接下來是糧草問題。如果按照“兵出糧隨”的用兵常理，這場戰爭根本沒法打。因為平定準噶爾的時機是突然到來的，清王朝毫無準備。前線並無糧草，準備也已來不及。一是從內地運糧到西部，每石米價值不過3兩銀子，可是運費要高達20兩。二是即使清廷財力充裕，負擔得起運費，征購和運送時間上也萬萬來不及。
乾隆悍然決定，拋棄行軍常規，“因糧於敵”。也就是說，每名士兵自背可吃兩個月的口糧，其餘口糧，沿途取之於蒙古牧民。乾隆的上諭說得冠冕堂皇：“官兵前進，沿途可以打牲，宰殺疲乏牲畜。現在投誠的厄魯特蒙古人所有的牲畜，雖然不應奪取，但是暫時取用，將來再給補償，也無不可。”
這實際上允許官員沿路搶掠。所謂將來補償，隻是無法兌現的空話而已。這一大膽的舉動後來被證明埋下了嚴重後患，在當時卻被乾隆認為是唯一的辦法。
此諭一出，不少大臣都目瞪口呆，紛紛反對。陝甘總督劉統勳上奏說此舉太過冒險，仍當先籌糧運餉，然後再進兵。乾隆批評他說：“劉統勳此奏……全不合此次機宜。”
定西將軍永常也反對因糧於敵。乾隆皇帝說得口幹舌燥，禁不住罵起人來：“永常全不知事理之輕重，顛倒舛謬，至於此極！”
一頓痛罵，終於壓住了所有反對者的聲音。乾隆二十年（1755年）二月，清軍北路和西路兩路出師，共計五萬人，加上負責運輸的夫子共近八萬人。每位士兵配備戰馬三匹，共計十五萬匹。配備駱駝一萬峰。乾隆以從準噶爾叛逃的重要將領阿睦爾撒納為前鋒，以收招降之效。果如乾隆所料，準部連年內戰，人心厭亂，清軍一到，紛紛歸降，“各部落聞風崩湧……所至台吉、宰桑，或數百戶，或千餘戶，攜酮酪，獻羊馬，絡繹道左，師行數千裏無一人抗顏行者。”大軍剛剛出動，就有劄哈泌部一千三百戶來降，稱“我等為達瓦齊殘虐，願率屬效力”。緊接著準噶爾頗有權勢的大台吉也率部屬投降。五月，兩路大軍會師於新疆博樂縣（今新疆博禾市），向伊犁進軍。伊犁民眾也紛紛迎降。“大兵至伊犁，部眾持羊酒迎犒者絡繹載道，婦孺歡呼，如出水火，自出師以來，無血刃遺鏃之勞，敉邊掃穴，實古所未有”。充分證明了這次出師時機選擇的重要性。
在這種情況下，準部新首領達瓦齊無心抵抗，率一萬人逃亡至伊犁西南的格登山。清軍窮追不舍，將其擒獲，送往京師。平準戰爭初獲勝利。
過於迅速的成功往往包含著問題。清軍攻克伊犁後，原以為可以繳獲一部分牲畜、糧食。不料準部屢經戰禍，伊犁並無積存物資。因為軍糧不繼，平定了準部之後，清朝大軍隻能迅速撤離，隻留下五百名士兵做清朝將軍的護衛，準部由率先降清的阿睦爾撒納與清朝將軍共同管理。阿睦爾撒納本不是一個安分之人，雖然平定伊犁之後，乾隆以其戰功最多，封他為雙親王，食親王雙俸，他仍然不滿足。他見清朝兵力已退，萌生了做準部新汗、獨據準噶爾汗國原來版圖的野心。平定準部之後，乾隆秉“分而治之”之策，準備把準部一分為四，使其互不統屬，阿睦爾撒納卻要求成為四部的統一首領，淩駕眾人之上。乾隆當然不同意他的請求，於是他於乾隆二十年（1755年）殺死清軍將領，起兵叛亂，自立為汗。乾隆二十一年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦爾撒納。
平叛戰爭進展得很不順利。由於事發倉促，清軍仍然沒有攜帶充足糧草就出發了，一路上對喀爾喀蒙古大肆榨取。到了新疆之後，又大肆搶奪準部故地的牲畜糧食。準部本來就已經陷入饑荒之中，清軍一來，雪上加霜，大批民眾餓死，剩下的都紛紛起來反抗清軍。而前線將領又很不得力，屢屢錯失戰機，使阿睦爾撒納一再逃脫。乾隆皇帝一籌莫展。恰在此時，一直全力支持乾隆平準的喀爾喀部蒙古居然也起兵反叛了。
反叛的原因是清王朝對喀爾喀蒙古的榨取超過了極限。“因糧於敵”的策略在戰爭中實際上演變成了因糧於友。在開往新疆的途中，缺乏物資準備的清軍一再掠奪喀爾喀蒙古人，“氈子、毛皮和其他畜產品都被清朝當局以動員和征用的方式奪走了。除了這些，喀爾喀勞動者越來越頻繁地被招去服兵役，而且他們必須自備武器彈藥……大部分男人脫離生產，被打發去打仗”。（茲拉特金《準噶爾汗國史》）因此，在部落領袖青袞雜卜的帶領下，一萬多喀爾喀蒙古人起兵反清。二十三個劄薩克王公聚集在克魯倫河畔，醞釀要舉行全蒙古的反清戰爭。
乾隆醒悟到了自己的失誤，迅速轉了彎子。“北京理解到了這一危局。博格德汗（乾隆）知道了蒙古人的不滿，於1756年9月寫信給庫倫呼圖克圖和土謝圖汗，說他不知道蒙古人的貧困，對蒙古人他將因功賞賜。”（瓦西裏耶夫《外貝加爾的哥薩克》）
乾隆知道僅僅一封信是遠遠不夠的。他又通過小時候一起讀書的密友章嘉三世活佛做哲布尊丹巴的工作，許諾將對喀爾喀蒙古人大大施恩，終於安撫住了喀爾喀蒙古，鎮壓了青袞雜卜起義，掃除了後顧之憂。
吸取了這次教訓，乾隆終於不再“因糧於敵”了。他痛定思痛，改變了作戰方式，首先調集大批糧食，運至前線，巴裏坤、哈密貯糧十一萬石，足夠大軍三四年之用，然後於乾隆二十二年（1757年）三月，第三次進兵。這一次，他終於順利摘取了勝利果實。經過連年戰爭和饑荒，準部蒙古人已經窮困交加，疾病流行，死亡甚多，毫無戰鬥力，清軍所到之處，都能迅速取勝。阿睦爾撒納日暮途窮，逃入俄羅斯境內，後來病死異國。
這場戰爭意義非同一般。自大清開國以來，準噶爾汗國這個敵對勢力就如同一片黑色的魅影徘徊在西部，窺視著內地，讓連續幾代清朝最高統治者席不安寢。如今，大清最強大的敵對勢力被徹底消滅，乾隆終於可以長長地出一口氣了。
但乾隆仍然放不下心來。這場戰爭形勢幾起幾落，讓他從大喜到大悲，經曆了數度煎熬。本來，在他的計劃中，這場戰爭隻需要數月時間，數百萬兩軍費。沒想到，戰爭最終拖了三年，一次戰爭變成了三次，中間出現了平定喀爾喀蒙古叛亂這個插曲。向臣民許諾的迅速成功演變成一場慘勝，軍費最終高達數千萬兩，多名大將折損，乾隆有些惱羞成怒。
而戰爭過程中準噶爾部蒙古人表現出的強悍倔強，也令乾隆心生後怕。在準噶爾四部中，隻有杜爾伯特部第一次投降之後，一直忠心耿耿地服從大清，其他三部，都是屢降屢叛，讓乾隆吃盡苦頭。這支曆史上一再演出驚人之作的蒙古部落確實有著一般民族沒有的硬骨頭。如何對付這個民族，乾隆費盡心思。僅僅分而治之似乎難以徹底削弱這支蒙古人的力量。他十分擔心數十年後，準噶爾部蒙古人春風吹又生，重新成為大清的敵人。
經過深思熟慮之後，他做出了一個驚人的決定：對準噶爾部蒙古人，除了杜爾伯特部外，“總以嚴行剿殺為要”。
這實際上是一道種族滅絕令。
其實，在整個平準戰爭中，“殘酷”一直是主旋律。頭兩次平準戰爭雖然沒有出現有計劃的大屠殺，但是“因糧於敵”的策略本身就是一場屠殺。在進軍過程中，清軍一直是以搶劫作為補充軍糧的唯一手段。那些被搶走了所有牲畜的準噶爾蒙古人後來大多死於饑餓。準噶爾人一開始以為清軍是自己的救星，及至發現他們其實是強盜後，越來越多的人自發地反抗清軍，對他們展開襲擊。因此，在第二次出兵時，清軍已經開始大肆屠殺平民。他們“寧可錯殺一千，不可放過一個”，凡遇到可疑的蒙古民眾，一律殺掉了事，以維護自身的安全。而這一策略也得到乾隆的首肯甚至鼓勵。乾隆二十一年（1756年）八月一日，清軍參讚大臣哈達哈等向皇帝奏報：清軍來到濟爾瑪台地方時，遇到厄魯特的一位部落首領敦多克帶領幾名親信前來投降。清軍認為他們形跡可疑，不敢斷定是否真降，遂將敦多克等人“俱行誅戮”，隨後又帶領大軍來到這個部落的遊牧地，把毫無準備的1700戶牧民“悉行剿滅”。乾隆皇帝收到這個奏報之後，認為哈達哈“奮勇可嘉”，授為領侍衛內大臣。
在展開大屠殺前，乾隆已經多次導演過整部落的滅絕事件。
阿睦爾撒納反叛後，乾隆分別任命了新的準噶爾四部汗王。其中任命巴雅爾為輝特部的汗王，沙克都爾曼吉為和碩特部的汗王。乾隆二十一年十月，乾隆獲悉巴雅爾追隨阿睦爾撒納複叛的消息後，大為震怒，他命人全力剿滅輝特部，對和碩特部汗王沙克都爾曼吉，也密諭清朝將軍“倘稍有可疑，亦當乘其不備，先行剿滅”。
沙克都爾曼吉在平準戰爭中率先投降了清朝，所以才被封為“和碩特汗”。他是堅定效忠清政府的。叛亂四起時，他拒絕附從叛軍，不顧個人安危，毅然率本部四千餘戶離開故土投奔內地，來到清軍駐地附近，“依巴裏坤（清西路大軍軍營）近城以居”。清朝將軍雅爾哈善見皇帝猜疑心重，遂抱定寧左勿右的宗旨。盡管沙克都爾曼吉毫無叛意，仍然設計剿殺。
對於這次屠殺，雅爾哈善很動了一番腦筋。他從自己的軍隊中精選了五百人，假裝出兵他處，路過和碩特部的住地借宿。沙克都爾曼吉見是天朝大軍來到，極表歡迎，騰出了最好的幾十頂帳篷給這些清兵住。盡管自己部落乏食，仍然“屠羊以待”，把僅存的幾十隻羊都殺掉了，拿出積存的所有美酒，盛情款待。心地拙實的蒙古首領們在宴席上都喝得大醉。等到半夜時分，清軍“以笳為令，襲其臥廬”，一聲令下，對沉睡中的蒙古人發起突襲，一個蒙古包一個蒙古包地殺戮，殺光了七百座蒙古包中的蒙古人，“盡殲全部四千餘人”。而汗王沙克都爾曼吉也死得很慘。據《嘯亭雜錄》載，沙克都爾曼吉喝醉之後，脫光衣服，呼呼大睡，對於闖進來的清軍毫不知覺。他的妻子從睡夢中驚起，見清軍持刀砍向她的丈夫，遂奮不顧身赤身裸體撲到丈夫身上，為他擋刀，結果兩人被亂刀砍死，死後仍然緊緊抱在一起，“裸而抱持之，如兩白蛇蜿蜒穹廬中”。
情況彙報上來，乾隆帝誇獎雅爾哈善“辦理甚屬奮往”，著交部“照軍功議敘”。雅爾哈善於第二年被授為參讚大臣，擢兵部尚書，後來又被封為一等伯。
如果說這些屠殺尚屬帶有偶然性的局部事件的話，在第三次平準戰爭中，屠殺則演變成了一場周密的部署。在第三次平準戰爭中，皇帝明確諭示：“厄魯特人等反複無常，實為覆載所不容”，“此等賊人斷不宜稍示姑息，惟老幼羸弱之人或可酌量存留，另籌安插。前此兩次進兵，皆不免過於姑容，今若仍照前辦理，則大兵撤回，伊等複滋生事端，前事可為明鑒”。
在皇帝的導演下，一場慘絕人寰的悲劇在西部草原拉開了帷幕。
伊犁附近的賽裏木湖是新疆最大、最美的高山湖泊之一，它像一塊巨大的翡翠，靜靜地鑲嵌在天山腹地。遠岸雪峰高聳，湖邊牛羊如雲，恍若世外桃源。
250多年前，這座美麗的湖泊附近卻上演了人類曆史上最野蠻的一幕。乾隆二十三年（1758年）春天，正是草場返青、野花怒放的季節。數千名大清兵丁在這個季節裏進行著一場盛大的圍獵。他們圍獵的對象不是動物，而是人類，是新疆準噶爾部落的蒙古族平民。他們進入一條條山穀，沿河而上，細細搜索，遇到蒙古包，就衝進去，把裏麵的人統統砍死。大部分世代生活在這裏的蒙古牧民根本沒有弄明白是怎麼回事，就一家家被消滅了。
一支擁有二百頂帳篷的蒙古小部落提前下了山，在賽裏木湖畔支起了一頂頂帳篷。這支部落已經在這裏平靜地生活了數百年，他們根本想不到自己有一天會成為自己同類的獵物。部落中的男人騎著駿馬，慢悠悠地驅趕著牛羊，女人在帳篷裏趕製一天的食物，孩子們淌著鼻涕，扯著剛返青的枝條玩著打仗的遊戲。一切都與其他春季沒有區別。
中午的時候，急促而紛繁的馬蹄聲響起。數千名全副武裝的清朝騎兵形成一個半圓形，由遠及近，圍住了這片湖畔的二百多頂帳篷。男人們驚訝得不知所措，張大著嘴呆呆地看著這些陌生的異族人。女人們躲進帳篷由氈縫偷偷向外窺視。隻見這些身材矮小的滿族軍人從一座座蒙古包裏把蒙古人驅趕出來。個別人想反抗，立刻被軍人砍翻在地。
不到半個時辰，這個小部落的一千多人全部被趕到了湖邊。在清軍的指揮下，他們中的四百多名男人被挑了出來，每十人為一隊，被拉到一個低窪處，挨個兒斬首。一些蒙古男人激烈地抗爭質問，這些從天而降的陌生人憑什麼如此大開殺戒，得到的回答隻是提前的一刀。鮮血流進賽裏木湖，近岸的一畝多湖水被染得赤紅。大部分蒙古漢子知道任何掙紮都無濟於事，習慣於聽從首領和命運的他們一個個一言不發，聽話地走向指定的地點。一個多小時後，這個小小蒙古部落的男人們被徹底消滅。史書對這種情景的記載是“以次斬戮，寂無一聲，駢首就死”。
在處理男丁的同時，在另一側，分配女人和孩子的工作也在有條不紊地進行。清軍從隊伍中挑選那些年輕有姿色的女人，以及看起來伶俐聰明的孩子，準備運回內地，作為奴隸。大約三百名婦女兒童被挑走了，史書記載說這些人後來“多死於途”，因為饑餓死於路上。還剩下二百多名老醜病殘的女人以及七歲以下的孩子，清軍將領一聲令下，數百匹戰馬衝入人群當中，這些沒人要的戰利品被作為樁靶，為清軍的軍事訓練貢獻了最後一點作用。