彼得接到射擊軍叛亂的報告時，正在維也納，7月16日他從維也納寫了一封簡短的信給羅莫丹諾夫斯基。信的全文是：“Min Her Kmih！您6月17日來信，我已收到。您老信裏說，伊凡·米哈伊洛維奇播下的種子正在抽芽生長，我請求您對此切勿心慈手軟；對這場火災，除了撲滅它，別無出路。
“雖然我們十分不願放下眼前正在進行的有益工作，但為了這個緣故，我們將回到您那裏，采取您所想象不到的措施。”
這封簡短而形象的信既表述了射擊軍騷動（沙皇認為它是伊凡·米哈伊洛維奇·米洛斯拉夫斯基早在1682年就播下的種子孕育出來的）的概貌，又表達了要進行殘酷鎮壓的意圖。此信的調門表明沙皇對射擊軍深惡痛絕達於極點，表明他回莫斯科後將堅決解決射擊軍的命運。
在莫斯科，臣屬向沙皇稟報了射擊軍騷動以及鎮壓這一暴亂的情況，他親自研究審訊材料，他了解到的具體情況愈多，他的不滿就愈強。他認為，偵察工作做得浮皮潦草，懲辦鬧事者的措施過於軟弱，審訊人員沒有弄清這次鬧事者的目的，以及與本案有密切關係的勢力——他把這股勢力叫做米洛斯拉夫斯基播下的“種子”。他最不滿意的是對首要分子的處決過於倉促。這些人死了，也就是把沙皇最關心的秘密隨身帶走了。
高度的神經緊張有時使沙皇無法控製自己，以致一點微不足道的小事也會惹得他大動肝火。同時代人曾詳細描寫沙皇在列福爾特家吃飯時發生的一件荒唐事。那次赴宴的客人有領主、將軍、首都名流和外國使節，共約500人。在客人紛紛就座的當兒，丹麥和波蘭兩國的外交官因為席次問題發生爭執。沙皇高聲斥責他們是兩個傻瓜。大家坐定後，沙皇繼續和波蘭大使談話。沙皇說：“我在維也納吃到了好麵包，長胖了。可是貧窮的波蘭又把這點油水給刮走了。”受辱的大使對此不能沉默，他表示很奇怪：怎能有這種事呢，他大使本人生在波蘭，長在波蘭，不是個大胖子嗎？沙皇反駁說：“你不是在波蘭，是在這兒，在莫斯科吃胖的。”
彼此寒暄一番之後，已經開始緩和的氣氛又被彼得的狂妄行為給破壞了。他同謝英吵起架來，他指責這位大元帥接受賄賂，徇私提升了許多人的官位。沙皇越說氣越大，他跑出大廳，向守衛的士兵打聽，有多少普通士兵得到提升，當了軍官，然後抽出佩劍奔回大廳裏，一邊用劍擊著桌子，一邊對謝英叫嚷：“我就是要砸碎你那個團，剝你的皮，一直剝到耳朵根。”羅莫丹諾夫斯基大公、佐托夫和列福爾特跑過去勸他，可是他揮動佩劍，敲打佐托夫的腦袋，砍傷羅莫丹諾夫斯基的手指，打擊列福爾特的脊背。隻有緬希科夫才勸住他，使他的怒火平息下來。
不過，沙皇大發雷霆的真實原因，倒並不是因為謝英徇私提升了屬員的官位，而是因為他過早地處決了射擊軍叛亂的首犯們。
彼得決定重新審查該案，並把審訊的全部領導工作抓在自己手裏。沙皇對戈登說：“我來審問他們，要比你們嚴厲。”第一步，他下令將所有在叛亂的團隊裏服役的射擊軍士兵1041人，全部押來首都。
從1698年9月中起，除了星期天和節日，刑訊室的工作無一日停頓。彼得吸引最可靠的親信參加審訊，他們是：主持政治審訊事宜的普列奧勃拉任斯科耶政廳總監、“愷撒大公”羅莫丹諾夫斯基，以及切爾卡斯基、多爾戈魯基、普羅佐羅夫斯基三位公爵和其他一些顯要。所有射擊軍士兵的命運，早在審訊結束之前，就由沙皇事先作了決定。“他們犯上作亂，不聽主力團調度，僅此一條罪行就足夠判他們的死刑。”從這個前提出發，被指控的射擊軍士兵，作為單個的人來說，對審訊工作是沒有用處的。審訊者想的是查明這次動亂的共同問題，因為所有參加這次動亂的人都采用了“聚眾密謀”的活動方式，而根據當時的司法觀點，無論是首犯或從犯，都負有同等罪責，而且他們互相之間也負有責任。此外，按刑法典（《1649年法律彙編》）的條款規定，蓄意作亂未遂與作案已成為事實者，受同等懲罰。“聚眾密謀”與“知情不報”者，一律處以死刑。
偵訊過程中，發現索菲亞確實參與了這次叛亂活動。這樣就有了兩起受審者。一起是射擊軍，他們分別被關押在20座監獄裏，遭到殘酷的折磨，受著吊刑、火刑、棍刑等嚴刑逼供，呻吟之聲，溢於牢牆之外；審訊者仔細記錄他們的口供，要他們互相對質，一次又一次地嚴刑拷打那些拒不認罪者。另一起受審者是兩位公主：索菲亞·阿列克謝耶夫娜和瑪爾法·阿列克謝耶夫娜，以及接近她們、為索菲亞公主和射擊軍搭橋拉線者。兩位公主周圍的人受到了與射擊軍同樣的拷問。
索菲亞公主也沒有逃脫審訊，隻是沒有對她用刑。彼得不是一人，而是押著五百人長阿爾杜什卡·馬斯洛夫和射擊軍士兵瓦斯卡·伊格納傑耶夫，帶著他們的口供記錄，來到新聖母修道院。供詞裏記錄著這次叛亂的為首者曾經收到過索菲亞的信件。
索菲亞自從1689年事件後被幽禁在修道院以來，彼得已有九年沒見到他姐姐了。這些年來，公主在修道院的生活並沒有遵守那裏的嚴格規定——她仍然有機會與外界來往，可以使喚女仆，接受親戚饋贈的食物。在這些小節上也反映出彼得的性格——他不對被打倒的敵人施行報複，不侵犯他們的任何權益。他對他們以後的命運，不聞不問，這不僅可以從他對索菲亞的例子，而且也可以從他對他的發妻的事例中看到（本書以後將講到此事）；他的第一位夫人雖然削發為尼，但由於當局的放任，仍然過著世俗的生活。