還大罵：“王八蛋，滾出去!”不久，左宗棠就慫恿駱秉章彈劾樊氏，使他被革職回了老家。
事實是否真的如此具有戲劇性已不可考。但是左宗棠慫恿駱秉章彈劾樊燮確有其事。官場之上，冤家宜解不宜結，因為你不知道哪塊雲彩有雨。樊燮與湖廣總督官文關係極為密切。在官文的支持下，他一個狀子把左宗棠告到了朝廷，說左宗棠是“劣幕”，一官兩印，囂張跋扈。一個師爺敢打二品大員耳光，這還了得？朝廷發下諭旨，命人逮捕左氏，“果有不法情事，可即就地正法”。一時之間，不可一世的左師爺頭顱岌岌可危。
聞聽左氏遇禍，曾國藩“焦灼極切”，他不光為朋友憂，也為大局憂。他在家信中憂心忡忡地寫道：
三 “滌帥與我，情意郛洽之至”（2）
湖南樊鎮一案，駱中丞奏明湖南曆次保舉，一秉至公，並將全案卷宗封送軍機處。皇上嚴旨法責,有“屬員聳恿,劣幕要挾”等語，並將原奏及全案發交湖北，原封未動，從此湖南局麵不能無小變矣。
左宗棠遇到的這一大難，可與曾氏家居困境相比。左當時對曾是雪上加霜。此際曾國藩卻對左雪中送炭，關愛有加。他十分體諒左宗棠此際的心境，怕他因為驚憂過度，損害健康，因此去信加以寬解。九月三十日，曾在給左的信中寫道：“得聞樊案又生波折，深恐台端憤悒自傷，適丁果臣一信，道所以處之之法甚精當，想潤帥已抄送左右矣。”
除了溫辭慰問，曾國藩還全力以赴，托關係走後門，幫左氏解脫。鹹豐帝將此案交湖北正考宮錢寶青審辦，錢寶青是曾國藩的門主，於是曾氏以座師身份，請他設想緩解。在錢的努力下，左氏暫時未獲牢獄之災，得以順利離開湖南。
鹹豐九年十二月，左宗棠退出了巡撫的幕府，以北上會試為名，打算“直之於朝”，在皇帝麵前剖白此事原委。他對這個極端的辦法本來也心裏沒底，一路風雨交加，前途茫茫，心情極差。路上他收到了胡林翼寫來的信，勸他不要北上，因為陷害他的人並不會因為他離開幕府而罷手，正在四處布置，他去北京，無疑是自投網羅。左宗棠看了這封信，感到進京既無出路，回到老家，對方仍能“尋蹤而得”，深感“側身天地，四顧茫茫”，無安身之地。思前想後，他決定避難軍營。於是調頭南旋，來到宿鬆曾國藩大營。曾國藩對左氏的到來大表歡迎，二十天中，他與左“昕夕縱談東南大局，謀所以補救之法”。[ 黎庶昌：《曾國藩年譜》。]左宗棠向曾國藩表示，請讓他自帶一隊湘軍，以一個普通小營官自效，萬一官文等“必不相舍，山北山南網羅密布，即匿影深山，亦將為金丸所擬”，那就帶隊“策馬衝鋒”，以戰場上結束自己的生命。可見悲觀到了何等地步。
天下之事，每每禍福相生。誰也沒想到，這一次天子親自問罪，竟成為左宗棠一生命運的重大轉折。由於左氏一人事關湖南大局，所以許多大吏特別是兩湖官員，積極展開營救。除了曾國藩的努力，還有許多人共同出手。胡林翼寫信向官文說好話，老朋友郭嵩燾向肅順求助。在一番緊鑼密鼓的營救下，事情出現了戲劇性的轉機。
在“樊燮京控案”以前，就多次有人向鹹豐皇帝舉薦過左宗棠其人。鹹豐因此對左氏印象頗深。這次案件中，又有這麼多人為左宗棠求情。潘祖蔭甚至對皇帝說出“國家不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”這樣的話，皇帝因此對左氏更加好奇。因此特意專旨詢問曾國藩，想聽聽曾國藩對左宗棠的評價，以及能否調到曾的麾下使用。曾接旨大喜，於鹹豐十年四月回複說：“（左氏）剛明耐苦，曉暢兵機，當此需才孔亟之時,或飭令辦理湖南團防,或簡用藩、臬等官,予以地方,俾得安心任事,必能感激圖報,有裨時局。”