宣和三年（公元1121年）二月，進剿的各路官軍相繼會合，起義軍的處境日益窘迫，已占領的城市一個個丟失，將士傷亡極大。四月，方臘率部退守青溪，官軍王稟、劉鎮、楊可世、辛興宗等部四路並進合擊。方臘二十餘萬眾拚死抵抗，從早戰到晚，死屍遍山，流血丹地。方臘戰敗，退守幫源洞，堅守二日，終於寡不敵眾，被擒於幫源山東北隅石澗中。後來，被押到京城開封，八月犧牲。
方臘起義雖然“其興也暴，其亡也速”，經曆的時間並不很長，最終也是失敗了，但是它卻充分表現了我國古代勞動人民不甘屈服於反動統治的頑強反抗精神。方臘把農民起來造宋朝廷的反，稱作“仗義而起”，充分肯定了革命行動的正義性；與此相對立，他稱呼當政者為“齷齪邪佞之徒”，對封建統治者表示了極大的輕蔑和藐視。宋朝廷曾幾次施展欺騙手段，向農民軍招安勸降，都被方臘嚴正拒絕。方臘起義的英勇鬥爭事跡，顯示了中華民族的光榮革命傳統。另一方麵，方臘起義與同時期的宋江起義像疾風暴雨那樣，南北夾擊，沉重地打擊了北宋王朝，使朽爛不堪的北宋王朝這棵大樹搖搖欲墜，不久便在農民戰爭的烈焰中灰飛煙滅。毛澤東論農民戰爭是封建社會曆史發展的真正動力，舉宋江與方臘起義的例子，是很能說明問題的。
摩尼教與原始社會主義色彩
1939年12月，毛澤東論述了宋江起義、方臘起義等多次農民起義軍在中國封建社會曆史發展上的地位和作用，20年後，他又提到農民起義與人民公社化運動的曆史的邏輯的聯係。1958年12月27日，正在武昌參加中共八屆六中全會的毛澤東，在讀《三國誌·魏書·張魯傳》時，寫下一段批語，其中寫道：
曆代都有大小規模不同的眾多的農民革命鬥爭，其性質當然與現在馬克思主義革命運動根本不相同。但有相同的一點，就是極端貧苦農民廣大階層夢想平等、自由，擺脫貧困，豐衣足食。在一方麵，帶有資產階級急進民主派的性質。另一方麵，則帶有原始社會主義性質，表現在互助關係上。第三方麵，帶有封建性質，表現在小農的私有製、上層建築的封建製———從天公將軍張角到天王洪秀全。宋朝的摩尼教，楊麼，鍾相，元末的明教，紅軍，明朝的徐鴻儒，唐賽兒，李自成，清朝的白蓮教，上帝教（太平天國），義和團，其最著者。我對我國曆史沒有研究，隻有一些零星感觸。對上述性質的分析，可能有錯誤。但帶有不自覺的原始社會主義色彩這一點就最貧苦的群眾來說，而不是就他們的領袖們（張角、張魯、黃巢、方臘、劉福通、韓林兒、李自成、朱元璋、洪秀全等等）來說，則是可以確定的。現在的人民公社運動，是有我國的曆史來源的。（《建國以來毛澤東文稿》第7冊，中央文獻出版社1992年8月第1版，第628頁）
批語中的這段話，兩處提到方臘與方臘起義。
第一處是“宋朝的摩尼教”。方臘利用摩尼教（秘密宗教組織，混合有道教、佛教成分）組織群眾，得到廣大農民的擁護。他部下的首領中，如朱言、仇道人、呂師囊等，都是摩尼教信徒。南宋人方勺在《泊宅編》中記載方臘“托左道以惑眾”。“左道”即指摩尼教。不過方勺所記用的是貶詞。
摩尼教，是波斯人摩尼（約公元216—276年）創立的宗教。吸收祆教、基督教、佛教以及諾斯替教派的一些思想資料而形成。以善惡二元論為基本教義。認為光明和黑暗是善和惡的本原，光明王國和黑暗王國對立，善人死後可獲幸福，惡人死後須墮地獄。相傳摩尼在25或30歲時宣布自己的教義，並自稱為最後的“先知”。他曾遭波斯國王放逐，旅行於東方各地，傳說到過印度北部和中國西部，約於公元270年冒險回國，受到迫害， 276年左右被處死。摩尼死後，其教義迅速傳至北非、南歐以及亞洲的一些國家，部分教義曾被西方基督教的有些教派吸取並改製使用。唐代（7世紀）傳入中國並逐漸吸收佛教、道教等內容，提倡儉樸、素食、戒酒、裸葬，不事神佛祖先，但拜日月。教徒講究團結互助，和衷共濟，“同黨相親相恤”，“合謀並力”，宣稱“男女無別”。教義“二宗（明、暗）三際（過去、現在、未來）”號召推翻黑暗的現世，創造光明的未來。9世紀初，在洛陽、太原敕建摩尼寺。後被嚴禁，但仍秘密流傳，宋初流行於淮南、兩浙、江東、江西和福建等地。五代、宋、元農民起義常用作組織形式，其中最著名者為後梁末（公元920年）的母乙起義，北宋末的方臘起義。宋代地主階級為誣蔑農民起義，易“摩”為“魔”，誣摩尼為“魔王”，誣其教為“魔教”，或連同其吃齋的特點，誣稱為“食菜事魔”。