到午膳的時候，諸大臣稍退，兩宮太後在偏殿傳膳。膳罷，略事休息，又複召集臣工繼續會議，直議到下午四點鍾，才議出一個頭緒來。由兩宮下諭北洋大臣李鴻章籌商辦法，並命沿邊沿江沿海各督撫密為籌備。
旨意擬成，慈安太後便覺得頭目昏花，有些支撐不住了，急急回 宮去在禦榻上睡下。外麵大臣們退朝，在朝房裏又商議了一會，個個退出午門。正打算回 家，忽然內廷飛報出來，說慈安太後駕崩了，傳軍機大臣們莫散去，速速進宮商議大事。
那班大臣們聽了，麵麵相覷，目瞪口呆。內中惟有恭親王最是關心，聽了便撐不住嚎啕大哭起來。諸大臣勸住了恭親王的哭，趕進東太後寢宮去，見慈禧太後坐在矮椅上，宮女們正在替東太後入殮。大臣們看了這個情形，忍不住個個掉下眼淚來。隻聽得西太後自言自語地說道：“東太後一向是一個好身體，近來也不見害病，怎麼忽然丟下我去了呢？”慈禧太後一邊數說著，一邊伏在屍身旁鳴嗚咽咽地痛哭起來。諸位大臣見西太後哭得傷心，便一齊跪下地來勸解著，說皇太後請勉抑悲懷，料理後事要緊。照宮廷的舊例，凡是帝後上賓，所有藥方醫案都要交軍機大臣驗看；如今東太後死得這樣快，所以也不及延醫服藥，也不曾留得方案。後妃死後，照例又須召椒房戚族進宮去看著入殮。如今西太後的主意，不叫去通報東太後的母家鈕鈷祿氏的族人，大臣們也沒有人敢出這個主意，一任那班宮女在那裏替東太後草草成殮。慈禧太後一麵把一班軍機大臣召喚到自己書房裏去，商量擬遺詔的事體。早發遺詔，以掩人耳目。
那遺詔上說道：“予以薄德，詆承文宗顯皇帝冊命，備位宮壺；迨穆宗毅皇帝寅紹丕基，孝思純篤，承歡奉養，必敬必誠。今皇帝入纘大統，親膳問安，秉性誠孝。且自禦極以來，典學維勤，克懋致德，予心彌深欣慰！雖當時事多艱，宵旰勤政，然幸體氣素稱強健，或翼克享遐齡，得資頤養。本月初九，偶染微症，皇帝侍藥問安，祈予速痊；不意初十日病勢倍重，延至戌時，神忽漸散，遂至彌留。年四十有五，母儀尊養，垂二十年；屢逢慶典，迭晉徽稱，夫複何憾！第念皇帝遭茲大故，自極哀傷；惟人主一身關係天下，務當勉節哀思，一以國事為重，以仰慰慈禧端佑康頤昭豫莊誠皇太後教育之心。中外文武，恪供厥職，共襄郅治；予靈爽實與嘉之。其喪服酌遵舊典，皇帝持服二十七日而除；大祀固不可疏，群祀亦不可輟。再予以儉約樸素，為宮闈先，一切事關典禮，固不容矯縱抑損；至於飾終遺物，有可從儉約者，務惜物力，即所以副予之素願也。故茲昭諭，其名遺行。”
一道遺詔，便輕輕把一樁絕大的疑案掩飾過去了。那孝貞皇太後的家族也不敢問信。
慈安太後一死，慈禧太後在宮中可以獨斷專行了。她第二步就是要除去恭親王奕訢。恭親王在王大臣中資格最老，又是先朝顧命之臣，他常常和慈安太後呼成一氣，和自己做對。有此人在朝，終不能暢所欲為，常常和李蓮英商量著，要革去恭親王的職。但恭親王入軍機已久，諸大臣都和他通同一氣；他辦事又公正，從沒有失職的事體，便是要去他，也無可借口。
恰巧第二年中法戰事起了，說他議和失策，把這罪名全個兒擱在恭親王身上，趁此機會，下一道上諭，把從前慈安太後的同黨一齊革職，為一網打盡之計。但這一道上諭說得吞吞吐吐，文不對題，那班被革職的大臣們知道慈禧太後有意排除異己，隻因天語煌煌，也隻得忍氣吞聲地退出了軍機處。
慈禧太後又把幾個自己親信的王大臣下旨選入了軍機處。
那醇親王原是太後的一黨，慈禧便暗暗地指使孫毓漢奏請把醇親王調入軍機處，做太後的耳目。醇親王是帝父，照祖宗成法，是不能入軍機處的；如今慈禧太後另有用意，把醇親王調入了軍機處，一麵下上諭，說軍機處遇有緊要事件，著會同醇親王商辦，俟皇帝親政後，再降懿旨。翁同和看了這道上諭，大不以為然，便指使左庶子盛昱上奏力爭。接著那左庶子錫鈞、禦史趙爾巽都上書勸諫，說醇親王不宜參預軍機事務。慈禧太後如何肯聽，上諭下來，隻有“應毋庸議”四個字。那班臣子看了，也無可如何。