清光緒二十四年（1898年）春，周樟壽決定到南京去求學。
在清光緒年間，中國還是用科舉考試取士用人，凡是有誌上進的讀書人必須熟讀四書五經，刻苦練習做八股文準備應試，經過考試取得了秀才舉人的頭銜，便有了往上爬的階梯。在人們的眼裏，隻有這一條路是“上進”的正路。樟壽讀書很快，除了四書五經之外還讀了其它經書，文章也已經達到“滿篇”，一切應試準備早已完成。但是，他不能坐等應試。父親去世以後，家境貧困沒法坐守下去。做錢莊或當鋪的夥計之類，他是不願意幹的。沒有別的什麼好辦法，他決定外出進學堂念書去。
什麼小學中學的，那時候還都沒有。經維新變法之風一吹，紹興也有了一所“中西學堂”，隻是學一些英文、法文、算學之類，課程科目很少。此外，南京和杭州等處也有幾所特殊的“書院”，講授格致之類的所謂西學，樟壽倒是很感興趣，但是需要很大一筆學費和食宿費。那時候，自從祖父入獄，父親病故以後，周家已經敗落，家境十分貧困，負擔不起昂貴的學雜費。在天津、武昌、南京、福州等地有幾所水師陸師學堂，都是免費的，學生不但不用交學費，每月還可以得到津貼（也叫贍銀）。那時候，中國人有個說法是“好男不當兵，好鐵不打釘”，因此投考軍事學校的人很少。這種學校當然不能稱為書院，而是叫做“學堂”。於是，樟壽想，外出求學，家裏拿不出錢來，隻好進公費水師陸師學堂，又考慮到路程的遠近，便決定到南京去進水師學堂。
樟壽想進水師學堂，倒不是誌願去當海軍軍人，實在不過是為了可以免費讀書罷了。再說，在南京，江南水師學堂裏有一個本家叔祖，也好去投奔他。介浮公的潘姨太太的兒子、叔叔周伯升已在前一年考入了這所學堂。但是，進這樣的“學堂”學洋務，是當時社會上走投無路的人才選擇的，會被人家恥笑奚落的。兒子選擇這條路，母親魯瑞自然是不樂意。母親的心情是複雜的，不讓兒子進“學堂”，又有什麼辦法呢？兒子選擇這條路自有他的道理，於是便答應了。兒子要去學習，母親幾經周折籌集了八元錢給兒子作路費，樟壽從母親手中接過這八元錢，不敢正視母親，激動地撲在母親的懷裏，母親止不住眼淚往下流。
清光緒二十四年（1898年）閏三月十一日，周樟壽告別了母親，告別了故鄉，從紹興出發，經過杭州上海，於十七日到達南京。
江南水師學堂和陸師學堂都在南京城北。水師學堂距鳳儀門不遠，它那高高的桅杆，老遠便可以望見。陸師學堂則在牌樓附近，從水師學堂到陸師學堂也不遠。水師學堂和陸師學堂都是軍事學校。
本家叔祖周椒生是江南水師學堂的輪機科舍監。周樟壽到南京後便投奔叔祖處，暫住在叔祖的後房。這位叔祖雖然以舉人資格擔任了監督的差使，思想卻有點頑固守舊，覺得本家子弟進學堂“當兵”不太好，至少不宜拿出家譜上的本名來，因此就給周樟壽改名字。取“十年樹木，百年樹人”之意，便給樟壽取名為“樹人”，號豫才仍然可以使用。從此，周樹人這個名字便開始使用，並在日後傳遍全中國和全世界。