《神農本草經》全書分三卷，載藥365種，根據養命、養性、治病三類功效將藥物分為上、中、下三品。上品120種為上，無毒，主養命，多服久服不傷人，如人參、阿膠；中品12種為臣，無毒或有毒，主養性，具補養及治療疾病之功效，如鹿茸；下品125種為佐使，多有毒，不可久服，多為除寒熱、破積聚的藥物，主治病，如附子等。《神農本草經》的問世與《黃帝內經》一樣標誌著中醫理論體係的形成。其中《神農本草經》是我國第一部藥學專著。之前的《山海經》、《詩經》雖也有植物藥的記載，但不是專著。所以，《神農本草經》的意義非凡了。前麵講的神農氏算是中國頭幾個植物愛好者，有他日嚐百草，記錄了很多草藥。古人開始有閑心，可以用兩種藥對付疾病了。進而覺得兩種野草一起食用，效果優於單種藥物的食用。進而有了三味藥的合用。既然三味藥效果又更加，何不繼續來點複雜的，所以中醫方子裏有的是多味中藥處方。但多味藥沒主角配角之分。
每味中藥有多種功能，像治療初期感冒的麻黃，除了發汗散寒的功能外，還具有宣肺平喘、利水消腫等其他功能。在中醫理論中，麻黃的這些功能是與此藥的辛溫性質相關。其中以藥的溫熱治療侵入人體的寒冷。
古人認為，五味、五色、五髒都是相對應的存在。在他們認出的五味裏辛味，它應該屬於現代的辣味。古人認為，辣味的植物有發散人體氣的作用。這點，也好理解，吃到辣味的食物，能感受體內的發揮出熱氣。就像紅軍過雪山，都要喝辣椒水，發散出體內氣逼迫到體表而對付寒冷。古人味覺裏辣味的麻黃，具有把侵入的寒冷邪氣驅除的功能。其中體弱的婦女或年老的人，因沒捕食動物能力，一定很喜歡植物。從植物中采集果實會讓她們喜悅，還有很多野草也可以直接食用。恰逢身體不好的，吃了某野草身體變健康了。有些聰明而喜歡歸納的古人，開始記錄這些野草的各種特點了。因此人們累了相當多的草藥知識。
到了東漢時期的張仲景，以《傷害論》奠定了中醫裏方劑理論。與明顯的社會階級製度一樣，處方中有了君臣佐使區別了。最重要的藥物，我們稱為君藥，以此類推，直到幾乎每個處方都出現的甘草這樣的使藥。在《傷寒論》最典型的《麻黃湯》裏，那種君臣佐使的分配就再明晰不過了。麻黃湯是針對外感風寒表症。這裏要提出的是，像寒、熱症都是風邪做載體才能進入人體。所以我們會講，風寒或風熱表症。麻黃湯中，麻黃是君藥，其要的辛味正好驅除主要敵人，臣藥桂枝就像一國的臣子一樣，邊幫助麻黃驅散寒邪又得收拾因寒邪留下的痛症等殘餘問題。寒邪經過的地方，也得留個人免後患，這就是保衛肺部的杏仁作佐藥。這些君、臣、佐之間需要相互溝通和關係變圓融的家夥，這個就是用處不怎麼大的甘草了。張仲景是中醫理論的始祖，我們至今還在研究他處方中的深義。
如果能理解方子，都會歎服張仲景是多麼聰明，他不再是穿著古裝的中醫師模樣的畫像，而會看到鮮活而極富創造力的內心。
說起中藥的性質，除了四氣、五味外，還有歸經可以說明屬於每個中藥的特性。那麼，中藥的歸經什麼意思呢。歸經其實就是指中藥藥物作用的定位。這裏就是把藥物的作用與人體的髒腑經絡密切聯係起來，以說明藥物作用對機體某部分的選擇性，從而為臨床辯證用藥提供依據。其中歸指歸屬，經指經絡。中醫依照經絡學說，把人體的髒腑組織器官都歸了“經”，每一“經”都有所屬的髒腑或組織器官。在臨床中，根據藥物對髒腑組織器官的治療作用，可以確定藥物的“歸經”。講規矩的時候，必須先把人體的髒腑組織器官歸“經”，然後，才能根據藥物對髒腑組織器官的治療作用確定藥物的歸經，以“經”為論理工具，是為了更加明確藥物作用的定位和趨向，突出藥物作用的針對性和選擇性，便於臨床應用。
至於藥物歸經的理論，是《內經》以後逐漸形成的，《內經》裏有萌芽。如《素問·宣明五氣篇》已有“五味所入，酸入肝，辛入肺、苦入心、鹹入腎、甘入脾，是謂五入”的記載。《靈樞·九針論》也有“酸走筋、辛走氣、苦走血、鹹走骨、甘走肉，是謂五走”的記載。這些記載表明，《內經》雖沒明確提出藥物歸經，但已根據藥物的性味總結用藥規律，為後世形成藥物歸經的理論，奠定了基礎。
到了東漢張仲景《傷寒雜病論》，用“六經”概括外感傷寒病錯綜複雜的臨床表現，歸納為“六經證”，對每一“經”的證候，都有治療原則和方藥，已經有了藥物歸經的芻形，為藥物歸經的形成以及在臨床實踐的應用，提供了方法和經驗。直到唐、宋時諸家本草，把藥物性能和治療作用與髒腑相結合的論述日益增多，如某藥“補肺”、某藥“益脾”、某藥“安心”等。北宋的寇宗爽，在論述澤瀉的功效時，已有“引藥歸就腎經”的說法。這說明，北宋時，明確提出了“歸經”的概念。金元著名醫家張元素對藥物的四氣、五味、升降浮沉和補瀉等方麵，作了全麵的闡說。在《珍珠囊》一書，書中最早創立藥物歸經學說。該書對每味藥幾乎都有“歸經”和“引經”的記載。並且認為，根據藥物的性能和治療作用而各歸其經，則療效更顯著。若歸經不明，無的放矢，則難以獲得確效。張元素所創的藥物歸經，還有引經、使藥等說法，進一步豐富了藥物歸經的理論，對處方用藥確有很大幫助。