以托爾布津為首的撤離雅克薩的殘匪，又夥同從尼布楚方而派來的沙俄侵略軍，乘戰爭的硝煙剛剛停熄的瞬間，重新竄回雅克薩。匪徒們在雅克薩重新修築工事，企圖盤踞在中國這塊土地上。沙俄侵略者再次侵占雅克薩，立即引起中國軍民的警覺。蒙古族群眾首先得知這一消息，立即報告給清軍。當地人民，還以向沙俄匪徒交納實物稅作掩護，深入匪巢，刺探敵情。索倫族副總管烏木爾代率本族健兒，在雅克薩附近浦捉匪徒，弄清了哥薩克盤據雅克薩的真實情況。情報傳入北京後，康熙立即指出：“今羅刹複回雅克薩築城盤踞，若不速行捕剿，勢必積糧堅守，圖之不易”。並命令薩布素等速修戰船，準備統領大軍攻取雅克薩。康熙還單獨召見郎談，親自布署戰鬥。他指出：“爾等此行，宜慎之，當如前降旨曉諭：爾羅刹外國人貪利棄命，擾我邊疆，今大兵複至，當速降。如不降，則盡誅之。若得雅克薩城，即往尼布楚，事畢，還駐兵於雅克薩過冬。勿毀其城，亦勿損其田禾。”吸取了第一次雅克薩戰爭的教訓。
康熙二十五年七月，薩布素等奉命再次統帥二千名大軍，從水陸兩路攻取雅克薩，嚴懲沙俄侵略者。
康熙在第二次雅克薩戰爭期間，仍致書沙皇，繼續堅持通過和平談判的途徑解決邊界問題。康熙在這年九月指出：翻羅刹侵犯雅克薩、尼不潮（楚）諸地，擾我居民，邊境騷然。曾諭鄂羅斯察罕汗來使尼果賴等撤回其眾，自後竟不奏，反在在侵犯，肆行擾害”。第一次雅克薩戰爭後，又令其投降的侵略頭目托爾布津等“持書歸去”，仍無消息扮現將屢次向沙皇提出談判的情節，“備悉作書”，通過來華的荷蘭使團和回歐洲的傳教士閡明我等人帶去。再次建議雙方舉行談判，共同商定：“於何處分立疆界，各毋得逾越，則兩界人民均得寧居，不失永相和好之意”。
第二次攻取雅克薩的清軍，曾多次擊潰出擊的俄軍，並於城外“掘長塹、立土壘以困之”。經過半年左右的時間，龜縮在城中的八百二十六名哥薩克，隻剩下一百五十人，侵略頭目托爾布津也被流彈擊斃。沙俄侵略者己彈盡糧絕。清軍又在雅克薩“城南、北二處，築高台，架大炮，欲攻城”，雅克薩城指日可下。在中國軍民的沉重打擊之下，沙皇政府開始認識到使用武力侵占中國黑龍江地區的目的是不可能達到的。決定派使臣魏牛高等到北京要求和談。
3 千年不遇——唯一一個平等條約《尼布楚條約》簽訂內幕
《尼布楚條約》簽訂是清政府與一個大國簽訂的少有的平等條約，作為戰勝方簽訂此條約也並非一帆風順。
康熙二十五年十一月十二日，俄使魏牛高等到北京，呈遞了沙皇給康熙的信件。清朝政府立即派大學士明珠等同俄使進行停戰談判。沙皇給康熙的信中，一麵誣指“中國皇帝之軍隊來我邊界，我屬下人並未作惡滋事，中國皇帝為何緣由”即行出兵？”同時又威脅說：俄國“方派不可勝數之精兵，令其抵擋你軍”。
明珠有力地駁斥了沙皇的謊言，指出：中國“向無傷犯爾國之處，爾國人卻無故以槍炮殺掠我居雅克薩等地守我器械之虞人，並屢次納我逃人”。“並竄入我黑龍江下遊亨滾等地，騷擾滋事”。“如此騷擾滋事之處，曾多次向察罕汗（即沙皇）頒救遣人，並無複奏，也未加製止滋事之人”。明珠還指出：“如今你奏文中，若謂我先進犯，則你俄羅斯人過雅克薩，近二三千裏，直入我亨滾等地，騷擾滋事，一所拿獲者至今尚在，問其於何地被擒甚明”，“此謂我先下手或謂你先下手？”
明珠等有理有據的指出沙俄侵略者是挑起這場戰爭的罪魁禍首，中國是被迫進行自衛反擊的，駁得“俄羅斯使者無言以對”。當時，清政府從大局出發，為促進早日舉行和談，決定單方麵撤軍。康熙在十一月十三日諭大學士等說：“鄂羅斯察罕汗以禮通好，馳請解雅克薩之圍。朕本無屠城之意，欲從寬釋。其令薩布素等撤回雅克薩之兵，收集一所，近戰艦立營，並曉諭城內羅刹，聽其出入，毋得妄行攘奪，俟俄羅斯後使至定議”。同時，康熙又致書沙皇，同意撤雅克薩之圍和舉行邊界談判，交魏牛高帶回俄國。子是雙方派人到雅克薩下達停戰令。