見到前來請降的劉敬宣，桓玄非常高興，任何人撿到這樣的大餡餅都沒法不興奮，這標誌著進京的道路已經暢通無阻了。為了麻痹劉牢之，桓玄舉辦盛大的酒宴，款待劉敬宣，還特意搬出自己珍藏的名家書畫與劉敬宣一同觀看，那情形著實是親密無比。劉敬宣乃實誠人，對這套把戲信以為真，而桓玄的左右都在一旁偷笑。
朝廷的討伐軍統帥司馬元顯在聽說劉牢之倒戈，桓玄軍陸路已到新亭（今江蘇南京市南，臨江依山所築的軍事要塞）時，連忙離開住了半個月的“船上賓館”，逃回建康城。三月三日，司馬元顯壯著膽子集合守軍，出城布陣於宣陽門外，築壘防禦。此時軍心已亂，還沒見到桓玄軍隊，就有傳言說：桓玄已經到朱雀橋（在今南京市南秦淮河上，劉禹錫詩“朱雀橋邊野草花，烏衣巷口夕陽斜”說的就是此處），士兵開始逃亡。桓玄軍的前鋒小隊剛出現，隻喊了一聲：放仗（繳槍不殺）！晉軍便完全崩潰，四散逃命！
司馬元顯幾乎孤身匹馬，倉皇逃進城中。平日裏“捧月”的“眾星”們，此時差不多跑了個精光，隻剩下張法順還跟著他。巨大災禍終於降臨，打掉了司馬元顯身上的最後一點自信，洗去了他身上所有的華彩，讓他重新變成一個無助的孩子。恍恍惚惚間，他逃進司馬道子的宅第“東府”，向父親問計。司馬道子那兩下子還不如兒子呢，能有什麼好主意？父子倆隻能抱頭痛哭。
稍後，曾是司馬元顯身邊馬屁軍團骨幹之一的從事中郎毛泰，帶著人闖進東府，逮捕司馬元顯，將他押解到新亭碼頭，綁在拴船的石欄上，當著眾人的麵一條條地數落他的罪狀！曾經不可一世的會稽王世子此時似乎已神誌不清，隻是喃喃自語：“我讓張法順害了，我讓王誕（王導的曾孫，曾勸司馬元顯不可殺桓修、桓謙兄弟）害了！”直到此時，他仍然隻是諉過於人，沒有反省自己。
毛泰同誌的事跡說明：這個世界從來都不缺少牆頭草，越是在官場，這種植物生長得越茂盛。三月四日，朝中高官們聲稱奉皇帝旨意，出城迎接慰勞桓玄大軍。桓玄便在眾多高官諂媚的簇擁下，得意揚揚地進入建康，持續了多年的昌明黨與道子黨之爭，至此完全畫上句號，東晉進入了桓玄時代。為了顯示撥亂反正，當天廢止了剛剛使用不久的“元興”年號（司馬“元”顯再也別想“興”了），恢複舊年號為隆安六年。
桓玄當政後的首要大事當然是給自己和自己人加官晉爵，於是讓司馬德宗下詔：一、任命桓玄為都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，總理朝政，加黃鉞；二、任命桓玄的哥哥桓偉為荊州刺史；三、任命桓謙為尚書左仆射；四、任命桓修為徐、兗二州刺史，頂替劉牢之掌管北府；五、任命桓石生為江州刺史；六、任命此次立下大功的謀士卞範之為丹陽尹。
除了這幾個自家人，為了顯示新政權具有廣泛的代表性，桓玄也提拔了一批有名望的非嫡係人士，頭一個便是王謐。王謐是王導的孫子，就是當初慷慨解囊，替劉裕還賭債的王長史。他在桓玄起兵之前，奉朝廷旨意前往荊州傳詔，桓玄認為他家世高貴，素有清譽，非常適合給自己裝點門麵，便把他留下來，殷勤款待，極為禮遇。桓玄掌權後，王謐被任命為中書令，成為新政權的核心人物。
新領導班子的重要成員還有殷仲文、劉邁、刁逵等。殷仲文是殷仲堪的堂弟，同時也是桓玄的姐夫，原任新安（今浙江淳安）太守。他在得知桓玄起兵時，棄官前往投奔，堅決站在小舅子一邊，與堂哥和司馬元顯劃清界限，因此得到桓玄的賞識。劉邁曾是殷仲堪帳下參軍，得罪過桓玄，等桓玄打進建康時，他專程跑來進見。桓玄板著臉訓斥說：“你還敢來見我！不怕死啊？”劉邁回答：“射小白帶鉤的管仲，斬重耳衣袖的寺人披，他們都沒有死，所以我自知不死。”桓玄此時心情正好，劉邁的馬屁拍得又很上檔次，再加上提拔一個無害的舊怨很能收買人心，因此劉邁也得到收用。還有前廣州刺史刁逵，原先進京述職，被桓玄強留收用，現任命為豫州刺史，接替司馬尚之。