建康方麵，謝琰戰死的消息讓東晉朝廷大為震動，吳興太守庾桓害怕孫恩首次登陸時，百姓群起響應的事再次發生，便殘忍地屠殺了幾千名男女五鬥米道信徒。稍後，司馬元顯派冠軍將軍桓不才、輔國將軍孫無終、寧朔將軍高雅之等人出兵討伐孫恩。孫無終是劉裕最早的上級，高雅之是劉牢之的女婿，均屬於北府軍係統。然而北府軍的老大劉牢之卻沒動。因為去年底才剛剛去三吳洗劫過一次，過去不到半年時間，新生的羊毛估計還沒長好，油水不會太多，所以劉牢之的動力不足，也就不會像上次那樣自告奮勇了。
晉軍沒有出動真正有力的勁旅，戰事便拖了下去。隆安四年（公元400年）十一月，孫恩與高雅之大戰於餘姚，高雅之大敗，晉軍士卒十折八九。東南局勢再度惡化，司馬元顯隻好加封劉牢之都督會稽等五郡軍事，請求他出兵對付孫恩。女婿讓人欺負了，老丈人也不能不管啊，於是劉牢之終於出兵了。
孫恩一向畏劉牢之如虎，聽到他要來的消息便心生懼意，再加上已經登陸大半年，也搶掠積蓄了不少物資，便不與劉牢之交戰，率領所部提前撤回舟山，基本沒有損失。北府軍兵不血刃，收複各郡縣。
為了防備孫恩再來，劉牢之決定在沿海幾個要點築城守備：一、劉牢之本人駐防上虞（今浙江上虞縣）；二、參軍劉裕駐防句章（在今浙江寧波市南鄞江南岸）；三、吳國內史袁崧在滬瀆（今上海市西舊青浦鎮附近古吳淞江）築城設防。
在這三個要點中，句章的守兵最少，不足千人，距離孫恩最近，與舟山群島幾乎是隔海相望，駐守此處實在是一個危險性很高的苦差使。但對劉裕來說，卻是難得的機會，他終於能夠指揮一支軍隊獨當一麵，充分展示自己的將才了。
劉裕一到句章上任，就顯出了他的與眾不同。當時，因為劉牢之放縱士卒暴掠，北府軍在三吳諸郡的名聲極差，不想這位劉參軍的人馬卻軍紀嚴明，所到之處秋毫無犯，當地百姓大喜。人在肚子飽脹時，滿漢全席也覺得沒什麼味道，快要渴死時，一杯自來水也會覺得甘美無比，因此劉裕很快在久曆兵災的當地人中贏得了美名，得到他們的積極配合，很快做好了迎擊孫恩來犯的準備。
兩個月後，即隆安五年（公元401年）二月一日，孫恩大軍在浹口第三次登陸，兵鋒直取句章。原以為這麼一個才幾百兵鎮守的小城，應該是手到擒來的，誰知道這裏的守將非常紮手，不但作戰英勇，身先士卒，而且異常狡詐，詭計百出。孫恩數萬大軍的幾次進攻全被打退，不能前進半步。這段糟糕的經曆也讓孫恩和他的下屬們，第一次記住了劉裕的名字。不過由於劉裕兵力太少，孫恩的損失也不大。不久，劉牢之率軍前來支援句章，孫恩不敢迎戰，又連忙上船，逃回海島。