而戚繼光則因為居功甚偉，被升為福建總兵，全權平倭。
接下來的半年內，戚繼光奮勇直追，大小二十餘戰，每戰必勝，將福建境內的倭寇正規部隊徹底肅清。
此時的戚繼光開始長出口氣，他將部隊化整為零，分為幾十股小分隊追擊各地散落的鬼子，然後靜待捷報的傳來。
但他沒想到，抗倭生涯中最大的危機開始來臨。
福建境內雖然沒有了成規模的倭寇，但海外大本營的三萬鬼子因為坐吃山空開始鬧糧荒，於是傾巢出動來福建覓食，就這樣最後的決戰正式開始。
他們登陸之後，選擇進攻的地點是仙遊。
這是戚繼光完全沒想到的，首先他此刻手下無兵，因為部隊都被派到各地追殲殘敵，另外福建此刻瘟疫流行，本地駐軍很多中招，根本無法救援。
就隻剩下他手下的七百親兵，但英雄從來生於危難，此刻的戚繼光並沒有慌亂，他先是派信使奔赴各地召集兵馬，接著又派了二百親兵進仙遊城與城內百姓一同守城。
而自己率五百親兵在倭寇大營正對麵虛設營寨，遍插旌旗，營造戚家軍主力已到的假象，愣是把三萬鬼子給徹底忽悠，不敢攻城，而是全神貫注地盯著戚繼光的營地，生怕攻城之際被戚繼光下了黑手，抄了大本營。
戚繼光知道光靠嚇是不夠的，還指使城內明軍與倭寇和談，當然和談是假，拖延時間是真，所以對倭寇的每個提議都充分咬文嚼字討價還價，充分荒廢時光。
而戚繼光也在城外充分配合，不時的放炮擊鼓，揚沙飛塵，虛張聲勢，讓倭寇緊張的神經不敢有絲毫放鬆。
就這樣僵持了一個多月，倭寇突然回過味來，感覺好像被忽悠了，於是決定全力攻城，把準備好的八輛呂公車推到營地前沿。所謂呂公車是一種十分厲害的攻城工具，高出城牆一丈多，可以容納１００多人。車子的前麵、左麵、右麵都包滿竹片、木片和棉氈，既不怕刀槍，也不怕火器。
隻要登上此車，居高臨下，強弓硬弩，底下步兵猛攻，上下夾擊，不用多說你也知道，興化；城旦夕可下。
但突然探馬來報，戚繼光的手下大搖大擺地向城裏運送兩門大炮。
這有點太把鬼子不當敵人了，好歹也是攔路搶劫的，居然在我的眼皮底下公然往城裏運送軍火，這還了得，於是倭寇的前鋒統領立刻帶人前來搶炮，結果運送大炮的戚家軍相當醒目，聞到鬼子氣息就拔腿開溜。
鬼子先鋒望著兩尊大炮得意猖狂，立刻命令裝好火藥對著城門射擊，他和自己的手下都睜大了雙眼，想看清興化城牆轟然坍塌的每個細節，結果一聲巨響，鬼子前鋒營四百多人一起拜別天皇投入冥王門下。
原來這是戚繼光的計策，他把炮膛改薄，等著鬼子裝彈就必然炸膛，而繳獲如此攻城利器，倭寇的高官沒有理由不親自開炮，結果兩尊鐵疙瘩就毀掉了鬼子的前鋒營，至於那攻城的八輛呂公車，當然也隨著炸膛的火炮一起葬身大海。
精準的時機把握，天衣無縫的計算，僅此一計，戚繼光就足以躋身古今謀略大師TOP10。
等到鬼子驚魂落定，又伐木砍竹地打造攻城器械，自然又遲了幾天，可他們卻不知道，就是這幾天，各地的戚家軍就已集結完畢，並且布好了口袋，就等戚繼光下令，準備送他們歸西了。
嘉靖四十二年十二月二十五日（1564年），戚繼光率領上萬戚家軍主力冒著傾盆大雨在夜色的掩護下埋伏在倭寇大營附近，由於天黑雨驟，倭寇毫無察覺。
第二天一早，雨停霧起，PM指數3.0，不仔細看都找不到自己的手，這正是戚繼光要的效果，於是他一聲令下，三軍用命，攻入倭寇大營，在鬼子還不知道敵人是誰的時候就將他們擊潰，仙遊之戰獲得全勝。
自仙遊之戰後，倭寇再也無力進犯，戚繼光一鼓作氣對倭寇窮追猛打，結果昔日倭亂最深的福建變成了鬼子的墳場，而且隻管殺不管埋，終於將倭寇徹底趕出福建。
戚繼光和天地會
就這樣江浙福建的倭寇都已平定，整個神州隻剩下了盤踞廣東南澳島的海盜吳平一部。
吳平本就是個打家劫舍的小海盜，隻是因為戚繼光橫掃倭寇，那些散兵遊勇，便紛紛難逃廣東，投入他的麾下，至此他開始做大。
征服吳平的過程可謂勢如破竹，沒什麼可說的。
但戚繼光在這次戰鬥中卻留下了一樣遺產，影響之深遠直到現在。
戚繼光在此次戰鬥中，深知海盜熟悉水性，正麵打海戰明軍並不占優勢，於是選擇手下水性好的士兵組成了偷襲敢死隊。
讓他們潛水，遊到吳平船隊的底下鑿漏海盜船，但一個問題擺到麵前。海盜機警，鑿船一旦被發現，定會向水下射箭，讓敢死隊造成巨大傷亡。
也許你會說可以帶上盾牌啊，問題就在這，普通的盾牌近十斤重，帶著它要遊過海峽，不等鑿船，士兵的體力就會耗盡。
但聰明的戚繼光很快用福建野生的老藤解決了這個問題。