“泥濘的河口”日漸有了名，“吉隆坡”就是“泥濘的河口”的馬來語讀音。
李光耀在當地華人中知名度很高，所以，李光耀的代表團還未到，大街上就開始張燈結彩，錦旗飄揚，到處都掛著類似“熱烈歡迎你，李光耀總理，我們的貼心律師”之類的歡迎標語。
這之前，擔任馬來亞總理的拉赫曼親王，由於需要專心致誌地改組他的政黨——馬來民族統一機構，已離職數月了。老朋友來訪，拉赫曼從繁忙的改組政黨的工作中抽空會見了李光耀。不過，幾年未見，他們的政治觀念，特別是關於多元種族的團結與協作的方向稍有分歧。李光耀認為馬來亞是整個馬來亞人民的，而不是屬於某個集團或某個種族的。而拉赫曼則認為：“馬來亞是馬來人的，不應由各族混合的一個組織執政。這個地方是我們的，為了有利於我們將來的一代，馬來人必須捍衛他們在這裏的權利。”
李光耀並沒有附和拉赫曼的觀點，麵對老友，他毫不含糊地說出了自己的態度：各民族隻有和睦相處，才有利於國家的發展和富強。國家和州，不能視為隻體現某一集團或種族的主權、幸福和利益。馬來亞是馬來亞人的馬來亞，是馬來人、中國人、達雅克人、印度人、卡達紮人的馬來亞。
麵對李光耀這樣的雄辯家，拉赫曼親王也不想再說什麼，但是，他內心深處的觀點絲毫也沒有改變。於是，兩人隻得撇開政治，親熱地交談著無足輕重的話題。
拉赫曼親王離職期間，由拉紮克擔任馬來亞總理，與拉紮克總理的會談使李光耀有一種誌同道合的感覺。拉紮克這樣回答李光耀關於多元種族的發展問題：“各民族之間，隻有通力合作，共同捍衛主權，共同創造幸福，共同建設一個多元種族的馬來亞國家，我們才能在當今世界生存和發展。”
麵對如此開明的領袖，李光耀不加掩飾地說出了自己的憂慮：“遺憾的是，目前有些領導人正滋長著一種不良傾向，公開號召種族集團沙文主義，以博得和控製自己的黨羽。這種號召，是對馬來亞人的馬來亞這一概念的否定。我看，一個沙文主義集團的要求，必然會導致其他沙文主義集團的反要求。於是，一個多元種族的馬來亞將麵臨著前途的懷疑和恐懼。”
拉紮克回顧了100年來的曆史，深有感觸地說：“從泥濘的河口發展成今日的大都市，吉隆坡的曆史雄辯地說明，這是多元種族共同努力才得以實現的，特別是聰明的華人，為此付出了重大的犧牲。我們絕不能坐視種族集團沙文主義泛濫。”
拉紮克非常讚成李光耀的見解。會談後，雙方發表了一個聯合公報，公報特別強調了種族協調的必要性。公報指出：“雙方總理和所有參加會議的部長都堅決同意：他們決不支持任何鼓動種族衝突的企圖。”
李光耀滿載著這一重大成果回到了新加坡。此後，他就著力於發展關係到新政府存亡的經濟建設。他與國家發展部部長王永元、財政部部長吳慶瑞研究了國家經濟建設的發展計劃，並通過一項法令，授予政府發行1億元“發展公債”的權力，並專門成立經濟發展局，實施工業區的計劃和建設，而且積極主動地與馬來亞政府進行談判，爭取建立互惠的共同商品市場。
為了掃除英國殖民政府留下的社會醜惡現象，李光耀領導全國民眾發動了一次掃黃運動。這次掃黃運動中，政府封閉了許多有自動電唱機的娛樂場所和彈子房，把嚴禁跳脫衣舞作為實施“消除色情文化及一切妨礙新型、健康的社會和文化成長活動”的政策的第一步。同時，新加坡政府還逮捕了數以百計的秘密會黨的黨員。
在打擊色情文化的同時，新加坡政府還采取措施，大力發展健康向上的文化教育事業，引導廣大民眾提高生活質量。1959年，新加坡投入教育的經費高達6300萬元，差不多占預算總金額的24%。1959年底，李光耀與文化部部長拉惹勒南研究，決定建造國家劇院，以繁榮文化事業，滿足廣大民眾的文化需求。
擔任總理後，李光耀多次指出，他領導的政府是“第一個代表人民的政府”，統治者與被統治者之間的利益是一致的，兩者之間的鴻溝已經填平，政府的所作所為是反映民眾的情緒和呼聲的。但是，這並不等於說，政府所做的任何工作及一切政策法規都能為廣大民眾所理解，還必須做大量的解釋引導工作。
6月28日，李光耀在接見工人代表時發表了講話，他認為，他所接受的委托是明確的，就是用和平與憲法的手段來實現一個獨立的、民主的、非共產主義的、社會主義的馬來亞。李光耀指出，馬來亞相當多的人還沒有能夠理解6月4日林清祥、德萬？奈爾等人從漳宜監獄釋放時發表的名為“馬來亞社會主義的目的和方法”的政治宣言時所采取的立場的意義。李光耀認為：“政治宣言是一個完全真誠的文件，是一群勇敢的人在獄中製定的，為的是獲得釋放並重新進入積極的政治活動時，明確捍衛人民行動黨的思想。”