不論有多少不愉快，曾左二人關係表麵上還是過得去的。雖然左宗棠說出“公與弟均尚氣好辯，彼此爭論，更涉形跡，於大體多所窒礙也”之類的重話，但雙方從來沒有撕破麵皮。因為曾國藩位為兩江總督，左宗棠是浙江巡撫，名位畢竟在曾國藩之下，不得不時時壓製自己的氣焰。但當左宗棠升任閩浙總督，與曾國藩地位相等後，二人衝突就開始表麵化了。
二人第一次衝突的導火線是軍餉問題。
湘軍不是經製之兵，軍餉一直是曾國藩最頭疼的問題。當湘軍頓兵南京城下之時，曾國荃每天隻能發四成餉，士兵連半飽也吃不上，隻能煮粥度日。
四 “絕無良心科第二名”（2）
為了保證湘軍軍餉供應，曾國藩保舉沈葆楨出任江西巡撫，因為江西是湘軍重要的餉源地。沒想到出任江西巡撫不久，地方主義傾向就壓倒了對曾國藩的感激之情，沈葆楨急於在江西幹出成績，想把江西財政收入都留為己用，不再為湘軍供餉。曾國藩聞訊大急。沒有了這筆餉銀，南京城下的湘軍隻有兩條路，一是嘩變，二是在南京城下被活活餓死。
曾沈二人為了爭餉，在皇帝麵前打起了筆仗。對於沈葆楨的忘恩負義，曾氏大營的所有人都氣憤填膺，他們紛紛說，如果朝廷設一個“絕無良心科”，沈一定取得第一名。
曾國藩為此“鬱悶殊甚”，寫信給左宗棠說：
幼丹（沈葆楨的字）中丞與敝處大相齟齬，將漕折全行截留，初不省其開罪之由。以中才而當末流之世，處權勢之地，固宜叢尤悔而不自知乎？
曾國藩把左宗棠當成了心腹和知己，才如此推心置腹地談論此事。他萬萬沒想到，升任了總督的左宗棠在回信中沒接他的話茬，卻為沈葆楨報起了不平。
原來，左沈二人此時已經走到了一起。戰爭形勢的發展，使左沈有了共同的利害關係。因為左氏軍隊在浙江阻擋太平軍入贛，為江西起了屏障作用。左宗棠還多次帶兵入贛剿殺江西境內的太平軍。沈葆楨雖然不願為曾氏供餉，卻願意為左氏供餉，雙方因此關係密切，情投意合。在和曾國藩打奏折官司時，沈葆楨甚至還把左宗棠帶兵入贛，高風格地不用江西餉銀的事跡寫入奏折，以此貶低曾國藩[ 謂江西現已財力枯竭，所幸閩浙總督左宗棠派兵前來我省作戰，“極諒江省苦情，派來劉典援師，血戰於江，轉餉於浙”。（沈葆楨：《洋稅盡數解營片》，《沈文肅公政書》卷二，同治二年五月二十七日。)]。
因此，當沈葆楨與曾國藩打起奏折官司時，左宗棠站到了沈葆楨一邊，拒不為曾國藩說話。在沈葆楨以開缺威脅朝廷時，左宗棠則公開替沈葆楨抱不平。他寫信指責曾國藩說：現在你的好朋友郭嵩燾（湘係元老）升任廣東巡撫，而你的敵人沈葆楨卻籲請開缺，“一益一損，且幸且懼”。意思是說，反對你的人，你逼得他走投無路。順應你的人，就步步高升，你的獨斷專行，已經讓人畏懼了。
麵對左宗棠措辭尖銳的質問，曾國藩采取了一如既往的忍讓態度，沒有進行過多的解釋和爭辯，但心中難免不存芥蒂。在曾氏大營中人看來，左宗棠此舉證明，他已經可以步沈葆楨之後，取得“絕無良心科”的第二名了。曾左二人日後關係日漸疏遠，在此就打下了深刻的伏筆。何況成為總督之後，左宗棠與曾國藩的書信往來又恢複了舊日飛揚跋扈指手劃腳之態。筆記中有這樣一條記載：