徐邦道部到達金州後，會合金州的駐防練兵，在金州東路設防。督率部下晝夜趕修工事，分建堡壘於貔子窩至金州大道兩旁山頂，以防禦日軍來路。
11月5日上午，日軍第二軍第一師團第一旅團長乃木希典少將指揮兩個大隊的兵力，向徐邦道拱衛軍陣地發起攻擊。徐邦道指揮部隊憑壘據守，進行反擊，擊傷日軍第二大隊副官大野尚義及士兵二人。激戰三小時，日軍退去。
下午4點，日軍再次發起進攻，又被擊退。
11月6日淩晨，日軍占領了與拱衛軍陣地相距兩裏的高地，用大炮向拱衛軍兩側山頂堡壘猛轟，然後派步兵衝鋒。激戰兩小時，徐邦道部雖傷亡很重，但陣地仍屹立無恙。
由金州北路迂回進攻的日軍第一師團本隊，從後麵抄襲徐邦道部後路。徐邦道見敵眾我寡，腹背受敵，隻得放棄東路陣地，率部退入城內固守。
日軍在東路陣地上列炮，向金州城轟擊。第一師團本隊也在城東北的三裏莊集中三十六門大炮，用排炮向金州城猛轟。槍子彈藥，墜落如雨。接著，日軍派工兵用炸藥將北門爆破，潮水般湧入城內。不久，東門也被攻破。
徐邦道指揮守軍與日軍展開激烈巷戰，終因眾寡不敵，從西門和南門撤出，退往旅順。
日軍進占金州。
11月7日，日軍分三路向大連灣進攻，發現清軍早已潰散，不戰而得大連灣。
日軍休整十天後，於11月17日開始向旅順進逼。
徐邦道不顧金州新敗，軍士饑疲，決定在日軍進攻必經的道路上組織伏擊。
11月18日拂曉，徐邦道率部開往旅順以北二十裏的土城子一帶埋伏。中午，徐邦道所部在土城子以南與日軍的搜索騎兵隊遭遇，奮勇出擊，打退日軍。
徐邦道所部在金州新敗，行帳輜重遺失，糧草缺乏，隻好放棄陣地，退回旅順就食。
這一天，龔照璵竟置諸軍於不顧，乘魚雷艇逃往煙台。
11月19日，黃仕林、趙懷業和衛汝成三名統領也先後潛逃。
11月21日，日軍向旅順口發起總攻。徐邦道率部守衛雞冠山堡壘，指揮部隊頑強抗戰。激戰一小時，擊斃日軍第十四聯隊第一大隊長花岡正貞及多名日軍。
但是，日軍已攻破了雞冠山西側的椅子山、鬆樹山和二龍山諸堡壘。徐邦道孤軍難守，被迫率軍退入市區。
下午，日軍占領了旅順後路各堡壘，突入市區。攻守雙方激烈巷戰，清軍死傷慘重。當晚，徐邦道、張光前和程允和等人率殘部乘夜沿南關嶺退往金州。
第二天早晨，旅順口陷落。日軍進入城內，血洗全城。
旅順陷落後，日本第一軍西攻海城，清軍棄城逃走。海城失陷。奉天府受到威脅，遼西震動。
隨著清軍節節敗退，清廷內部主和派已占上風，大肆進行投降活動。日本海軍已在渤海灣獲得重要根據地，從此北洋門戶洞開。北洋艦隊深藏威海衛港內，戰局更加急轉直下。
12月22日，代理湖南巡撫邵友濂奉命趕赴日本議和。戶部左侍郎張蔭桓代理湖南巡撫。