。稱“滌帥與我，情意郛洽之至”[ 《左宗棠全集·家書》。]。這是雙方合作中最情投意合的一段。
獲得了更大平台的左宗棠的才幹更揮灑無餘，他竭盡平生才力，專注於浙江軍事。同治二年三月，清廷超擢他為閩浙總督。
左宗棠擔任巡撫，已經屬於破格超升。而僅僅一年之時間，就又擢升總督，居然與曾國藩平起平坐，分庭抗禮了。他在家書中說：“近奉衝聖寄諭，吾與滌公均平列。”這一年多中間，左宗棠並無特殊建樹，何以如此輕鬆取得與曾國藩平列的地位呢？
這道聖旨的背後隱藏著大清朝廷極為深刻的用心。原來，曾國藩此時權傾天下，擁兵過廣，已經令清廷不放心了。他們怕曾國藩尾大不掉。使左氏與曾分庭抗禮，就是為了分裂湘軍，牽製“兵權過重”的曾國藩，達到分湘係集團而治之的目的。
而之所以起用左宗棠來牽製曾國藩，是因為清廷敏銳地發現，左宗棠與自己的恩主曾國藩之間出現了矛盾。
四 “絕無良心科第二名”（1）
一
隨著左宗棠地位的迅速上升，他與曾國藩的關係又一次出現了惡化。
首先當然還是用兵方略上的爭執。
投身曾國藩之前，左宗棠批評起曾氏之兵略從來沒有客氣過。既為麾下之後，左宗棠對曾的許多軍事判斷雖然不再公開嘲諷，但與朋友們交流時仍直言不諱。比如聞聽太平軍占領浙江後，曾國藩的判斷極為悲觀，驚呼道：“現在蘇、浙兩省膏腴之地，盡為所有，窟穴已成，根柢已固，……東南大局，收拾愈難。”左宗棠卻認為這是一件好事，太平軍舍棄長江中遊的安慶地區，而專集於下遊，“大局頓有轉機”[ 《左宗棠全集·書信》，《答劉印渠》。] 。事實證明左的看法確實比曾更有見地。
早在鹹豐十年三月，左宗棠就建議曾國藩“先以偏師謀取吳越”。曾國藩卻堅持所謂“穩紮穩打”之法，拒絕此議，進駐皖南萬山叢中的祁門。左宗棠雖然沒有公開批評，卻在寫給兒子的信中流露出輕蔑之色：“滌公於我極親信，毫無間言。唯才略太欠，自入窘鄉．恐終非戡亂之人。”
離開曾國藩羽翼之後，左宗棠開始接連不斷地與曾國藩爭辯兵機。他認為曾國藩用兵過於拙滯，對自己的束縛過多，在信中經常對曾發出抱怨。隨著浙江巡撫做得越來越順手，左宗棠對曾國藩的批評也越來越直言不諱。在給駱秉章的信中，他這樣表達自己的委屈：“滌相於兵機，每苦鈍滯，而籌餉亦非所長，近日議論多有不合。祇以大局為重，不能不勉為將順，然以難矣。”
入浙之初，左宗棠對曾國藩的建議還是惟命是從至少積極響應的，但隨著他在浙江腳根紮穩，對曾國藩就越來越輕慢起來。曾國藩對周開錫，李慶霖二人十分反感，要求左宗棠斥退他們。左宗棠卻對曾國藩的用人之道不以為然，“恪靖（指左宗棠）嚐謂文正（指曾國藩）無知人之明，故文正所棄者，無不重用”[ 歐陽兆熊、金安清：《水窗春囈·李楚材》。]，反而委此二人以重任。同治元年，當太平軍進攻曾國荃部時，曾國藩要求左宗棠派蔣益灃一軍往援，左宗棠卻拒不從命。曾國藩於浙事或者楚軍的“大調度”，都通過書信或者谘文商之於左，可是左卻“每置不肯”。曾國藩寄給左宗棠的信件，左動不動就不予回複。以至於曾國藩在一封信中這樣抱怨道：“每有大調度，常以緘、谘敬商尊處，公每置之不論，豈其未足與語耶?抑自足而拒嘉謨耶?盍亦箴砭而推挽之?”
與左宗棠的合作中，曾國藩不得不又一次回到忍氣吞聲、逆來順受的角色。和別人他不好說什麼，隻能對親兄弟一吐肝肺。同治二年五月初二日，他在致曾國荃的信中這樣說：“餘因呆兵太多，徽祁全借左軍之力，受氣不少。此後餘決不肯多用圍城之呆兵矣！”鬱怒之態，溢於言表。