與劉裕預料的不同，荊、雍叛軍並沒有被他大兵壓境的聲勢嚇倒。他們一方麵派出使臣，同時向後秦和北魏求救，如果這些“遠水”能夠到達，實力上就不弱於劉裕了；另一方麵，乘討伐軍行動遲緩的機會，選擇了主動出擊，一馬當先者，是雍州刺史魯宗之和兒子魯軌。
此時，屬於劉裕一方的江夏太守劉虔之駐軍三連，修築橋梁，並積聚了大批糧草，等待討伐軍的到達。沒想到最先到的不是檀道濟，而是魯軌。這位魯公子，有一個很有個性的小名象齒，擅長弓馬，勇力絕人，是一員猛將。他發動奇襲，擊斬劉虔之，繳獲大批輜重，當頭給了討伐軍一個下馬威。而且由於檀道濟、朱超石原本指望著劉虔之的糧草，劉虔之的失敗讓他們的補給落了空，結果直到這次戰爭結束，檀、朱部始終未能參戰。這次失利其實已給此次討伐敲了一記警鍾，但劉裕仍沒有注意。
稍後，魯宗之、魯軌率得勝之師南下支援司馬休之，與越過江夏口的徐逵之大軍交戰於江陵城之南的破塚。象牙果然是硬的，徐逵之白白是劉裕的女婿，嶽父那種出神入化的用兵技巧，一點兒也沒學會。一場大戰下來，討伐軍慘敗，先鋒司令徐逵之、將軍王允之、沈淵子陣亡，隻有蒯恩敗而不亂，打退魯軌的追擊，安全撤回。
這次西征的開始階段，可謂敗得一塌糊塗。究其原因，主要是劉裕過分低估了司馬休之那兩下子，在此役開始時，連劉裕自己都沒有進入臨戰狀態，在他影響下，討伐軍將士們也都是抱著“輕輕鬆鬆取勝，平平安安回家”的念頭來的，根本沒有打大仗的心理準備，臨戰之時，自然顯不出他們該有的水平。
而反觀另一方，由於司馬休之被整，給司馬氏皇族及非劉裕嫡係的地方實力派們敲響了警鍾，他們都已經感覺到了劉裕咄咄逼人的攻勢，而且受到威脅的已不僅僅是榮華富貴，還有身家性命，形勢迫使他們不得不奮起反擊。因為他們已無路可退，所以戰鬥意誌非常堅定，能夠超水平發揮。
總之，太過輕敵的劉裕本來想栽培徐逵之，不成想弄巧成拙，反而害了女兒和女婿。這個錯誤的性質與當年慕容垂讓慕容寶掛帥征伐北魏有幾分相似，當然後果沒那麼嚴重，畢竟司馬休之不是拓跋珪那樣的高手，而劉裕的身體也還很壯實。
因為唇亡齒寒的體會已感同身受，所以從劉裕製造司馬文思案開始，到整個戰役期間，各地發生了多起反抗劉裕事件，其首領多是姓司馬的晉朝宗室。這大概是已有一百多年曆史的晉朝在最後滅亡前，司馬家族的人迸發出的最後一縷血性。
在廣陵，受後秦支持的司馬國璠兄弟悄悄潛回國內，秘密聚眾數百人，乘夜突襲府衙，並射傷留守的南青州刺史檀祗（檀道濟的哥哥）。好在檀祇臨危不亂，對左右說：“敵人在夜晚襲擊，就是想趁人不備，他們的人數一定不會太多，天亮必然逃走。”便耍弄了一點詭計，吩咐更夫，提前打五更，聽到打更的司馬國璠兄弟部眾誤以為天快亮了，不敢戀戰，果然從城中撤走，白白死傷百餘人，行動失敗。
在國都建康，不知從什麼地方冒出一支首領不明的數百人武裝，乘夜突襲建康城東北郊的冶亭，一時京城大震，人心惶惶。幸虧留守的將軍劉鍾反應及時，迅速將其消滅。
而對劉裕更大的打擊來自南燕故地。北青州刺史劉敬宣手下一名參軍司馬道賜，是晉朝皇族的疏遠支係。大概他覺得晉室的興亡司馬家的人都有責任，在得知劉裕討伐司馬休之的消息後，義憤填膺，秘密串聯了同僚辟閭道秀、王猛子數人，密謀刺殺劉敬宣，然後據青州響應司馬休之。不久，他們乘一次與劉敬宣單獨召對的機會，王猛子出手將劉敬宣砍死於坐席。不過他們行事不夠縝密，讓劉敬宣的左右聞訊，一起動手，迅速將他們打敗，司馬道賜、辟閭道秀、王猛子三人都被殺死。這次變亂雖然被消滅於萌芽，但劉裕因此失去了此生最忠實的摯友……
也許正是因為此役初期的失利和各地發生的反抗，迫使劉裕對司馬皇族的能量做出新的評估，認識到他們並不像自己原先以為的那樣軟弱無力，從而為他後來弑殺晉安帝和晉恭帝埋下伏筆。