在北京大學一係列組織係統中，蔣夢麟擔負著重要角色，除總務長外，還兼任了多個委員會委員。尤其是總務長一職，自北大改組後，所有行政上一切事宜，均由總務處負責，而取決於總務委員會。總務委員會實際上成為北京大學最高行政機關，負責管理全校之事務，由此可見蔣夢麟此時充當北京大學實際管理者的角色，是蔡元培不可須臾離開的重要助手。北京大學在蔡元培主持下的一些成就實際上都有蔣夢麟的一份功勞和苦勞。
蔡元培選定蔣夢麟作為自己的代表前往北大執掌學校日常事務，自然有自己的考慮，最簡單的一個目的就是延緩一下他北上的時間，否則先前那樣大動幹戈鬧著辭職、遠離鬧市實在不好解釋。這是一般情理中可以理解的考慮。不過，從當時人際關係看，蔡元培選擇蔣夢麟，可能更多的還是他周圍那些複雜的人際關係衝突的結果。
蔣夢麟的背景是江蘇省教育會，是黃炎培，但他在蔡元培那裏又是蔡的學生，而且是比較好的學生，這是一層重要關係。另外一層，動議這件事情的可以肯定是湯爾和，湯爾和此時是北京醫專校長，是北京國立各專門以上學校校長聯合會的代表，此一時期，他與北大教授馬敘倫聯手，掌控北京教育界，是五四運動過程中非常重要也是非常善於生事的主。馬敘倫與蔡元培有著很好的互動關係，也是敢於負責任的人，但是馬敘倫似乎比較容易衝動，比較容易弄權，所以馬敘倫又與蔡元培身邊的沈尹默有點不和。因此當湯爾和於7月10日向蔡元培第一次提及由蔣夢麟“遣代”問題，沈尹默似乎根本就不知道，根本就被蒙在鼓裏。直至三天後即7月13日，這件事情已經完全決定，已經沒有絲毫更改可能性的時候，湯爾和才將這一方案向沈尹默轉述，然而雙方觀察不同，“所見略有不合”，湯爾和自信自己的觀察較沈尹默更周密，況且自己的方案已被蔡元培采納，所以盡管沈尹默對他說了很多不好聽的言辭，但湯爾和“亦不必辯”，對於沈尹默的未來出處，湯爾和勸其出洋，並表示甚至從內心深處發誓將來一定幫沈尹默完成出洋這件事，“將來當為力圖”。但不管怎麼說，同在杭州，同在蔡元培身邊的沈尹默竟眼看著被湯爾和耍了，其心中的鬱悶不難想見。
對於身邊幕僚或學生們的矛盾與利益衝突，蔡元培或許是清楚的，或許根本不清楚，甚至他也無意弄清楚。蔡元培接受湯爾和的方案後，即約請蔣夢麟從上海到杭州麵談。13日，蔣夢麟到杭州。14日，蔣夢麟冒雨陪同蔡元培遊花塢，蔡元培大概就在這個時候講了這個方案。
那時，蔣夢麟在杭州上海之間來回走動，幾天前當湯爾和剛剛想出這個主意後就與蔣夢麟談過，蔣夢麟說了自己的難處，又都被湯爾和一一化解，所以這一次蔡元培直接出麵談，蔣夢麟應該一點都不會感到吃驚，他們所談隻是具體細節，以及到北大後應該怎樣應付的問題。這一次，蔡元培談得似乎很高興，他在當天連寫六首七絕記錄遊興和觀感。
當天晚上，蔣夢麟、湯爾和與蔡元培共進晚餐，至此，蔣夢麟“遣代”問題終於說定，蔡元培決請蔣夢麟作為他的代表，替他回校辦事。
方案大致決定後，就是具體細節，也就是蔣夢麟怎樣才能名正言順地代表蔡元培的手續問題，這使不善於或者說很煩那些程式主義的蔡元培苦於手續繁重，但對善於料理行政的湯爾和來說實在是小菜一碟。
7月15日，湯爾和、蔣夢麟再至楊莊，會晤蔡元培，談細節。16日，他們兩人又來，繼續談。對於蔡元培的疑惑與顧慮，湯爾和津津樂道一一疏解。蔡元培聞言恍然，遂定議。
接著，蔡元培與蔣夢麟談話，具體規劃蔣夢麟北上後的步驟以及如何處理可能會出現的各種問題。蔡元培對蔣夢麟說：“大學生皆有自治能力者，君可為我代表到校，執行校務，一切印信，皆交君帶去，責任仍由我負之。”蔣夢麟稍經思考，提出兩點要求請蔡元培同意：
一、隻代表蔡元培個人，而非代表北京大學校長；
二、僅為蔡之督印者。
對於蔣夢麟的兩點要求，蔡元培沒有不同意的道理，並告以三點注意事項：
一、各界代表之至杭者日必數起，迄未答謝，請代表致謝各界；
二、代表蔡說明有回北大之決心；
三、大學責任，蔡願意繼續完全擔負。
然而蔡元培又告訴蔣夢麟：“自今以後，須負極大之責任，使大學為全國文化之中心，立千百年之大計。”
談話畢，蔣夢麟當天返回上海，他還要抓緊料理江蘇教育會事務以及與黃炎培等人交接，因為湯爾和約他六天後一起北上就職。
蔡元培之所以選擇蔣夢麟代替他前往主持大學事務的原因，除了湯爾和竭力推薦外，據說還有如下三點：
一、蔣夢麟是蔡元培的學生和同鄉；
二、蔣夢麟當時在北京大學任有職務，他與北大多位教授在上海辦《新教育》月刊，而《新教育》的方針是蔡元培在南京臨時政府教育總長任內提出來的；
三、國民黨總理孫中山對蔣夢麟非常欣賞，這也似乎是蔡元培將北京大學校務委托給蔣夢麟的原因之一。
不管怎麼說，因蔡元培辭職而引發的風波終於因蔣夢麟的“遣代”而結束，蔣夢麟或許有他自己所說的“情勢所迫，隻好勉強同意擔負起這副重擔”的原因，但總體上說，這一方案的提出實際上得益於湯爾和，湯爾和不僅實際上操控整個局麵，而且是他勸說各方接受這一方案，不僅化解了各方矛盾，解決了各方一直膠著的問題，而且對蔣夢麟個人來說，也至關重要。正如胡適後來所認識的那樣，“爾和先生是當日操縱北京學潮的主要人物，他自命能運籌帷幄，故處處作策士，而自以此為樂事。”“爾和愛護蔡先生，自是誠意；其推崇夢麟，似也是處於誠心。爾和自是好事者，然八年（1919年）夏秋之間，他於北大是有功的。他拔出夢麟，亦有造於夢麟，不然，他（蔣夢麟）也許被黃任之（黃炎培）諸人完全毀了。”胡適甚至直截了當地對湯爾和說：“五四之後，留蔡之事，先生用力最勤，而夢麟兄之來北大尤為先生第一大功。倘夢兄不北來，他也許要被任之兄一班人毀了。故夢兄北來之舉，先生實大有造於他，亦大有功於北大。”
按照相關製度規定，蔣夢麟要代蔡元培行使校長權力，首先要成為北大教授，然後出任總務長，再以總務長的名義暫行代理校長職務。於是蔣夢麟在接受“遣代”安排後，第一件事就是受聘為北大教育學教授。
20日，蔣夢麟與湯爾和及南下請蔡元培回校的北大學生代表張國燾等一起北上，第二天晚上九時半抵達北京，寓醫校。一個小時後，十時半，胡適、馬敘倫、沈士遠三人專程前來拜訪蔣夢麟，談學校事務，並約定明天下午五時召開教職員幹事會。
對於蔣夢麟“遣代”這個方案，在上海在杭州的北大教職員代表和北大學生代表都表示接納蔡元培的意見，以為是當時所能找到的最好方案。他們還認為北京政府教育部對蔣夢麟暫代校長職務一事是會認可的。所以，還在上海的時候，正在那裏的北大學生代表，實際上都是學生領袖級的人物張國燾、段錫朋曾到江蘇省教育會專門拜訪住在那裏的蔣夢麟，向蔣夢麟表示他們代表北大同學歡迎他去北大任代理校長的職務。這一點肯定對蔣夢麟也非常重要，至少堅定了他的信心。