西逃的大楚皇帝桓玄於三月中旬到達尋陽（今江西九江，時為江州治所），早被劉裕宣布為革命同誌的江州刺史郭昶之迎接了楚帝大駕，並竭力提供了大量軍需物資和後備兵源，一路倉皇的桓玄一行才算放下懸得高高的心，暫時安全了！稍後，曾勸桓玄不可逃跑的相國參軍胡藩躲過義兵搜捕，跋山涉水千餘裏追上桓玄。桓玄見到他後大喜說：“不想今天還能見到王叔治一樣的義士（王叔治，指曹魏大司農王修。曾為孔融下屬，黃巾起義時，聞孔融被圍，連夜冒死前往，共同赴難。後事袁譚，在袁譚被曹軍誅殺後，不顧曹操“敢哭之者戮及妻子”的禁令，為袁譚收屍埋葬。曹操感其義氣，將他赦免留用）！”
不過桓玄仍不敢停留在尋陽，決定返回荊州老家。三月十四日，桓玄帶上退休的大晉皇帝司馬德宗一同西上，留下龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓、相國參軍胡藩和郭昶之一起駐防湓口（今江西九江市，湓水，即龍開河入長江處），阻擋晉軍追兵。
安排停當後，桓玄從容上路。因為危機已暫時過去，桓靈寶又迅速恢複了“偉大”！在船上，他開始抓緊時間撰寫《起居注》。在《起居注》中，擺事實、講道理，雄辯滔滔，充分證明了在最近進剿劉裕匪幫的戰爭中，他所做出的全部決策，戰略戰術全都是最最英明、最最合理、最最無懈可擊的！之所以從建康“轉進”荊州，完全是因為眾將沒有服從他的英明指揮，不聽調度，才導致戰局不是十分順利！這樣的事實多讓人痛心疾首啊！但隻要大家相信桓家，相信大楚，一心一意聽從我的指揮，就一定能渡過目前暫時的困難，重新走向勝利！
這樣一篇好文章自然不會從天而降，需要作者嘔心瀝血地字斟句酌，桓玄拿出原來查找錯別字時那種認真嚴謹的工作態度，全心全意投入寫作。這項工作是如此辛苦，以至於桓玄都沒有時間和部屬商討一下目前的局勢和應該采取的對策。等到撰寫完成，桓玄下令將這份《起居注》頒布四方，讓人民群眾都能學習體會精神實質，了解對目前局勢的官方正版解釋，狠狠打擊一小撮散布謠言的反楚分子。
所謂《起居注》，大致可以翻譯成《大皇帝工作生活紀要》，是古代史官記錄帝王言行的例行文件，常常成為編寫史書時需要參考的基礎檔案。最早開始於漢武帝劉徹時，此後成為定製。按常規，《起居注》的編寫唯真唯實，為做到這一點，皇帝無權幹預。對於有責任心的皇帝，《起居注》製度是對他們的一項約束。如李世民就曾請求（注意，是請求，不是命令）史官諫議大夫褚遂良讓自己看一看《起居注》，結果被褚遂良一口回絕。李世民不甘心，又問：“如果我有什麼地方做得不對，你也要記下來嗎？” 褚遂良答：“臣職責所在，不敢不記！”就是這麼牛！可見在這方麵，李世民遠沒有桓玄牛氣。親自操刀，替自己寫《起居注》者，桓玄為中國曆史上第一人！也是唯一一人！
四月三日，作家桓玄回到江陵（今湖北江陵，時為荊州治所），荊州刺史桓石康前往迎接，把刺史的府第騰出來，作為楚朝的臨時行宮。桓玄重新任命文武百官，以卞範之為尚書仆射，負責日常政務。楚朝的中央政府又在江陵重新建立，仍然控製原晉朝約一半的疆域，還不能算弱小。
但楚朝這次“天子西狩”，讓桓玄的威信大減，他生怕別人因此看不起他，除了頒布《起居注》外，還決定采用嚴刑峻法來重樹聲威。但如此一來，人心更加不服，上下離心離德。殷仲文看出情況嚴重，勸皇上處事應該寬容一點，桓玄大怒說：“這次完全是因為諸將不服調動，無視朝廷權威，再加上天相不利，我們才暫時回到故都。少數別有用心的肖小之輩竟敢乘機散布謠言！對於這樣的造謠分子，一定要嚴厲打擊，決不可以姑息遷就！”見到如此喪失理智的主子，一向擅長見風轉舵的殷仲文不敢再說話。
不久，荊州、江州各郡的太守們得知桓玄已回到江陵，紛紛上表問候，祝福皇上起居平安。桓玄看了大為不悅：這些地方官，平日裏不讀書不看報，肯定沒有認真學習《起居注》。字裏行間沒有體現出一點兒積極向上的樂觀主義精神。好像我這次輸得很慘似的（雖然確實如此）。於是，嘴比死鴨子嘴還硬的大楚皇帝命將所有上奏的表章打回，讓他們重寫。規定要統一口徑：隻允許大家祝賀朝廷喬遷新都。做錯事並不可怕，可怕的是知錯不改，甚至硬把瘡疤美化成荷花，楚欲不亡，可乎？