周樹人到仙台醫學專門學校學習醫學，是出於一種尊重生命和愛護生命的宏願，希望在學成之後能夠博施於眾。可是，一件意外的事情極強烈地刺激了他，使他毅然決定告別仙台放棄醫學。
在黴菌學課堂上，中川教授給學生們講課，常常利用影片演示細菌的形狀和結構。一天，在一節課的內容講完之後，還沒到下課時間，於是，他便給學生們加放一段時事片。時值日俄戰爭剛剛結束，他便放一部日本戰勝俄國的片子。然而，這次影片上卻出現了中國人。影片中，一個中國人給俄國人做偵探，被日本軍捕獲綁赴刑場，要槍斃了，一群中國人走過來圍觀。這些圍觀的中國人神情麻木，對同胞遇害竟然無動於衷。
“萬歲！”日本學生們都鼓掌歡呼起來。
這種歡呼，每看一部片子都是有的，但是今天，周樹人聽來，這一聲歡呼特別刺耳，就像一支箭刺入他的心！這時，那個寫匿名信的學生會幹事趁機譏諷道：“隻要看看中國人這副樣子，哪有不亡國的道理！”在這間令人窒息的教室裏再也呆不下去了，周樹人懷著滿腔痛苦、悲憤與怒火走出了教室。
幾天來，周樹人坐臥不安，那一幕令人痛心的畫麵不斷出現在他的腦海中，那一聲刺人心肺的歡呼聲不停地響在他的耳畔。這一次，他的思想受到極大的震動，民族自尊心受到極大的挫傷。他反反複複思考著一個問題：怎樣才能拯救自己的祖國，怎樣才能改變中國人的愚昧麻木？“日本愛國學生”的歧視，中國同胞的被殘殺和麻木，這一係列的殘酷現實，使他深深地感到醫學隻能救治人們的身體，而救治不了人們的精神；要拯救自己的祖國，首先要救治人們的精神，喚醒沉睡麻木的人們。因此，醫學救國的道路不通，周樹人決定棄醫從文，以文藝為武器喚醒中國人民拯救自己的祖國。這是他思想上的一次飛躍，也是他人生的一次重要轉折。
到第二學年的終結，周樹人找到藤野先生，告訴先生自己決定不再學醫，將要離開仙台醫學專門學校。藤野先生聽了，臉上呈現出悲哀的表情，似乎想說什麼，卻又沒說出來。
“我想去學生物學，先生教給我的學問，還是有用的。”周樹人看到先生有些淒然，便說了一個安慰他的謊話，其實並沒有決意要學生物學。
“為醫學而教的解剖學之類，怕於生物學也沒有什麼大幫助。”先生歎息說。
周樹人要離開仙台了。臨行前，藤野先生請他到自己家裏，送給他一張自己的照片，在照片背麵寫了兩個字“惜別”。先生希望他也送一張照片，可惜當時他沒有照片。先生便囑咐他將來照了照片寄來，並要常寫信談談日後的情況。
周樹人從此與醫學告辭了。周樹人離開了藤野先生，但是，藤野先生給他改正過的那些講義，他把它們訂成三個厚本收藏著，本打算作為永久的紀念，不幸在一次遷居時一個書箱毀壞，那些講義連同半箱書都遺失了，責成運送局去找尋杳無音信。但那張藤野先生“惜別”的照片，一直掛在周樹人的書桌對麵的牆上。後來，在同反動派激烈鬥爭的日子裏，“隻有他（藤野先生）的照相至今還掛在我北京寓居的東牆上，書桌對麵。每當夜間疲倦，正想偷懶時，仰麵在燈光中瞥見他黑瘦的麵貌，似乎正要說出抑揚頓挫的話來，便使我忽又良心發現，而且增加勇氣了，於是點上一枝煙，再繼續寫些為‘正人君子’之流所深惡痛疾的文字。”（《藤野先生》）這是後話。