4月13日，正當迪特裏希猶豫是否棄守維也納的時候，收到一份了由凱特爾、希姆萊和納粹黨務辦公廳主任馬丁·鮑曼共同簽署的指令，稱任何前線指揮官如若膽敢違抗命令的話，都將判處死刑，家屬也將囚禁起來。當看到這份近乎威脅的電文後，幾乎所有在場的黨衛軍軍官們都聳聳了肩，他們都曾經出生入死，對於這樣的威脅都感到輕蔑和不屑。鐵下一條心的迪特裏希隨即回電柏林，稱維也納局勢已經完全無望，接著立刻下令SS第2裝甲軍全部後撤渡過多瑙河。向西北方向的科爾紐堡突圍，與那裏的元首擲彈兵師、第96步兵師和SS第37“呂佐”騎兵師殘部會師。當帝國師最終撤離時，在德國人身後留下的是一個冒著衝天大火的都城，普拉特遊樂場中巨型的摩天輪就像一把高聳入天的火炬，無言地述說著戰鬥的殘酷。當天下午14點，蘇軍指揮官正式宣布維也納的德軍部隊已經被基本肅清。在遠方的莫斯科，紅場上的324門禮炮奉斯大林之命齊鳴24響，慶祝成功奪取維也納這座昔日哈布斯堡王朝首都，莫斯科電台還用德文廣播：“維也納居民和奧地利其他地區的人民不僅在戰鬥時協助蘇軍，製止德國人的抵抗，而且通過這樣的幫助解放維也納而保全了奧地利民族的榮譽”。
蘇聯蘇軍最高統帥部聲稱從3月16日反攻打響到4月13日奪取維也納之後，共計俘獲德軍官兵13萬人，擊毀和繳獲1345門坦克和突擊炮以及2250門火炮。僅4月3日至13日為止各部在維也納共擊斃德軍19000人，俘虜47000人，繳獲各型裝甲車輛636輛和火炮1093門。而蘇軍在3月16日至4月15日這段時間一共陣亡和失蹤了41359人，負傷136386人（其中保加利亞第1集團軍陣亡或失蹤2698人，負傷7107人），損失坦克603輛，火炮764門，飛機614架。此外維也納城內13%的建築物遭到了不同程度的損毀，約83000人無家可歸。然而，維也納相對來說要幸運得多，除了基本化為瓦礫，同為多瑙河畔城市的布達佩斯之外，華沙，柏林和德雷斯頓這樣大城市的城區都分別遭到了高達74%、54%和60%的摧毀。
在維也納的戰火平息之後，蘇軍最高統帥部隨即下達了新的作戰指令——烏克蘭第3方麵軍的中央和左翼移動至格拉茲方向，同時右翼朝聖珀爾騰前進，因此近衛第9集團軍轉入預備隊，部署在維也納西麵和西南麵的森林地區。近衛坦克第6集團軍則轉屬給烏克蘭第2方麵軍，而多瑙河艦隊指揮權將轉交給托爾布欣元帥。蘇軍在48個小時內開始行動，並且占據從摩拉瓦河穿越施托克勞和聖珀爾騰，直到格洛哥尼茨以西和馬裏波爾以東一線。這次在匈牙利，奧地利和南斯拉夫三國國境線連接處的突破，伴隨著維也納的攻陷，成功地圍困了在南斯拉夫和意大利北部的德軍部隊。蘇軍向西的迅速前進也造成了對駐守在捷克斯洛伐克德軍的縱深包抄，為即將到來的歐洲戰場最終一戰——布拉格戰役打下了基礎。
德軍方麵，維也納戰役之後，整個SS第6裝甲集團軍已經是行將分崩離析，不過由於蘇軍此時已經把戰略重心轉移到了捷克和斯洛伐克境內，所以使迪特裏希的殘破之師有能力暫時阻止蘇軍進一步向德國南部的進攻。4月底，巴頓將軍麾下的美第7集團軍以及派奇的美第3集團軍已經突進到了德國南部地區。此時，迪特裏希已經失去了和其許多部隊的聯絡。5月8日納粹德國政府宣布投降，不過迪特裏希的黨衛軍部隊並沒有立即執行。5月9日下午2點40分凱賽林元帥再次向迪特裏希通告了帝國政府的投降命令，但當天晚上黨衛軍各部都拒絕放下武器，向東麵殺來的俄國人投降，他們很清楚這會意味著什麼。黨衛軍很快就轉頭向西麵的美軍繳械投降。迪特裏希本人則向美第7集團軍第36師投降，當時負責受降的赫伯特·柯拉茲軍士長對著這位落魄的德軍高級將領一臉的詫異，“他一點也不像一個集團軍司令，倒更像是一個鄉村雜貨店老板。”對於一個曾在各個最險惡的戰場征戰了6年的老兵來說，這麼一個結局實在不那麼的光榮和體麵。