有兩個派係是從直係軍閥中分裂出來的。一個是孫傳芳從直係王占元部分化出來，進占福建，之後並吞浙江，後擴展到江蘇、安徽、江西三省。孫傳芳自稱“五省聯帥”，雖然名義上屬於直係，但並不真正聽命於直係首領曹錕、吳佩孚，儼然自成體係。另一個是馮玉祥的西北軍。馮玉祥原是曹錕部屬，遭受排擠，後來聯合直係內部不滿曹錕、吳佩孚者，發動“北京政變”，囚禁曹錕，又聯合奉係大敗吳佩孚。西北軍勢力占據陝甘寧和河南、河北部分地區，而奉係大舉入關，勢力擴展到河北、山東，甚至蘇北、皖北。
另外，山西的晉係軍閥閻錫山，徐州一帶張勳的定武軍，西南的滇係軍閥唐繼堯和桂係軍閥陸榮廷等割據一地，並不屬於北洋軍隊。四川更是軍閥混戰的“法外之地”，大大小小的軍閥難以確數，白天大家還在一起喝茶，晚上就刀兵相見。不過四川軍閥都信奉“肉爛在鍋裏，也不讓外人吃”，自己可以打得頭破血流，可一旦其他省份軍閥覬覦四川，他們就立刻聯合起來一致對外。大軍閥集團內部，又分化出小軍閥。那些鎮守使、督軍、巡閱使、聯帥割據一地，有時是幾個縣甚至隻有一個縣。總之，當時中國有多少軍閥，壓根無法統計。
這些軍閥時而合作、時而兵戎相見。1926年、1927年的北伐戰爭是軍閥演變的分水嶺。廣東國民政府興兵北伐，西北軍的馮玉祥、晉係的閻錫山先後響應，先後殲滅孫傳芳派係、吳佩孚的直係。張作霖被日本人炸死後，其子張學良率領奉軍易幟，聽從命令。其他西南、西北小軍閥也聽命於國民政府。至此，國民政府在形式上消滅了軍閥割據，統一了中國。
但是，國民政府的統一，隻是把各派軍閥紛爭、不相上下的局麵，轉變為蔣介石一人獨大，其他軍閥尚存的局麵。當時除了蔣介石的中央軍，還有馮玉祥的西北軍、李宗仁的桂係、閻錫山的晉係、張學良的奉係，此外還有劉湘、盛世才、馬步芳等小軍閥。他們被稱為“新軍閥”，以區別於之前的“舊軍閥”。
蔣介石花費了二十幾年剿滅異己，剪滅雜牌軍。其他派係勢力更加衰落，難以與中央軍抗衡。但直到國民政府覆滅，蔣介石也沒能消滅所有異己勢力。
不過，最初的北洋新軍卻走到末路。國民政府成立後，保留下來的北洋新軍主要是奉軍和西北軍。著名的有張學良、楊虎城、韓複榘等部。他們是蔣介石屠刀時刻對準的目標。在之後的國內戰爭、抗日戰爭、解放戰爭等時期，這些雜牌軍被蔣介石當作炮灰。解放戰爭中，有北洋新軍“基因”的國民黨雜牌部隊或起義、或投降、或被殲，最後的殘部在解放上海時被華東野戰軍殲滅。至此，軍閥混戰永遠告別了中國曆史舞台。