1643年皇太極的逝世又一次引發了繼承權危機。八旗貴族和朝廷重臣齊集在皇太極的棺槨前推選他的繼承人。獲得提名的有多爾袞、他的兄弟多鐸、代善和豪格。兩黃旗官員支持豪格 ，兩白旗官員支持多爾袞。會議最後達成妥協 ，推舉皇太極年幼的九子福臨繼承大位 ，由濟爾哈朗和多爾袞攝政。阿達禮密謀反對此項決定 ，結果被處死了。
作為攝政王 ，多爾袞鞏固了他的個人權力。他於 1647年以僭越為由除掉了濟爾哈朗。豪格於 1648年死於監獄中。多爾袞在宗室中的盟友博洛、尼堪和滿達海被晉升為親王。多爾袞成為唯一的攝政 ，但是 ，他於 1650年去世以後 ，他和他已經死去的兄弟多鐸都受到了譴責。多爾袞的繼子回到了原來的家庭。多鐸的爵位被降低。他們的兄弟阿濟格被褫奪爵位 ，受到監禁 ，並被迫自殺。巴雅喇 (努爾哈赤的弟弟 ，多爾袞的盟友 )的血脈在其子巴音圖被監禁 (1652年)和被驅逐出宗室之列後斷絕。1659年，已經離世的滿達海、博洛和尼堪都被指控盜挪多爾袞的財產為自己所用。滿達海和博洛的後代被褫奪所有爵位。由於尼堪死於戰場 ，所以他的爵位被允許保留。
當順治皇帝福臨 1661年死於天花時 ，兄終弟及沒有成為政策選項。順治皇帝指定了繼承人 ，打破了過去的傳統。由於福臨的繼承人尚不滿 7歲，所以攝政體製就不可避免了。福臨選定 4位攝政大臣 (沒有一位是皇家父係親戚 )，也開創了一個先例。兩位 (遏必隆、鼇拜 )屬於鑲黃旗 ，一位 (蘇克薩哈 )屬於正白旗 ，首席攝政索尼屬於正黃旗。
康熙初年 ，宗室王公之間仍在進行政治鬥爭。索尼年老體衰 ，難勝重任。在遏必隆的支持下 ，鼇拜成為主導人物。1667年索尼去世後 ，鼇拜把第三攝政大臣蘇克薩哈逮捕審判 ，並把他和他的家人全部處死。1669年，在索尼的兒子索額圖的幫助下 ，年輕的康熙皇帝成功地逮捕了傲慢無禮的鼇拜。遏必隆的盟友都被清洗出局。努爾哈赤六子塔拜的血脈在其子班布爾善和額克親於 1669年受到指控並被處死以後宣告斷絕。尼堪之子蘭布的爵位因 “隱匿他的妻子的祖父鼇拜的罪行不報 ”而被降為第五等。
王公和八旗
兄終弟及傳統的取消與皇帝對八旗旗主的壓服是同時進行的。 1644年之前 ，八旗由各旗貝勒直接控製 ，他們對麾下的滿洲、蒙古和漢軍八旗的自主權遠遠超出了戰場之外。牛錄是貝勒的個人財產 ，不用報告大汗即可傳給兒子。八旗貝勒與可汗共同擁有戰利品的分配權 ，他們有權從事貿易 ，與可汗共同商議決定所有國事。
盡管努爾哈赤倡導兄終弟及的規則 ，但他本人正是可汗與八旗王公在他死後相互傾軋的始作俑者。政治清洗使許多人退出了政壇。當舒爾哈齊試圖與兄長爭奪最高權力的時候 ，努爾哈赤把他處死了 (1611年)。努爾哈赤的長子褚英因 “謀叛 ”罪死於獄中。努爾哈赤的 4個兄弟在征服大業中都屢立戰功 ，但其中有兩個不再是王公貴族家庭。舒爾哈齊的後代中幾乎沒有什麼名人。努爾哈赤共有 16個兒子長大成人 ，其中一半或者被處死、被迫自殺 ，或者死後失寵蒙羞 ；另有約四分之一 (16個中的 5個 )或者因後來的政治犯罪被剝奪繼承權 ，或者被邊緣化。皇太極有11個兒子 ，其中 8個兒子或者沒有子嗣 ，有子嗣者也沒有出名人。
皇帝通過幾條途徑削減八旗王公的自主權。在順治朝 ，皇帝鞏固了對三個旗 ———鑲黃旗、正黃旗和正白旗的控製 ，使這三個旗成為 “上三旗 ”。在下五旗 ，牛錄連同爵位繼續由父親傳給兒子，王公仍然擁有對牛錄的傳統權力。①在17世紀和 18世紀 ，旗兵對旗主的忠誠因八旗的擴大而被淡化。創建新牛錄的一個重要辦法是在皇子建立自己的家庭後讓他們到下五旗任職。爵位遞減之法意味著這些牛錄最終將歸於皇帝的上三旗 ，但這個過程需要傳承幾代才能完成。
在平定三藩之亂 (1673—1681)的過程中 ，被委任為各旗統帥的王公表現拙劣 ，這使皇帝得以乘機剝奪了旗主指揮自己的軍隊打仗的權力 ：5位王公失去了爵位 ，另有 1位被罰俸一年。
在後來的戰役中 ，康熙皇帝擁有了委任統帥的權力。在平定蒙古首領噶爾丹之役中 ，玄燁的兄長裕親王、弟弟恭親王和兒子允都在統率八旗軍隊的王公之列。在第二次遠征時 (1693年)，康熙皇帝有 5個兒子各統率一支八旗軍 ，而他本人則統馭著主力部隊。在康熙皇帝親征並擊敗噶爾丹以後 ，他委任皇子允 (1718年 )率大軍征伐噶爾丹以前的盟友策妄阿拉布坦。
八旗管理體製的官僚化也在皇帝戰勝旗主的過程中幫了皇帝的忙。這個過程開始於皇太極賦予八旗官員各項新權力 ，並鼓勵八旗管理體製官僚化。八旗的管理權不再由八旗貝勒掌握 ，而是轉移到了皇帝委任的都統和副都統手中。第一批官員的任命是臨時性的。1718年，康熙皇帝委任他的第七子允祐在帶兵打仗期間管理 3個正藍旗的事務。出於同樣的理由 ，他委任第十子允管理3個正黃旗的事務 ，委任第十二子允祹管理滿洲、蒙古和漢軍正白旗的事務。後來 (1722年)允祹成為滿洲鑲黃旗都統。玄燁的十七子允禮從 1724年到 1733年先後出任滿洲鑲紅旗、漢軍鑲藍旗和蒙古鑲藍旗都統。雖然這些皇子都有親王銜 ，但他們不是麾下各旗的世傳旗主。相反 ，他們隻是管理者 ，代表皇帝行使管理權。