法軍在3月底占領了澎湖島及漁翁島。清軍正要在各處對法軍發起大規模反攻，清廷下達了停戰撤兵的命令。
法國發動侵華戰爭後，各方麵圍繞和戰問題的外交活動和秘密談判幾乎沒有停止過。鎮南關大捷本來使中國在軍事和外交上都處於有利地位，但清廷在整個中法戰爭期間，即使在被迫宣戰以後，也擔心“兵連禍結”會激起“民變”、“兵變”，因此始終或明或暗、直接間接地向法國進行求和活動。李鴻章等人主張“乘勝即收”，把鎮南關大捷當作尋求妥協的絕好機會，建議清廷立即與法國締結和約。
4月4日，清廷派出的英籍代表金登幹和法國外交部政務司司長畢樂在巴黎匆促簽訂停戰協定。之後，清廷明令批準李福天津《簡明條約》，並下令北越駐軍分期撤退回國，要求法國解除對台灣和北海的封鎖。中法戰爭至此停止，慈禧太後頒發了停戰詔令。
5月13日，清廷任命李鴻章為談判代表，與法國政府代表、駐華公使巴德諾在天津開始談判中法正式條約。
6月9日，雙方在天津簽訂《中法會訂越南條約》，共十款，主要內容是清廷承認法國對越南的保護權，承認法國與越南訂立的條約；中越陸路交界開放貿易，中國邊界內開辟兩個通商口岸，“所運貨物，進出雲南、廣西邊界應納各稅，照現在通商稅則較減”；日後中國修築鐵路，“應向法國業者之人商辦”；此約簽字後六個月內，中法兩國派員到中越邊界“會同勘定界限”；法軍退出台灣和澎湖。
6月11日，孤拔傷勢惡化，死於澎湖島。
中國在這次反侵略戰爭中，本來有可能取得最後勝利，隻是由於清廷的懦弱和妥協，勝利的成果才被葬送。
歐陽利見聽說中國不敗而敗，法國不勝而勝，悲憤不已，積憂成疾。
彭玉麟聽說清廷求和，不勝憤慨，堅決主張把抗法戰爭進行到底，反對和議。他多次上疏力爭，但沒有效果。和議簽訂後，清軍已經停戰撤兵，他還上疏請求加緊備戰，以防後患。
和他一起創建湘軍水師的楊嶽斌，則告假從台灣回家。
這一年，楊昌濬兼代福建和台灣巡撫，與劉銘傳一道，從事台灣行政製度改革，加強福建和台灣的防務。
中法戰爭一結束，楊昌濬便一手籌辦台灣建省。
他一生生活儉樸，官至總督回鄉探親，仍製止親人購買魚肉，隻求飽食紅薯和蔬菜。
有一次，兩江總督沈葆楨聞知他歸裏，遠道前來探望，他讓家人烹煮紅薯、蘿卜和豆腐招待，席間喝的是雜糧酒。兒時的玩伴稱他為“薯蔬總督”。
中法戰爭結束後，四十四歲的孫開華回任代理福建陸路提督，不久實授福建提督。戰功卓著的王德榜則卸甲回鄉。
李元度出任貴州按察使，上疏陳述籌防籌餉之策，主張仿照洋人的辦法修造炮台，建議福建巡撫專駐台灣，以防法國和日本等國侵略。他還建議在國外華僑寄居的地方設立公使館或領事館。
劉錦棠於4月份率部進駐省城烏魯木齊，上奏請調烏魯木齊和巴裏坤旗兵一起進駐古城，設城守尉治理。增設一名布政司經曆，一名布庫大使，一名鎮迪道庫大使兼按察使，一名迪化府經曆兼司獄。將迪化州吏目改為縣典史，將迪化州學正改為府教授。裁撤庫爾哈喇烏蘇糧員，設一名撫民同知，一名照磨兼司獄。裁撤精河糧員，設一名分防驛糧巡檢，隸屬同知。喀喇巴爾噶遜的糧員由迪化知縣兼任。又奏請裁撤伊犁參讚大臣，增設兩名副都統，輔佐將軍，同駐惠遠大城。