康熙十七年（1678年），靳輔、陳演開始根據自己的理論整治黃河了。陳潢做過試驗，黃河下遊“十分水沙居其六，沙多於水”。他們根據明代水利學家潘季馴的方法，采用了“築堤束水，以水攻沙”，在清江浦以東的河道近處修建“縷堤”，在河道遠處修建“遙堤”。河水大時，開堤放水，減輕洪水對堤壩的衝擊，防止堤潰田淹；河水小時，蓄存河水，利用水的流速，衝沙刷沙，讓沙隨水去，進入大海。他們兩人還創造了一種‘放淤固堤法”，在淮陰到江都地段，因河堤不甚牢固，便在堤旁建設月形涵洞，引水入注，然後在月堤上再建涵洞，形同過濾，讓清水流出月堤外，黃沙留在月堤內。這樣，月堤外的清水，可以築渠再引進黃河，也可以築溝引進附近農田，作灌溉之用。月堤內截留的淤沙，日久便淤積成平陸，同黃河堤平，既可加固河堤，又可擇優選作農田。靳輔、陳潢還做了件好事，就是重新修建了一條中河（中運河）。黃河原先奪去了運河的一段，漕船從清江浦以北直到宿遷駱馬湖，要借助黃河一百八十裏路程。這段河道風大浪險，航道經常變化，“一遇暴風水漲，船沉人亡”，漕運常常中斷。靳輔不惜重資，另辟一段新運河—中河，僅借行黃河數裏，以後便黃河歸黃河，運河歸運河，兩不相涉。中河築成以後，舟船往來便利，商賈船行不絕，漕船可以順利到達京城，繁榮了南北經濟，保障了漕運安全，受到康熙的嘉獎。
到了康熙二十二年，徐州以下的黃河重歸故道，治河初見成效。靳輔從康熙十六年受任河道總督，一直幹到康熙二十七年，十一年裏，他同陳潢戴月披星，沐風浴雨，完成了黃河上數不清的工程，但在朝中卻受到許多大臣的攻擊，攻擊的焦點是黃河入海處的工程。黃河下遊是水高地低，針對這種情況，靳輔從清江浦以東直到離大海十數裏的地方，兩岸築起堅固的高堤，把黃河的水穩穩當當送進大海。築堤防水，這有什麼不好？問題就出在他違背了聖賢的古訓。中國自從大禹治水，就主張疏而不堵，靳輔用的是“築堤”的辦法，當然是堵的一種。這種辦法，成功則已，不成功就要身敗名裂。
恰好此時天又不遂人願，靳輔的黃河工程有幾處小決口，於是朝廷熟讀聖賢經典的大臣們便議論開來。安徽巡撫於成龍認為，靳輔犯了滔天大罪，應辦靳輔死罪。於成龍引經據典提出新方案。重新開挖海口，引瀉黃河下遊之水。康熙居然同意了。康熙不懂，於成龍裝懂，他們都不明白黃河下遊的地勢，海高地低，海水漲潮時，海麵比陸地還高出五尺，如果拚命開挖海口，名為疏導，實際上黃河之水非但流不進大海，反而造成大海之水倒灌黃河。靳輔當然不能同意。靳輔接任之初就擔心有人會無視黃河的實際，根據聖賢道理來反對他，如今禍事終於來臨。
康熙還算慎重，派尚書佛倫親往海口勘察，佛倫回來報告皇帝說，根據海口形勢，靳輔的辦法沒錯。康熙還不放心，讓在京的江蘇籍官員發表意見。這些江蘇籍官員，由於靳輔在黃河涸地上屯田征銀，侵占了他們的利益，本來就已經咬牙切齒，都說靳輔的辦法“不疏而堵”，違背經典，大逆不道。康熙疑惑了，交九卿會議再議。清朝九卿會議實際是中央各部院大臣的聯席會議，大臣們都熟知道開挖海口的主張是康熙皇帝已經同意的，如今黃河工程有了決口，便都主張嚴懲靳輔，並要他賠修決口工程。康熙動搖了，他說：“賠修非靳輔所能負擔，嚴懲也可不必，讓他戴罪立功，以功補過。不過海口開挖工程交由於成龍處理，不準靳輔過問。”
就這樣，靳輔和陳潢繼續在黃河上露宿風餐，含辛茹苦，戴“罪，立功，作出了不少成績。僅涸地 屯田一項，即安置了兩河數萬無業遊民，又彌補了曆年河上積欠，還儲備了若幹河防經費。然而，靳輔並沒能因功而抵“罪”，相反，康熙皇帝卻不斷接到論劾靳輔的奏章。其中於成龍最起勁，說靳輔“屯田害民，且阻撓海口疏浚”。康熙弄不清楚。
康熙二十七年三月，他下了一道諭旨，命令靳輔、於成龍一同晉京，由康熙本人在乾清門親自主持“廷辯”，聽取雙方及滿朝文武大員的意見，最後再作“禦裁”。兩人來到京城乾清門下，於成龍振振有詞，都是聖賢大道理。靳輔的治河方法當然絕非萬無一失，當時，如欲徹底根治黃河，隻有良法一條：改道北遷。可是在封建社會裏，人工改道黃河談何容易？靳輔有苦說不出，在朝廷上全無招架之功。清運總督慕天顏接受了於成龍的賄賂，指責靳輔妨害了漕運，此事給康熙震動很大。其餘大臣根據書本道理讚成疏導，反對築堤。一時，靳輔成了“民族罪人”。康熙糊塗了，他作出了錯誤的判斷，指責靳輔苦累了黃河兩岸的百姓，引起江南士民的怨憤，於是將靳輔撤職罷官，聽候處理。陳潢的命運就更加淒涼了，康熙命令將他解京治罪，陳潢受不了一路上的折騰，到京沒有多久便含冤死在刑部的大獄裏。一代治河名匠，卻落得如此結局，真是叫人潸然淚下。然而不幸中的大幸是，陳潢死後，他的同鄉好友張靄生，將他生平討論河務的文稿搜集整理成書，名為《河務述言》，共計十二篇，總算給我們留下一部分他生平心血的結晶。