當時京城殘破，國子學即設於長春宮內。太宗曾為此事頒發過兩通“宣諭”聖旨，後立碑於國子學內，稱《宣諭奪羅等聖旨碑》、《通諭夏學子弟員等聖旨碑》，文中除具列蒙、漢學員名（蒙人十九，漢人二十八）外，即列有：宣授蒙必闍赤（意為書生）四牌子總教馮誌亨，宣授金牌提舉國子學事中書楊維中，禦前宣議國子學事仙孔八合識（意為師傅）李誌常。
蒙古貴族入主中原，亟須學習“漢法”以治漢地，全真道首領適逢其會，成為蒙古族學習“漢法”之師。這無疑是全真道獲得統治者支持而取得很大發展的重要原因之一，李誌常也因此受到太宗的殊遇。
元太宗十年（1238年）春，尹誌平以年老薦李誌常繼任掌教，李誌常“度不能辭，乃受之”，從此正式成為全真道的領袖。
李誌常繼任全真道掌教後兩個月，朝廷賜其“玄門正脈嗣法演教真常真人”號。是年四月，李誌常向朝廷奏呈教門之事，請示對終南山“靈虛觀”進行修繕。“靈虛觀”是全真教祖王重陽煉真開化之地，此次經李誌常請示而得旨改稱為“重陽宮”，並得到了大規模的擴建。
“重陽宮”營建完畢後，李誌常請於善慶住持之，並請旨讓他主領陝右道教事務，又請白雲綦公及無欲李公輔佐於善慶，從而促使終南山一帶的道教進一步走向了興盛。1245年，李誌常又奏請將河東永樂的“純陽祠”改稱為“純陽宮”。“純陽”是呂洞賓的號，呂洞賓曾被全真道尊為“五祖”之一。李誌常奏請將呂洞賓的祠廟改為宮觀，目的不過是想使之升格以提高全真道的地位、擴大全真道的影響。
公元1246年，元定宗繼位，命李誌常於戊申（1248年）“上元”日，在長春宮設“普天大醮”，祀三千六百位神。“普天大醮”是道教醮儀中最隆重的一種。在舉辦這次醮儀期間，李誌常還得旨“選行業精嚴之士，普賜戒籙”，“凡名山大川諸大宮觀及玄門有道之士，委師（李誌常）就給師德名號”。海迷失後二年（1250年），李誌常及隨丘處機赴西域的其餘十七人，皆奉旨封大師。全真道的勢力進一步擴大。
元憲宗繼位後，欲遵祀典而遍祭天下名山大川。辛亥（1251年）十月，憲宗遣使召李誌常至宮闕吩咐此事，親手將祭祀所用金盒錦幡交付李誌常，撥白金五千兩，以充費用，又派近侍哈力丹與他同行。
李誌常離京之日，元憲宗又授之金符、璽書，命他統領天下道教。李誌常出京之後，全國各大名山勝地均接到“行祀事”聖旨，曆恒山、泰山、衡山、嵩山、華山等地，每至祭所則設“金籙齋”（道教謂能保鎮國祚）三晝夜，“承製賜登壇道眾紫衣”，對參預行醮的官吏“賞賚有差”，並沿途“詢問窮乏，量加賑恤”；後又在濟源（河南焦作市）合祭四瀆，“多有征應”。
次年（1252年）正月，李誌常奉旨來到終南山祖庭“敬展精衷，恭行祀禮，規度營建，整治玄綱”，“凡山下仙宮道觀皆為一到，以是地係教門根本故也”。至四月，還燕京。回京途中，李誌常又繞道經山西永樂純陽宮，親視該宮的各項建設，九月始抵燕京。
公元1253年，元憲宗又命李誌常主持舉辦“金籙大齋”，還命他給天下諸路的道士女冠普發戒牒，並封他為“印押大宗師”。次年（1254年）正月，元憲宗遣使到各處宮觀召集諸路高道舉行“普天醮”，敕封李誌常為“大濟度師”，令他率領諸路高道濟度海內亡魂，還撥出黃金五百兩、白金五千兩，以及並龍壁環鈕、鎮信之物、焚獻香燈等物品，以供醮用。
公元1255年七月，李誌常前往元憲宗行宮覲見，恰逢西域諸國使臣來此進貢，蒙古太子及諸王設宴款待。憲宗命李誌常參預接待，並將他安排在皇宮附近住宿，以便“谘以治國保民之術”。同年十二月，憲宗召見李誌常並對他說：“朕欲天下百姓安生樂業，然與我同此心者未見其人，何如？”李誌常奏對道：“自古聖君有愛民之心，則才德之士必應誠而至。”又列舉了曆代皇帝用賢而致國泰民安之事，深得憲宗讚賞。憲宗還命侍臣將李誌常所言“書諸冊”，以使後代永記。這次召見，李誌常自正午入宮，至晚掌燈時方才退出。由此可見，憲宗對他所言是頗感興趣。窩闊台繼位之後，李誌常便一直受其尊寵，屢被征聘。李誌常周圍的其他道士如綦誌遠、王誌坦、李克柔等，皆受寵信。
李誌常掌教期間，不少士大夫因金亡之後流離失所，或淪為賤隸，或凍餓街頭。李誌常則“委曲招延，飯於齋堂，日數十人”。其中不少人因此去儒為道。此舉深得士大夫們的稱讚，孟樊鱗在《十方重陽萬壽宮記》中盛稱：“曆觀前代列辟重道尊教，未有如今日之極；教徒蕃衍，道門增廣，未有如今日之盛。興作之日，四方奔走，而願赴役者從之如雲。”由此可見，在蒙古統一全國之前，全真道的勢力已經相當強盛。王惲說：“全真教倡於重陽王尊師，道行於丘仙翁（丘處機），逮真常李公，體含妙用，動應玄機，通明中正，價重一時，可謂成全光大矣！”李誌常掌教十八年，全真道仍方興未艾。
李常誌晚年，因佛道矛盾激化，憲宗五年（1255年），爆發了關於《化胡經》和《老子八十一化圖》之爭，全真道在辯論中失敗。翌年，李誌常之弟子再敗於福裕，被勒令焚毀道經，全真道遭到嚴重打擊，其鼎盛局麵從此結束。
在無盡的屈辱與憤懣中，李誌常將教事付予張誌敬。次年（1256年）憤恚而卒，終年63歲，前後共主持全真教事務凡二十一年。中統二年（1261年），追贈“真常上德宣教真人”。至大三年（1310年），加封“真常妙應顯文弘濟大真人”。
李誌常注重培養道教的接班人，如張誌敬就是他精心培養出的道教人才，“長春道侶，不下數百，獨能識誠明（張誌敬）於齡稚，教育成就，卒付重任”。此舉被稱為“將壇高築拜韓信，千古盛事驚三軍”。是故，李誌常在當時的道眾心目中享有崇高的地位，“雲軿所至，傾動南北，香火送迎，絡繹不絕”。他的去世給道眾帶來了巨大的悲哀，“素服長號，若喪考妣，遠者出迓仙靈，為位以哭”，“可謂其生也榮，其死也哀”。死後，張誌敬等全真道領袖，曾請翰林學士王鶚為其撰銘，對其一生予以了高度評價，銘曰：
粵惟真常，係出仙李。重陽裔孫，長春嫡子。笑授弓弦，傳法微旨。留建棲霞，嗣教伊始。言必成章，動必循理。誠以待士，廉以律己。萬日推尊，三朝付倚。善始令終，榮生哀死。蒼蒼五華，涓涓一水。窈兮窀穸，悶我冠履。付畀得人，追書遺美。有狀斯述，有傳斯紀。仙靈雖升，仙聞不已。
丘處機遠赴西域覲見成吉思汗，被成吉思汗封為大宗師，掌管天下所有出家人。由於道教與成吉思汗的這種特殊親密關係，道教在前期蒙古帝國中的勢力一直很大。
蒙哥汗繼位後，雖然他本人信奉薩滿教，但繼續執行成吉思汗宗教信仰自由的政策，對佛教、道教、景教（唐代以來流行於中亞一帶的一種基督教流派）等也沒有任何偏見。開始他任命海雲和尚掌管全國佛教事務，令丘處機弟子李誌常掌道教事務。後來又封出生於克什米爾的僧人那摩為國師，掌天下釋教。
此時，道教全真派弟子憑借過去的優勢地位，在燕京、河北及晉北地區勢力迅速膨脹，欺壓佛教徒，甚至將四百餘所佛寺改為道觀。還編造了一本《老子化胡經》，說什麼當年老子騎青牛西遊，最後到了古天竺，投胎於佛祖母親腹中，成為釋迦牟尼的化身。實際上是想借此在佛道兩派之爭中取得理論上的優勢地位。他們不僅在民間廣泛散布，甚至在朝廷內大肆傳播。這種做法自然會引起佛門弟子的不滿。
蒙憲宗四年（1254年），由阿裏不哥在和林主持過一場宗教辯論會。當時蒙哥派了三個書記官，宣布了辯論規則。佛教與伊斯蘭教、基督教徒聯合在一起，對道士們進行批駁。一位西方來的傳教士魯不魯乞則乘機大力宣揚其有關“上帝”的理論。這實際上是一場針對全真道教有貶低傾向性的辯論會，意在打壓道教的優勢地位。全真道士們認為這實在滑稽，迫於當時的壓力，隻能以沉默的方式表達他們的不服與反抗。蒙哥大汗既不偏袒佛教，也不偏袒基督教，而是“酷信巫覡卜筮之術”，他認為西方傳教士所說的“上帝”，也不過是蒙古薩滿教所說的“長生天”而已。對於全真派以勢壓人的做法，蒙哥大汗很不認可，辯論會實際上就是在蒙哥汗的授意下舉行的。
當阿裏不哥向他稟報了宗教大辯論的結果時，他曾於1255年將道教首領李誌常和佛教代表福裕等召到自己身邊進行麵訊，“李誌常等義墮辭屈，奉旨焚偽經，還佛寺三十七所”。但在具體落實蒙哥的命令時，道士們又陽奉陰違，尤其不願意交還佛門的廟產，而《老子化胡經》照樣在社會上流傳。
1257年秋，那摩國師與蒙哥汗一起來到六盤山，為蒙哥出師祈禱。再次提到了道教首領李誌常和張真人等欺辱佛教的情況，並說他們還在到處散布《老子化胡經》，根本就沒有執行蒙哥大汗的旨意。
蒙哥汗十分氣憤，當即決定，由那摩國師通知天下佛教首領，由燕京行省通知李誌常及天下道士，再舉行一場更大規模的佛道兩教大辯論。蒙哥令忽必烈主持辯論會。1258年春天，忽必烈於開平府的大安閣舉行了這場佛道大辯論。這是中國曆史上規模最大、規格最高、影響最為深遠的一場宗教辯論會。對各教派在中國的發展和演變，對促成始於唐宋以來的儒、佛、道三教合一，對中國宗教文化的發展都產生了很大的影響。
佛教方麵以那摩國師為首，另有薩迦派教主八思巴、白教教主二世活佛噶瑪拔稀、河西國師、外五路僧（畏兀兒僧）、大理國師、少林寺長老、五台山長老、圓福寺長老等三百餘人。八思巴，本名羅追堅讚（1235—1280），九歲時就能在法會上給別人講經說法，到17歲時，繼承了藏傳佛教薩迦派第五代祖師教主，是一個天才少年。1253年，忽必烈在征服大理回程中，在涼州召請八思巴到軍營會見。元定宗元年（1246年）五月，闊端代表蒙古汗廷，薩班代表吐蕃地方，共同達成了吐蕃歸附蒙古帝國的協議。闊端表示，今後不再對吐蕃用兵，薩班則同意吐蕃歸附蒙古汗。那年八思巴才十一歲，參加過師父薩班與窩闊台汗二王子闊端吐蕃歸順蒙古的協議。忽必烈召見時，薩班已經去世，要落實這個協議，忽必烈隻好找到八思巴。忽必烈要求八思巴以吐蕃代表的身份到吐蕃地區攤派兵差，征集財物。八思巴強調吐蕃地區百姓生活貧困，拒絕執行，雙方不歡而散。
眼見吐蕃歸順就要變成為一張廢紙，察必王妃親自出麵斡旋，向八思巴表示仰慕藏傳佛教，八思巴於是收納王妃等人為俗家弟子，並同意隨忽必烈回和林繼續說法論道。察必王妃選擇了二十四個能誠心信佛、遵守教規的人接受了喜金剛法戒，皈依了佛門。並說服忽必烈接受了八思巴為其夫婦舉行的密宗喜金剛灌頂儀式，尊23歲的八思巴為上師。八思巴也同意代表吐蕃各教接受蒙古的統治。他以自己的影響，告誡吐蕃各地的領主大教，希望他們歸附蒙古。以後忽必烈又奉藏傳佛教為國教，立八思巴為帝師。蒙古人以全民族對藏傳佛教的信奉換取了西藏的歸順，兵不血刃使政治問題獲得解決，為西藏從此正式納入祖國版圖起到了重大作用。
另一位人物，白教教主二世活佛噶瑪拔稀為吐蕃另一派別蔡巴噶舉派教主，亦名卻吉喇嘛。1255年，在絨域的色堆地方會見了忽必烈，然後，隨同前往忽必烈的宮帳，與忽必烈結為福田與施主的關係。忽必烈看他年歲較長，佛法精深，請求他長期留下輔佐佛事。可他為了攀結更高的靠山蒙哥，沒有接受。後為蒙哥所賞識，並說服蒙哥接受藏傳佛教，為蒙哥汗傳授了灌頂和教誡等，是蒙哥汗的上師。
在蒙古興起以前的西藏存在四教八宗等諸多教派，各地領主分治，在蒙古興起的過程中，投靠了各位宗王。隻有薩迦派的八思巴站對了隊，借助忽必烈蒙古人的勢力，薩迦派後來在西藏一枝獨大，也客觀上玉成了西藏內部的統一。 全真道知道這又是一場意在打壓道教的辯論會，但已不可能再采取避而不答的方式來回避，隻好作應戰準備，而最大的不利是在蒙古集團中有些地位的全真派掌門人李誌常已經去世。他們以哀師出征，派出以全真派新掌門人張誌敬為首，以王先生、道錄樊誌應、通判魏誌陽、講師周誌立等二百餘人參加辯論會。
忽必烈手下謀士姚樞、竇默、廉希憲、王盤等二百餘人被聘為裁判及公證人。規定雙方各有十七人參加辯論，如果道教勝利，十七名佛教徒要蓄發為道；相反，如果佛教勝利，十七名道士則要剃發為僧。
誕生於山東半島的全真道，由開山鼻祖王重陽所創建。在全真道誕生前的幾百年時間裏，中國北方一直處於分裂狀態，大部分時間受夷族統治。王重陽有更多的機會審視和思考其他民族的文化，並部分接受這種文化。
長期的分裂局麵，給老百姓帶來戰爭和災難，促使王重陽去尋求一種能讓國家統一的思想和文化。當接受道教創建全真教後，以道為宗，尋找“三教合一”的理論，形成以“尊道貴德”為宗旨，以“生德合一”為原理，以“性命雙修”為道術，內修煉養精氣神之真功，外修傳道濟世、苦己利人之真行，以達到“真性”不亂，功德成仙的最高目標。
王重陽力爭使全真道成為道家文化與佛學、儒學相結合的產物，高唱“三教合一”，王重陽說：“儒門釋戶道相通，三教從來一祖風。”弟子丘處機依據全真教教義，也說：“儒釋道源三教祖，由來千聖古今同。”再後來的李誌常也發揚了這個理論：“引儒釋之理證道，使學者知三教本一。”“儒曰存心養性，道曰修心練性，佛曰明心見性。”那篇《老子化胡經》就是這些理論的產物。
但全真道教在三教合一的理論中，強調的是道教的統率地位，在丘處機時期，也真是達到了這種統率地位。幾十年過去後，以佛教為主，向全真道教發起了挑戰；蒙古領導階層也在幾十年的征戰中，接觸了西域地方的宗教，不能再認可道教一枝獨大。蒙哥和忽必烈的上師，又都是藏傳佛教的傳人，在這樣的大形勢下，全真教參加的這場辯論會，早已注定是必輸無疑的結果。
其實，在蒙古人營建統一大業的過程中，最應該需要全真道教“三教合一”這樣的理論，隻是以蒙哥汗為首的蒙古統治階層，根本不可能認識到這個高度。 儒學在戰國末年已是顯學，但仍然是子學。到了漢代，特別是漢武帝實行“罷黜百家、獨尊儒術”的文化政策以後，不僅儒家經典被尊為經，而且儒學被正式確定為官學，用以指導國家的管理和社會的道德思想文化。其實質的作用要比宗教祭祀大得多，從此儒學成為中國文化的主軸。儒學的基本思想是“以宗法倫理為基礎”，進一步擴展為社會的倫理和政治的思想，以研究君臣、父子、兄弟、夫婦、朋友之間的關係，可以概括為“三綱五常”。
佛教在兩漢之際傳入中國，於漢末三國時期興起。印度佛教的進入，是中國第一次接受一種大規模的外來異質思想文化，對中國文化發展產生巨大影響。
道教孕育於戰國秦漢，正式誕生於漢末，是中國土生土長的宗教。它尊道而貴德，追求長生不死、得道成仙。它以老子即太上老君為尊神和教主，以《道德經》作為道經之首經。
儒、佛、道三教之間在這次辯論會之前，已經發生過幾次大的爭論。佛教教義所提出的“眾生平等，大慈大悲”，被道教攻擊為“無父無君，不講忠孝”。三教之間的這些爭論很多：一曰夷夏論之爭；二曰白黑論之爭；三曰神滅論之爭；四曰報應論之爭；五曰三破論之爭。
天才少年八思巴為佛教一方的主辯人，引經據典逐一批駁了全真道教的論點。道家在辯論會上一敗塗地，失敗後隻能如約行罰。忽必烈派使臣脫歡將道士樊誌應等十七人帶到龍光寺削發為僧，焚毀道教偽經45部。天下佛寺為道教所占237處，全部命歸佛教所有。
全真道教在辯論會上雖然失敗，但其理論觀點則在忽必烈心中留下深刻印象，加深了他對漢文化和以儒家為主的佛教、道教的認識。三教合一並沒有因為全真道教在辯論會上的失敗而終止，反而在以後的曆史演變中走向了更高層次的合一。
在這個三教合流的文化大格局中，禮文化、禪文化和道文化在文化與宗教的互動中，儒家的宗法倫理思想無疑始終居於主體和核心地位，道教和佛教反倒成了它的宗教表現形式。
在忽必烈當政時，積極地“采取故老諸儒之言，考求前代之典，立朝廷而建官府”。沿襲宋、金的封建傳統，在政治、經濟上采用“漢法”，並摻雜許多漠北“舊俗”，吸收曆代封建統治經驗，實行了一係列的改革。在思想文化領域，他對孔孟之道的作用也有較深的認識。大力推尊孔子，提倡理學。在中央設立國子監，教授蒙古貴族子弟，後來又吸收各族官僚地主子弟入學。在各路、府、州、縣也分別成立儒學。又給予儒戶以免役的特權。明令宣布：“孔子之道，垂憲萬世，有國家者所當崇奉。”並加封孔子為“大成至聖文宣王”。規定“非程朱學不式於有司（官府）”，以至於“海內之士，非程朱之書不讀”。與南宋相比，其勢更盛。
《長春真人西遊記》是一部非常重要的曆史文獻。記述長春真人丘處機不顧老邁之軀，不顧路途萬裏之遙，應蒙古太祖成吉思汗之召，於太祖十五年至十九年（1220—1224年）赴今阿富汗興都庫什山成吉思汗行營，去謁見成吉思汗途中的見聞。載《正統道藏》王一部，題“門人真常子李誌常述”。
該書分上、下兩卷。卷前收錄丘處機摯友孫錫所作《長春真人西遊記?序》，卷後為附錄，收成吉思汗致丘處機的詔書、聖旨，燕京行尚書省石抹公謹請丘處機住持天長觀的奏疏，侍行門人十八弟子和蒙古護持四人之名錄。
上卷述丘處機西遊經曆。開篇概述丘處機學道經曆及審時度勢，不應金、南宋邀請之事，次詳述丘處機應成吉思汗之召，西行傳道之經曆。丘處機率弟子趙道堅、尹誌平、夏誌誠、王誌明、張誌素、宋道安、孫誌堅、宋德方、於誌可、鞠誌圓、李誌常、張誌遠、綦誌清、楊誌靜、鄭誌修、孟誌穩、何誌清、潘德衝等十八人，於太祖十五年（1220年）正月十八日，從萊州昊天觀出發，經濰陽（濰縣）、青州（益都）、常山（今河北正定）至燕京。
然後出居庸關，至德興龍陽觀度夏。八月初，抵宣德州（河北宣化）朝元觀講道，複南往龍陽觀過冬。次年二月八日，離朝元觀，經蓋裏泊（伊克勒湖）、漁兒濼（內蒙東南的達裏諾湖），四月初，抵達貝加爾湖北的斡辰大王（成吉思汗四弟）帳下。又西行經呼倫湖，翻越庫倫（蒙古國烏蘭巴托）以南的高山，經長鬆嶺（杭愛山）抵達金山（阿爾泰山）東側的科布多附近，留門人宋道安等九人築棲霞觀以居。
丘處機繼率弟子九人翻越金山，跋涉準噶爾盆地東側的白骨甸（博爾騰戈壁灘）、大沙陀（古爾班通古特沙漠），經輪台至回紇昌八剌城。然後翻越陰山（天山）至阿裏馬城（新疆霍城縣境）。又西行至尋思幹城（撒馬爾罕）、賽藍城。然後經碣石城，過鐵門關（阿富汗庫爾勒城北），於太祖十七年（1222年）四月五日，抵達大雪山（阿富汗興都庫什山）成吉思汗行宮。