朱由崧一即位，馬上封賞百官。以史可法、馬士英為兵部尚書、張慎言為吏部尚書、高弘圖為禮部尚書。這三人俱為東閣大學士。其他各官都得升授新職晉爵：進黃得功為靖南侯、左良玉為寧南侯、高傑為興平伯、劉澤清為東平伯、劉良佐為廣昌伯。
同時，由於南京身邊就是強大的江南軍的地盤，為了安撫住朱由斌，朱由崧“下旨”晉朱由斌為“仁孝忠勇武英王”，賞金千斤，錦緞千匹，受天子儀仗，儀仗隊列所用士兵，隻比皇帝用的少六十二人……
同時，馬士英依然擔心朱由斌勢大，而且江南之地離南京又近，隨時可以控製住南京，為了消除這一隱患，便向朱由崧進言，欲要趁著江南軍在山海關等處激戰的時候，巧妙地奪取掉朱由斌的權利！
朱由崧也實在是個混帳東西，屁股還在皇帝的位置上還沒有坐熱，便頭腦發昏地認為馬士英此言大妙，可他又能有什麼主意，當時便召來史可法問計。
史可法隻一應便大驚失色，苦苦哀求朱由崧，隻道當年先帝在時，亦拿朱由斌沒有辦法，現在朱由斌勢力遍布整個江南，乃至山東河北等地，如何能夠動他分毫？要一旦激起武英王怒火，隻怕當時就會惹來滔天大禍！
可惜，朱由崧蠢笨無比，馬士英又被權利衝昏了頭，竟然都不同意，一心隻威逼著史可法盡快想出辦法來，史可法被逼得無奈，隻得為“皇帝”出了個計謀：
將天下劃分成幾個重鎮，分別由朝廷派兵駐守，又在邊關、南京和杭州各設一督師，管理節製各鎮人馬，邊關之地以朱由斌為督師，南京和杭州則由朝廷委派；又派人給朱由斌再發去“聖旨”，命他著力剿匪，隻要能給朝廷數月時間，說不定到時候就能控製住江南富裕之地……
可惜這辦法雖好，卻總也是史可法的書生之見，他遠遠忽視了政治鬥爭的殘酷，遠遠忽視了朱由斌在江南經營十數年，無論在軍隊官吏，還是在百姓中的巨大威望……
可朱由崧和馬士英一聽大喜，都覺得此計大妙，當時便著手安排。
而其後馬士英果然以擁戴之功格外受重用。朱由崧下達旨意，馬士英保障東南，功勞最大，著加太子太保，蔭一子錦衣衛指揮僉事世襲。
本來，他應出外督師，諸臣也希望他去，把史可法留在南京，主持大計。但馬士英根本就不想離開南京，企圖把持朝政，就對史可法虛情假意地說道：
“您的威名素著，軍士們都欽佩您。您能經營於外，而我居中，各帥聽令，一切事都好辦。”
史可法明白他的意思，也想著避開他，避免自己最不願意做，也是最讓人害怕的黨爭，就說自己願意離開南京，於是向朱由崧請求到杭州督師。
朱由崧批準史可法去杭州督師，特加太子太保銜，令百官至郊外餞行。可是，所有人心裏都清楚得很，那杭州是武英王的老巢，去了雖不致有生命之憂，卻也是凶險萬分……
史可法離開的時候，再三叮囑朱由崧，若想把皇帝位置長久地坐下去，就一定要任用賢能，尊重軍士，尤其是要結好武英王……
那朱由崧才即位的時候，說話謙和，處事謹慎，待人平和，拘拘守禮。他聽從各方麵的建議，選賢任能，部署軍事，判定施政措施，宣布實行“國政二十五款”，頗有一番新朝聖明天子的氣象……
可是，昏聵無能的人，再如何偽裝自己，也始終會暴露出狐狸尾巴，朱由崧從登基開始，就已經注明了他會麵臨什麼樣的下場！(未完待續，如欲知後事如何，請登陸www.qidian.com，章節更多，支持作者，支持正版閱讀！)