賴傳珠接到命令後，迅速帶領作戰人員投入戰前的準備工作。
海南島北隔瓊州海峽與廣東省相望，主島麵積3.39萬平方千米，是我國第二大島。地形似雪梨，四周地勢低平，東南部山地聳立。南線長1500多公裏。島上盤踞國民黨海南防衛總司令薛嶽部共5個軍約10萬兵力的部隊，有40多架飛機，50多艘艦艇。
蔣介石從大陸退逃時電令薛嶽：“你務必以瓊州海峽為屏障，嚴加防範，阻止共軍登島。你必須盡職盡責，不得有誤！”薛嶽與蔣介石多年交往，深知他的厲害，也懂得他在電文中所用的調子，如執行不力，所產生的後果將難以預料。
為了落實蔣介石的電報指示，薛嶽反複思索，他將全島劃分成東南西北四個區，以他的43軍為主編第一路軍，擔負東部地區的340多公裏的正麵守衛任務；以62軍，暫編13師、教導師和瓊北要塞縱隊編為第二路軍，負責瓊北地區150公裏正麵防備；以第4軍、64軍編為第三路軍，擔負瓊西390多公裏的正麵守備任務；以63軍、瓊南要塞縱隊、海軍陸戰團編成第四路軍，擔負瓊南300多公裏的防守任務。從四麵八方來看，這好似一個鐵桶般的防禦體係。在一次有各路軍事長官參加的防衛作戰會議上，薛嶽著米黃色軍服，用指揮棒指著已修建完成的環島防禦工事的態勢圖，自吹自擂地說：“諸位，這樣一個防禦體係，真是天衣無縫，諸位難道不應該給它取一個響亮的名字嗎？”
“應該應該！”“司令言之有理，他應該有一個好聽的名字。”各路將領，無不表態支持。
“那好！各位是人中之龍，就聽聽諸位的高見！”薛嶽洋洋得意地說。
“以敝人看，就叫天涯防禦，意思不說你們都明白，共軍登島如同登天一樣。”第二路軍政長官李鐵軍自以為高明。
“以我之見，還是叫環道防線好，顧名思義，讓共軍環島一周，處處固防，無隙可鑽！”第一路軍司令官李玉堂孤芳自賞地提出自己的看法。
大家你一言我一語，爭論激烈。薛嶽雖然傾耳注目，但是卻沒有表態。
第四路軍司令陳驥然煞費苦心後，提議說：“以我說，叫伯陵防線。這‘伯陵’嘛，一來是總司令的別名（薛嶽的別名叫伯陵）；二來這兩個字又有難以震撼的含義。”一貫善於討好上司的陳驥然又送了薛嶽一個順水人情。
“那就叫伯陵防線！以促我固守寶島。我深信，由在座的各位精誠合作，共軍僅靠幾隻破船，休想突破防線！” 薛嶽顯出了匹夫之勇。散會後，薛嶽立即給蔣介石發去一封電報：“我海南構築的‘伯陵防線’，固若金湯，請委員長放心！”
為了摸清渡海作戰所需情況，賴傳珠等渡海作戰指揮部首長，一邊指揮部隊訓練，一邊進行實地調查，走訪有經驗的老漁民、老船工，請他們當顧問，向他們了解風向、風速、潮汐、水流等情況。派人在舊書攤上買回航海手冊、潮汐表等資料，進行學習研究，終於摸清了季風和水流等一般規律，對大海有了進一步的認識。
正當作戰指揮部為船的問題著急時，情報部門送來一份情報：盤踞在潿州島的“廣東反共自衛軍”劫持400多隻民船，全是多棚多桅的大船，可做渡海作戰使用。指揮部看了情報後，立即向上級請示，奪取這批船隻，很快得到了上級批準，119師一個加強團經過巧妙的戰鬥，很快奪取了這批船。加上在軍民的共同努力下，又收集了大小帆船1000多隻，動用船工1400多人，使渡船這一難題基本得到解決。
由於部隊大規模的海上練兵和大量征集船隻，薛嶽已察覺到了人民解放軍渡海攻瓊的意圖，他從1950年2月起，在加強海岸設防的同時，增調兵力“圍剿”五指山革命根據地，企圖在人民解放軍大部隊渡海前消滅瓊崖縱隊，解除內患，使解放軍不能內應外合。這樣一來，瓊崖縱隊的處境更加困難。
賴傳珠等首長了解海南的敵情變化之後，考慮如何增援瓊崖縱隊，大家都覺得上級決定派小部隊偷渡是個好辦法。
第一次偷渡，在鄧華、賴傳珠等人的精心策劃下，以40軍118師一個加強營作為渡海先鋒營，於3月5日晚從燈樓角起航。為了實施這一行動，3月5日,韓先楚親自到登陸點為第一次偷渡部隊送行，把寫有“渡海先鋒營”的紅旗授予首批渡海的800名勇士，鼓勵他們克服困難。
偷渡部隊出發後一直比較順利，可是行至半夜，風停了，航行速度減慢。為了按時到達目的地，戰士們奮力搖櫓、劃槳前進。6日拂曉，當船隊行至預定登陸海域時，前麵突然出現十幾隻敵人的帆船和四架飛機。指揮員立即用敵人的旗語和信號迷惑敵人，衝破了敵人的海上攔截，強行登岸，在長期堅持島上鬥爭的馮白駒領導的瓊崖縱隊一總隊的有力接應下，偷渡成功。偷渡部隊進入了五指山。
賴傳珠看了偷渡部隊發來的電報十分高興。消息傳到部隊，更增強了用船渡海攻瓊的勝利信心。
不久，43軍也以一個營的兵力偷渡成功。
薛嶽得知解放軍偷渡登岸的消息後，慌忙調整兵力堵缺口，把“圍剿”五指山的部隊抽回，增援他的東西兩側陣地，妄圖阻止解放軍繼續偷渡。
敵變我變。賴傳珠等指揮部首長把第二批偷渡點選在島的北側，敵人的正麵防禦地段上，這又出敵所料。
40軍的第二批偷渡部隊由於在登陸海域中遇到了大霧的天氣，潮水又回流，隻有一部分船隻開到了玉包港，集中登上了岸，大部分則再於玉包港兩側20餘公裏的地段上分散登陸。這些地段是敵人重點防禦區，接應部隊事先不知道，知道後也無法趕到。偷渡部隊全憑個人英勇奮戰，以猛烈火力回擊敵人的軍艦、飛機和岸上三麵火力的攻擊，突破了敵人的防線，向島的縱深挺進，並得到了人民群眾的支持。
不久，又傳來了13軍第二批偷渡部隊登陸成功的消息。幾次偷渡成功使賴傳珠等指揮員看清了敵人所謂環島防禦工事的實質。
不久，兵團又組織三次潛渡，均獲成功，極大地鼓舞渡海作戰部隊，各項準備工作加緊進行。通過各種生動活潑的思想教育，戰士們克服了恐海症，將“陸上雄獅變成了水上蛟龍”。
針對國民黨軍在海南島的兵力和防禦體係，人民解放軍又是有史以來第一次這樣大兵團的渡海作戰，沒有海空軍支援，沒有渡海作戰經驗，不僅沒有登陸艇，連機器船都沒有，一些指揮員產生了畏難情緒，提出到港澳購買登陸艇、機器船，等有了艇、船再渡海作戰。
韓先楚、賴傳珠等指揮員反對買船的意見，韓先楚說：“有人提出要到香港買登陸艇，我認為這個辦法不行。你們想一想，帝國主義怎麼會賣登陸艇給我們去打蔣介石哪？以劣勢裝備戰勝優勢裝備的敵人，是我軍的光榮傳統。我們隻要組織好了，用木船也能夠解放海南島。”
這是從現實出發，是實事求是的做法，因為大陸剛解放，經濟上是個爛攤子，買船是靠不住的，不說別人不賣給你，就是賣給你，國家也沒有經費。
海上無船不算兵。渡海作戰關鍵問題是船，是渡海工具。沒有足夠的船，不僅無法渡海作戰，更談不上海上訓練。韓先楚主張自力更生，一方麵從漁民中收集船，一方麵組織能工巧匠製造木船。他指定人員負責解決船的問題，自己主要抓渡海訓練和登陸作戰訓練。
中央軍委和毛澤東主席對於渡海作戰極為關切，多次發出指示，要求四野首長吸取攻打金門戰鬥的教訓，在渡海作戰中必須掌握潮水和風向，必須一次運載足夠的兵力和給養，必須建立和鞏固灘頭陣地，不依靠後援。賴傳珠認為，中央軍委的這些要求很高，而且很重要，是保證戰鬥勝利的基礎。
毛主席指出：“海南島與金門島情況不同的地方，一是有馮白駒的配合；二是敵軍戰鬥力較差，隻要一次運送萬人登陸，就能建立立足點，以利於後續部隊的跟進。”毛主席又說“爭取於春夏兩季內解決海南島問題”。
賴傳珠對上述指示進行了反複學習，受到了很大的教育和鼓舞，給了他戰勝困難的信心和力量。
開始，部隊遇到的困難很多。部隊人員大部分來自北方，不善水性，絕大部分人一上船就暈船嘔吐，訓練歸來食不甘味，有的不思茶飯，有的連隊不懂海上氣象貿然出海，遇到風暴，船翻人亡，損失慘重。部隊中對於用木船渡海存在許多想法和疑慮，信心不足，問題較多。
賴傳珠不僅召開各種會議，學習中央軍委和毛主席的指示，提高大家的思想認識，而且帶領機關人員深入部隊，從戰士們一起訓練，一起研究解決各種問題。部隊很快掀起了訓練熱潮，解決了許多難題，部隊出現了一派生龍活虎的訓練氣象。有的利用汽車引擎蓋製出了土炮艇，很快，一支支土炮艇艦隊出現在訓練場。許多戰士學會了遊泳，大部分人會劃船了，會搖櫓了，由陸地雄師變成了海上蛟龍。
賴傳珠和鄧華領導部隊，及時總結四次潛渡成功的經驗後，決定利用4月份的季風氣候，實行主力夜間強度，一舉奪取瓊島。
這時，在渡海戰役中的一些重大問題上，如：早打還是晚打，是用木船還是購買登陸艇，采用小規模的不斷偷渡還是經過幾次偷渡後立即抓住戰機，實施大規模渡海等，這些關係到戰役進程和作戰方式的關鍵性問題，指揮員之間存在意見分歧。經過慎重研究，大多數指揮員的意見是，早日發起海南戰役，可趁敵人立足未穩，打亂其海上部署，以小的代價換取大的勝利。如果不早日渡海作戰，給敵人以喘息之機，敵人必然要進一步加強防禦，我們將失去有利戰機，招致無窮後患。中央軍委和毛澤東主席很快批準了這一作戰方案。
賴傳珠等反複核對氣象資料，詢問老漁民，經過研究分析後，決定把進攻時間定在1950年4月16日。上報後，很快得到了批準。
4月16日，參加海南島登陸戰役的主力部隊第一梯隊由40軍的6個團和43軍的兩個團組成，在兵團副司令員韓先楚具體指揮下，分乘350隻木帆船，以左右兩路從正麵強渡海峽。
16日19時30分，40軍主力部隊啟渡南進。頓時，幾百艘戰船載滿了全副武裝的解放軍指戰員乘風破浪，全速前進，直至海南島。
當船隊離海南島海岸不遠時，突然空中亮起了照明彈，接著發現敵人軍艦“海狗”號由東向西駛來，不斷向我船隊開炮。敵人的飛機也輪番掃射轟炸。有的船被擊中，有的船帆被打破。戰士們一邊奮力劃船，一邊向敵人還擊。我軍自製的土炮艇發揮了威力，擊沉敵艦一艘，擊傷兩艘，有力地保護了主力船隊的航行。
次日淩晨2時30分，第一梯隊接近海灘。敵人發現後，岸上、空中、艦上各種火力一齊開了火。我軍指揮員十分冷靜，命令船隊加速前進，做好登陸準備。
渡海作戰，勝敗的關鍵是搶灘登陸。在船離岸還有五六十米處，我登陸部隊奮力搶灘。敵人發現解放軍登岸，將所有火力向灘頭陣地掃射。登上岸的戰士倒下去了，後麵的接著衝鋒。前仆後繼，海水中泛起一片片殷紅，白色的海浪變成了紅色，後麵的仍在集中衝鋒。他們衝上了岸，成群的衝上了岸，消滅了敵人一個又一個火力點，在向縱深發展。
當17日淩晨晨曦露出海麵時，渡海作戰兵團第一梯隊數萬名官兵，在瓊崖縱隊和先期偷渡登島部隊的策應下，將敵人64軍131師391團大部殲滅，擊潰了敵人392團，全部於林高角至花場港之間登上了岸，占領和鞏固了這一帶的登陸點。薛嶽認為“固若金湯”的“伯陵防線”，被我登陸部隊衝破，撕開了一個大缺口。
解放軍第一梯隊8個團登陸後，薛嶽仍在“做夢”，說什麼共軍仍是小規模登陸，隻要調整一下兵力，就會很快把登上島的解放軍趕下海。於是，他急調其暫編13師到福山，企圖配合151師，乘我登陸部隊足未穩，奪回失掉的灘頭陣地。
人民解放軍第43軍登陸後，於20日進至黃竹、美亭地區，與敵人252師的兩個團遭遇。我軍128師迅速將敵人包圍在黃竹、美亭兩個村內，並發起了猛攻。這時，薛嶽才意識到這次解放軍登陸與前幾次不一樣，來勢凶猛，是要同他決一死戰。於是，他又急調其62軍等部四萬餘人，對128師實施反包圍，妄圖一口吃掉128師。
21日天剛拂曉，敵62軍等部在飛機重炮支援下，向128師發起猛烈的圍攻。128師以少數兵力利用有利地形抗擊外線圍攻之敵，集中主力將被包圍的第252師盡快殲滅。128師進行內外作戰，戰鬥打得異常殘酷激烈，戰場到處都是槍聲、廝殺聲，都在不惜代價地爭奪陣地。陣地得而複失，失而複得，雙方都付出了沉重代價。
在內線作戰的我282團7連，攻打敵人一個核心陣地，就是攻不下，傷亡慘重。全連150多人經過反複激戰後隻剩下1名排長和6名戰士，雙方都打紅了眼。128師師長和營長劉連科親自端起槍反擊敵人。排長劉萬成率領6名戰士連續炸掉敵人5座碉堡，摧毀了敵人最具威脅的火力點。
人民解放軍40軍的7個團邊打邊疾速東進，於21日17時抵達美亭東西兩側地區，對圍攻我128師的敵人進行合圍，形成了我圍敵、敵圍我、我又圍敵，包圍與反包圍，內線與外線，敵中有我、我中有敵的交錯局麵。在不到10平方公裏的地區內，集中敵我雙方的幾十萬兵力，在廝殺，在混戰。雙方無法用炮擊了，因為炮轟可能轟炸的是自己人。戰場上，雙方大都是互相廝殺的肉搏戰。
夜幕降臨後，戰鬥更加激烈。各種槍彈彈道像千萬條火龍在陣地上空交錯飛奔，血與火與大地連成一體，將天空映得如同白晝。戰士們的槍管打得燙手，刺刀捅的滴血。雙方傷亡很大。
戰至22日清晨，人民解放軍同時在內線和外線向敵人發起猛攻，一氣殲滅了敵人32軍22師，重創敵62軍、暫編13師和教導師等部，渡海部隊贏得了這至關重要的一步。薛嶽的“伯陵防線”的核心陣地，瓊北守備區被解放軍攻克。這時，薛嶽才完全意識到他的厄運來臨，如再繼續頑抗隻會損失更大。他跟身邊人說，蔣老頭子幾百萬軍隊在大陸都抵擋不住，我這點人馬能阻擋住他們嗎？於是，他下令全線總撤退。這樣，到台灣見蔣介石不至於是光杆司令。
22日黃昏後，借著夜幕的掩護，薛嶽率領他的海防司令部要員從三亞機場登上飛機，逃往台灣。
23日，我軍第40軍118師與43軍的127師先遣團，向海口發起攻擊。守敵已於22日晚逃走，市內剩下一部分殘敵，俘敵600餘人，繳獲汽車40餘輛，解放了海口。這時，東路40軍主力和43軍128師，在瓊崖縱隊的配合下，分別從海口、文昌等地經萬寧、陵水直撲榆林、三亞地區。
為了搶時間，賴傳珠等指揮員命令118師利用繳獲的汽車組成一個加強營，沿東線環島公路迅速追殲敵人。24日，第二梯隊43軍的5個團在天尾港一帶登陸成功。兩支主力登陸部隊與瓊崖縱隊、先期潛渡部隊密切配合，奮力戰鬥。25日13時，加強營追上國民黨一股逃軍。此時，敵人已損兵折將，如鳥獸散，毫無鬥誌，一交手就散了架，俘敵2000餘人。
南逃的敵人發現解放軍進攻速度很快，立即命令炸橋毀路，妄圖遲滯解放軍的進攻速度。但戰爭是不以個人意誌為轉移的。118師於27日拂曉追擊到萬寧地區，截住了國民黨32軍大部和62軍殘部，並在萬城東烏場港內向正在撤逃到四艘軍艦上的敵人發起攻擊，擊傷敵艦三艘，俘敵3000餘人。
我40軍119師在追擊中，殲滅國民黨第62軍151師師長等800餘人。119師繼續追擊，與30日9時左右追至榆林、三亞地區，攻占國民黨瓊南空軍三亞機場，徹底切斷了敵人從空中逃跑的退路。
由40軍118師一部組成的西路追擊部隊，分水陸兩路並進，配合中路追擊部隊，追擊薛嶽的第三路軍。353團一個加強營，從新州出發經新澤市沿西線環島公路向北黎、八所地區聚殲敵人。從水路追擊的部隊乘15艘機帆船去封鎖北黎、八所港口，當敵人趕到時，這個港口已被解放軍東西兩部追擊部隊占領。
戰役進展很快，戰至5月1日上午9時，島上的槍炮聲基本平息，宣告海南島解放。攻克瓊島戰役，殲滅國民黨軍三萬餘人，其餘逃往台灣。國民黨陸軍步兵學校教導師1個團1000餘人，在少將處長謝瑞麟率領下，於22日在瓊山縣起義；國民黨163師489團，在團長李一榮和副團長羅榮彬、李乾元率領下，於23日在瓊山地區投誠；保安1師4團團長林蒼才率600餘人投誠；保安3師1團副團長率380餘人於25日起義。
海南島戰役取得了全勝，賴傳珠等首長指揮渡海部隊用行動譜寫了一部英雄史詩，創造了用木船戰勝敵人軍艦這一戰爭史上的奇跡！
賴傳珠和鄧華於5月25日，指揮第44軍131師與江防艦隊協同，進行萬山群島登陸戰鬥。26日至28日，登陸部隊相繼占領牛頭、垃圾尾、蜘洲、大頭洲等島。經過7天戰鬥，於8月3日全部解放萬山群島，共擊斃擊傷俘虜國民黨軍700多人，擊沉敵艦艇4艘，擊傷12艘，繳獲敵船11艘。參戰部隊受到毛澤東的表揚和中央軍委、中南軍區的嘉獎。
戰爭是創造，不是模仿，賴傳珠用自己的行動譜寫出了部隊的英雄史。