在劉裕看來，盧循、徐道覆從建康城外撤走，代表的意義並不僅是朝廷度過了危機，也意味著盧循永遠喪失了主動權，接下來的仗要怎麼打，就要由劉裕來決定了！盧循、徐道覆，你們的死期快到了！
七月十四日，劉裕命輔國將軍王仲德、廣川太守劉鍾、中軍谘議參軍孟懷玉和河間內史蒯恩等率軍沿江西上，作為追擊盧循第一波攻擊部隊。鑒於此時盧循軍在水軍實力上較晉軍仍有很大優勢，真要在長江上與盧循交戰，晉軍還沒有取勝的把握，所以劉裕故意等盧循開拔四天後才命這支軍隊出擊，並不真打算讓他們追上盧循。說白了，第一波攻擊部隊的作用是象征性的，主要是做個樣子給天下人看，讓各州郡知道朝廷已經渡過難關，有餘力出擊了！這對於維係外地州郡的人心是有很大作用的。劉裕判斷，盧循此次撤退後一定會進攻荊州，所以又派了淮陵內史索邈率領騎兵（可能又是那一千鮮卑重騎）從陸路西進，設法增援荊州。但這支軍隊兵力不多，又沿途受到盧循軍的阻攔，進展非常緩慢。而劉裕本人則趕往東府，大力督造新戰船，為第二波真正的攻擊做準備。
一般說來，武器裝備的優劣對水戰的影響要大於陸戰。在建康之戰中，劉裕已經親眼見到盧循軍隊戰船的精良，所以這次督造的新戰船全是按照壓倒盧循軍戰船的標準。重新設計製造的戰船有不少是多層的大型樓船，高度也有十餘丈，完全不遜色於徐道覆建造的八槽船。這樣，等劉裕親統大軍出師的時候，盧循軍將要麵對的就不再是他們熟悉的，欺負慣了的晉軍小船了。
那麼現在殘存的晉軍舊戰船怎麼辦？劉裕命令將這些舊戰船集中起來，交由建威將軍孫處與振武將軍沈田子率領，再配上水軍三千人，沿海路南下，穿過今台灣海峽，去襲擊盧循的後方老巢番禺（今廣東省廣州市）。這個計劃一出，不少人都明確表示反對，他們認為，“船隊航行在大海之上，常會碰上難以預測的大風大浪，路途又遙遠艱險，不見得能夠到達。而且現在大戰在即，正是用兵之際，不該分出三千人去做這種不靠譜的事。”
在曆史上，我們常常看到這種現象：一些天才的想法常會因為超出常人的理解力不為眾人所接受，最終被平庸的想法淹沒。不過這次沒關係，因為靠不靠譜，最後還是要由劉裕來決定。劉裕不理睬所有的反對意見，堅持派出這支奇兵，並在出發前，對帶隊的孫處、沈田子說：“估計到今年十二月，盧循、徐道覆一定會被我打敗！你們的任務就是趕在這個時間之前攻占番禺，奪取廣州，搗毀他們的巢穴，讓敗退的盧、徐等人無路可逃，無家可歸，沒有東山再起的機會。”
再說晉軍在東線建康轉危為安的時候，西線的江陵卻正處於危急之中。隨著荊州軍團在長沙、尋陽兩次失利，荀林率領的五鬥米道軍已推進到江陵東麵不過百裏的江津（今湖北荊州市江陵區東）了。這還不是最糟糕的，對荊州更大的威脅是譙蜀任命的荊州刺史桓謙。
兩年前，由於劉裕派劉敬宣討伐譙蜀，譙縱很慌張，除了派譙道福統軍抵禦，並向後秦討要援兵外，還上書後秦主姚興，請求派桓謙來蜀，一同謀劃攻討劉裕。姚興征求桓謙的意見，桓謙見有恢複桓氏祖業的機會，立即表示讚成，並頗為樂觀地說：“我們桓家數代治理荊楚，對那裏的百姓有恩德，如果能借助巴蜀的兵力順江而下，荊州一定會有很多人響應！”姚興見他積極性很高，便同意了，但提醒他說：“我聽說小溝裏容不下大魚，譙縱如果有攻取荊楚的能力，就不會找你去幫忙。如果他沒有能力，又豈能重用一個有能力的外人下屬？你要去巴蜀，就自求多福吧。”桓謙一心沉浸在恢複祖業的夢想中，沒聽姚興的勸告便來到巴蜀。到達成都後，桓謙兢兢業業，禮賢下士，努力招攬各方人才，很像當年劉備應劉璋之邀入蜀，隻差沒帶軍隊。這樣紮眼的表現果然讓譙縱起了疑心，馬上將桓謙一行人軟禁在龍格（今四川雙流縣），派軍隊嚴加看守，禁止他們與外人接觸。至於精誠合作討伐劉裕的事，自然也就“太監”了。失去自由的桓謙後悔不迭，流著淚對諸兄弟說：“天王（指姚興）真是料事如神啊！”
本來桓謙差不多也認命了，這輩子就老死龍格得了。但盧循、徐道覆出人意料的北伐以及之後更出人意料的節節勝利，讓原本沒多大野心的譙縱紅眼病發作，又產生趁火打劫的念頭，決定出兵荊州。
要打荊州，當然不能浪費了桓家這張大牌，所以譙縱又把桓謙放出來，任命他為荊州刺史，隨譙道福出征。要是某位黑社會老大無緣無故把你海扁一頓之後，又拉你去喝雞血酒，一起海誓山盟，你還會相信他是你的真朋友嗎？反正在龍格享受了兩年高級囚徒待遇的桓謙是不信的，他已經不可能和譙縱一條心了。難得有個自由行動的機會，桓謙利用桓氏家族在荊州經營日久，門生故吏遍布的優勢，一路安撫招集，很快彙集到他手下的桓氏舊部就有兩萬多人。有了這份本錢，桓謙便尋機擺脫了譙道福的控製，率自己的人獨自推進到枝江（今湖北枝江縣），距離江陵不到百裏，並與荀林所部東西呼應，構成對江陵的兩麵夾擊。