把公認的學術體係比喻為舞台，新奇而絕妙。而公認的學術體係居然能成為人類的認識陷阱，則更有多少曆史事實可以為培根先生作證。
然而思想體係的改變大非易事，一個體係的形成原本就不容易，而它一旦形成，豈是一朝一夕可以改變的？孔夫子的思想體係，從誕生到被官方認可，就用了幾百年，漢儒訓詁又用去幾百年，宋儒注經、講義理，明儒講心論性，再又用去幾百年，直到近、現代的新儒學。你要說，夫子體係永無更改，那不合乎實際，但真的換一個新體係，是那麼容易的嗎？即便是一種被公認的習俗，要改變它同樣十分困難。印度人敬牛如神，牛在街頭悠然徜徉，汽車遇上了都沒脾氣，這習俗要改掉它，容易嗎？
何況培根先生要反對的不僅一兩個體係而已。他要批評的體係，不是一種，而是三種——至少三種，包括“詭辨的、經驗的和迷信的”。他的總的矛頭是指向以亞裏士多德為主要代表的古希臘哲學體係。
但改變古希臘哲學思想體係之不易，正與中國人改變儒學體係之不易相同。但不解除舊體係對人們思想的禁錮，新的思想文化縱然有些建樹，終究不能成熟。而培根就是西方近代史上第一位高舉戰旗與古希臘整個思想體係叫陣的人。他寫《新工具》的目的，就是以亞裏士多德的《工具論》作靶子，他硬是要批駁舊說，確立新說。而且，要而言之，他確實是一位成功者。
(2)關於歸納法
歸納與演繹是邏輯學中最基本的思維方法，但西方近代史上的大哲學家們並非在單純邏輯學意義上對待和使用它們。
歸納與演繹二者缺一不可。沒有歸納的演繹走的是一條極端發散性道路，很可能送君一別，遙遙無歸期。而沒有演繹的歸納則既易滑入淺薄的陷阱，而且弄不好就成為某種沒有多少價值的封閉體係。
但在培根時代，歸納和演繹都處在曆史發展的時代邊緣。它們都需要在新的認識論的基礎上完成各自的開創與重建任務。而建立新的歸納方法的任務便為培根所得，至於確立新的演繹方法的重任，則落在法國大哲學家笛卡爾等人的肩上了。
培根的歸納法，主要批駁對象似乎依然是亞裏士多德的歸納法，但認真分析起來，所謂亞裏士多德的歸納法實際上是借著亞氏名義而充塞著中世紀哲學實質的中世紀神學邏輯。
培根反對舊說，不論它屬於中世紀還是亞裏士多德，一概予以反對和摒棄。對此，他比較集中地講了9條理由。這裏擇要錄之。
第一條，“正如我們現在所有的科學並不能幫助我們發現新的工作一樣，我們現在所有的邏輯也並不能幫助我們發現新的科學。”
這是一條總綱，開宗明義，先給舊邏輯方法定性——判了死刑。然後則把各種具體理由一一道來。其中的第三、第四、第九條似尤為重要。
第三條說：“三段論並不能用於科學的第一原理，而用於中間公理也是無效的；因為它比不上自然的微妙。因此它隻能強人同意命題，而不能把握事物。”
培根認為新邏輯的生命力在於它是從具體的事物中得來的，經過歸納，找出真理。而舊的邏輯方法隻是從命題出發，有時這命題幹脆都是錯的，以錯誤的命題作基礎，還強迫人們同意這命題，怎能歸納出正確的結論？
第四條：“三段論是由命題組成的，命題是由語詞組成的，而語詞是概念的符號。因此，如果概念本身（這是事情的根本所在）不清楚，並且是很草率地從事實中抽出來的，那麼上層建築便沒有穩固的基礎。”
這一條是對前一條的補充和具體化。他批評的要點是三段論的組成方式：三段論由命題組成，而命題由語詞組成，語詞則是概念的符號；倒過來講，就是從符號到語詞，再從語詞到本題，也就是說，是從概念到概念。而從概念到概念的方式，顯然是近代經驗主義哲學所不能同意的。培根所反對的正是這種不看具體事物，也不尊重經驗的完全從概念生發的舊有邏輯，更何況說，這種邏輯所使用的概念“本身就不清楚”了。用本來就不清楚的概念作為歸納基礎，所得出的結論自然更加糊塗。唯其如此，培根才專門在這個地方加上一個括弧，並在括弧中寫道：“這是事情的根本所在。”
第九條：“尋求和發現真理的道路隻有兩條，也隻能有兩條。一條是從感覺和特殊事物飛到最普遍的公理，把這些原理看成固定和不變的真理，然後從這些原理出發，來進行判斷和發現中間的公理。這條道路是現在流行的。另一條道路是從感覺與特殊事物把公理引伸出來，然後不斷地逐漸上升，最後才達到最普遍的公理。這是真正的道路，但是還沒有試過。”
由邏輯講到真理，算是講到“家”了。而當時流行的方法，是從感覺一下子“飛”到普遍公理。然後便認這真理是無所不能、無所不在、無所不容的法寶，隻管用它去“判斷和發現中間的公理”。其本質還是從教條到教條，從概念到概念，這辦法，培根是不同意的。他的方法是：“從感覺與特殊事物把公理引伸出來，然後不斷地逐漸上升，最後才達到最普遍的公理。”他的方法是漸進性的，先從具體事物中找到二級的真理，即他說的“中間公理”，然後再去發現更高層次的真理即“普遍公理”。那麼，什麼是中間公理呢？中間公理就是與所歸納的事物直接發生聯係的真理。比如我們的研究對象是鋼鐵，那我們不能從鋼鐵中一下子便歸納出普遍真理，而應該先找出有關鋼鐵的真理——二級真理，然後再去管普通真理。又比如我們研究軍事科學，我們必須先將一切有關軍事的現象和事物，歸納到軍事學的真理層麵上，然後再去考慮更高層次的真理。
很顯然，培根使用的方法有典型的經驗主義傾向。甚至直到今天，它依然對人類具有某種借鑒和啟迪價值。
培根不同意舊有的即他認為的亞裏士多德的歸納法。他從批判亞氏出發，創造了自己的方法。培根的歸納法，可以稱之為排除歸納法，也可以稱之為列表歸納法。前者代表的是他的分析原則，後者代表的則是他的表達方式。
所謂列表歸納法，即將分析過程亦即歸納過程列入幾個表內。英國的昆頓先生介紹了三個表，第一表稱為“存在表”，“在這個表中列出所要研究的本質可感覺的特性，同時對通常伴隨這種本質特性出現的各種現象提供一個全麵深入的說明。”第二個表稱為“缺限表”，“在這個表中所列的是：伴隨所研究本質的各種現象存在，在這一本質自身卻沒有出現的事例。”第三個表稱為“程度表”，本表“列出所研究的事物本質的大小程度，並同時列出一些其它易變特性的大小程度。”通俗地說，第一個表內所列的，是凡與所歸納對象有關的特性均悉數列出；第二表的作用，在於挑出那些非本質（有缺限的）特性，目的是對照第一個表，將其從歸納結論中剔出；第三個表則是對前二表歸納內容的複考，從而歸納出第一個表中所剩內容的真正本質。
這種歸納法顯然比單純利用三段式方法進行的歸納要複雜得多也科學得多。所謂科學得多，是說它適應了實驗科學的基本要求；它不再是從概念到概念，而是以實驗性手法，從具體事物的各種特性中歸納出對這事物的規律性認識。
培根介紹他的方法時，確實用了大幅度，下了大氣力。他以“熱”為例，親自做了一個列表試驗。
第一，將“在熱性上一致的各種事例”列入“存在表”。這類事例共有28項之多，其中包括：
“太陽的光線，特別是夏天的並當中午的；
帶火的流星；
燃燒性的雷電；
山口中噴射出的火焰；
．燃著的固體；
天然的溫泉；
滾沸的或加了熱的液體；
一切帶絨毛的質體，像羊毛、獸的皮和鳥的綿毛；
由燧石與鋼相互猛烈撞擊而打出的火花；
生石灰澆上水；
馬糞和類似的動物排泄物，當新鮮的時候
甚至尖銳的、極度的冷也產生一種灼熱的感覺。
詩句中有日‘北風尖冷兮如灼’；
其他事例。”
搜羅的夠全的，然這些內容雖然發熱或是熱的但不能說明它們就是熱，於是列第二個表將那些非本質性因素予以排除。
近似物中熱性缺如的各種事例，其內容包括32項之多，其中有：
“對照正麵的前表第一例——（一）月亮、星和慧星的光線在觸覺上不覺到熱；在滿月之下倒會感到一種嚴冷；
“對照前表第二例——（二）在所謂空氣的中界中，太陽光線並不發出熱。
“對照前表第四例——（九）有某種閃光，發光但不燃燒。它們來時，沒有雷聲相隨。”
如此等等。通俗地說，有些內容，例如光，雖然列入第一表，作為“熱性一致的各種事例”之一，然而，光並非熱，因為“表業已證明，月亮也有光，但當滿月的時候，人們不覺得熱，反而覺得冷。
還有第三個表，即“熱的各種程度或比較表”。這個表所列內容依然很多，共有32項。培根先生連批帶講，寫了好長一段。比如他說：“太陽愈近於地平垂直線也即愈行近中天時，所給的熱就愈大”；“太陽和其他行星當其在近地點時，由於距地球較近之故，比它們在遠地點時所給的熱要多一些”；“總之，天體的熱有三條途徑來增加：一是對地平的垂直度，二是接近地球即所謂近地點，三是與眾星的會聚或結合”。
比較之後，培根還不滿足，他又對歸納內容進行了一次列表排拒。比如“排拒之一”：“由於太陽光線，所以排拒四大元素的性質”。又如“排拒之九”：“由於空氣大部分是冷的但卻保持稀薄，所以排拒稀薄性”。
經過如此複雜——培根先生所講比我這裏征引的還要複雜10倍——的歸納之後，培根先生終於得出結論：“熱是一種擴張的、受到抑製的、在其鬥爭中作用於物體的較小分子的運動。”饒是如此，後麵還是加了兩點修飾。
老實說，培根得出的熱的結論正確與否甚至都不重要，關鍵是他提供了一種方法，這方法既符合實驗科學的大思路，又體現於經驗哲學——培根式的經驗哲學的本質特征。同時，它也是前人所未曾係統發現或預見過的。
(3)關於科學分科
分科在東方人特別我們中國人這裏是個頗帶曆史生疏性的概念。孔子習六藝，六藝也算分科。但其內涵與西方人的概念有本質性區別。西方則古有分科傳統，比如亞裏士多德一生就分別撰寫了《政治學》、《生物學》、《動物學》、《物理學》和《形而上學》種種。這在中國的先秦時代是不可思議的，在宋明大儒那裏也是不可思議的。中國古代固有天、算、農、醫之類的分科事實，卻少有明確的學科係統和學科概念。之所以如此，因為至少自漢代起，官學以儒為本，儒學以經為本，一切唯經是舉，分科已無必要，也無可能。西方固有分科傳統，但分科也與分科不同，中世紀時，一切以神學為主導，哲學不過是神學的附庸，科學不過是神學的奴仆，和中國的以經為本相比，更好似天下的烏鴉一般黑。以現代人的觀點看，神學可以成為一種曆史文化，但也可能成為窒息科學發展的工具，不幸中世紀時代，神學偏偏成了窒息科學發展的工具。培根一反舊說，以新時代成熟者的姿態，擔當主張科學分科旗幟的責任。培根的分科方法，包括兩個要點：
一是否定神學的統治地位，堅持神學隻能屬於上帝和教會。
據此，他將學問分成神聖的和非神聖的兩大部分。把有關上帝的學問即神學劃入神聖圈內——這從表麵看來好像是對神學的敬重，實際上是對神學地位的限定，讓它隻能在宗教範圍內稱王稱霸，不要多嘴多舌去管人間俗事。至於宗教之外的事情，則應由科學作主。他將科學列入非神聖的學問範圍，俗學管俗事，正好般配。而且他似乎還怕人們對非神聖的說法有什麼誤解，他不無幽默地寫道：“憑借我們對自然的理解，或者根據人類的知識去證明有關信仰的真理，在我們看來是不妥的……。我們不應該把上帝從神秘之境拉下來，以屈從我們的理性，相反地我們應該提升我們的理性，追求與神的真理相一致。”
第二個要點，是他對科學的分科進行過多層次多視角的研究。這些研究，盡管今天看來是有些過於瑣碎而且似乎也不夠科學，但在當時，無疑是一些大膽而又有益的嚐試。
比如他按照三種不同的思維能力進行分類，即將人類非神聖性知識分非曆史、詩歌與哲學三大類。為什麼這麼化分呢？因為“曆史依靠記憶力，詩歌依靠想象力，而哲學則依靠推理的能力”。
又比如，他將曆史按照自然、社會、宗教和文學進行分類；把哲學分為神的哲學、自然哲學和人文哲學，又將自然哲學分為物理學、形而上學等等。
培根的分科，其哲學價值大於實用價值，而且直接啟發和影響了下一個世紀法國大百科全書派的創始者們。
自然，培根的學科分類，不科學處顯然易見。他雖然在科學範圍內排除了神學的地位，但他畢竟不是一個無神論者。他將神學與科學分開的作法，隻是曆史發展中的一種過渡方式。這種過渡方式正好反映出他在分科問題上還留著一條並不美麗的尾巴。特別是他對數學的作用很不理解，認為數學隻是一種附助性學問，不能單獨成為一門學科，從而再次證明了他隻是一個科學的鼓吹者而不是科學的個中人。
縱觀培根的一生和他的哲學體係，他留給後人最深刻的印象，還是他是近代實驗科學的理論創始人。他的哲學代表作《新工具》，最重視的乃是實驗和經驗。《新工具》是一部語錄體著作。其第一卷第一章第一段，開宗明義，赫然寫道：“人作為自然界的臣相和解釋者，他所能做、所得懂的隻是如他在事實中或思想中對自然進程所已觀察到的那樣多。也僅僅那樣多。在此之外，他是既無所知，亦不能有所作為。”
說得確實很經驗也很漂亮，置之17世紀之初的西方，就顯得更經驗也更漂亮了。
培根去世後，對他的評價或高或低，時高時低。在他身後重要的思想家中，法國百科全書派，俄國的赫爾岑以及德國大哲人萊布尼茨對他都非常推崇，而20世紀的哲學家如羅素、摩爾、維特根斯坦和卡爾納普則大多對他持輕視和消極態度。曆史固無循環，但曆史常有側重，輕者固可為重，重者亦可為輕，未來人對培根如何評價，此時評估為時尚早。大抵說來，那些身兼科學家又精通數學的人對培根評價常常不高，而那些以社會科學為主且不以演繹見長的人物則對他十分敬重。這實在是由於培根自身的優點、特點和缺點所致，但也有某些曆史親疏的原因在內。