隨蔣夢麟北上，蔡元培還讓蔣夢麟隨身攜帶一份他寫給北大教職員的信，解釋由蔣夢麟“遣代”的原因：
本校教職諸君公鑒：
元培因各方麵督促不能不回校任事。惟胃病未瘳，一時不能到京。今請蔣夢麟教授代表。已以公事圖章交與蔣教授。此後一切公牘均由蔣教授代為簽行，校中諸事務請諸君均與蔣教授接洽辦理。特此奉布。
這封信說得很清楚，到京後，即由馬敘倫油印送發給各教職員，並揭示校中。
正如張國燾、段錫朋所估計的那樣，教育部對於這個替代方案也隻有接受一條路可走。何況，蔣夢麟低調行事，也給足了教育部麵子，所以教育部方麵並沒有構成問題。
蔣夢麟到京的第二天（22日）一大早，就前往教育部拜謁代理部務的次長傅嶽棻，一一解釋蔡元培委托他前來代理的原因與背景，大概意思有二：
一、關於蔣夢麟的教授資格問題；
二、隻是蔡元培個人代表。
代理部務的教育部次長傅嶽棻對蔡元培的這個方案大致認同。7月24日，教育部通過秘書傳話，表示胡仁源在法理上的“署北大校長”問題已由教育部呈總統請示辦法，大約很快可以發布解職令。至於蔡校長病已就愈，先派蔣教授來京維持校務，教育部也沒有什麼意見，甚至準備直接以公文致蔣君，請其執行職務。
教育部的態度發生了根本的變化，這與人事布局的調整肯定有關係，但更主要的還是各方都希望盡快結束學潮，使教育界趨於平靜。但是，由教育部的態度變化，湯爾和也感到了危機，這個危機就是教育部在未來勢必對他個人更加戒慎，因為湯爾和的活動雖然化解了危機，但實在使教育部丟了不少麵子。不過，這畢竟隻是湯爾和個人的事情，可以忽略不計。
7月25日，教育部批準蔡元培的請求，同意由蔣夢麟代理北大校長職務。教育部的批準令說：
北京大學蔡校長元培函稱，侵電敬悉，屢承敦促，本思早日北行。胃病未瘳，尚難就道，欠仄萬分。元培既負責任，豈敢放棄？今特請本校教授蔣夢麟君代表主持校務，已將公事圖章交與蔣君。一切公牘均由蔣君代為簽行，與元培在校無異等因。查該校校務久已無人主持，亟需董理，以重責成。準函前因，除敦促蔡校長早日回校並令知蔣教授代表主持校務外，合即令行該校知照。此令。
蔣夢麟在北大毫無根底，他到了北大拿什麼資格來替蔡元培代辦校長事務呢？北大內部原有幾位早就害怕黃炎培、蔣夢麟的江蘇省教育會可能會利用五四運動政治教育危機來搶北大的權力，所以在五四運動還沒有發生時，他們就向外麵放了空氣。五四運動發生後，北京政府醞釀解散北大的時候，江蘇教育會的黃炎培、蔣夢麟等人也確曾有染指北大的想法與動議，他們或許是出於善良的願望，擔心萬一倡導新文化運動的北京大學果真保不住了，那麼就請北大內部的新派教授到南方來，所以他們那時確實準備在南方大概是在南京創辦一所新的大學，以便作為新教育的重鎮，而將北大交給那班舊派人物。
不論黃炎培、蔣夢麟當日這項動議出於什麼樣的原因，但這個建議傳出後，確實引起北大教授們的不滿和戒心，總覺得江蘇省教育會手伸得太長，尤其是乘人之危的設計總有點趁火打劫的意味，心中難免不結下梁子。
現在好了，蔣夢麟不僅來了，而且來了就是蔡元培的個人代表，是一人之下，眾人之上。先前反對黃炎培、蔣夢麟覬覦北大的人，現在確實麵臨一個選擇問題，他們究竟是擁護呢，還是迎合安福係的思路，繼續“迎胡拒蔡”，拒絕蔣夢麟代理呢？
識時務者為俊傑，何況蔣夢麟將姿態做得很低很低，給足這些教授們麵子，他們怎麼還會反對呢？先前那些反對的人，一時間差不多都變成了衷心擁護代理方案的人。當然，他們也明白，既然蔡元培這樣決定了，既然教育部都不反對了，那麼他們繼續反對有什麼用呢？而且，假定不讓蔣夢麟來做代表，那麼連蔡元培也不回來了，仍舊妨礙了大局。更何況，在蔣夢麟將到未到已到之時，胡適、馬敘倫等人都在教授會中進行疏通。
蔣夢麟的低姿態也為他迎來了開門紅和滿堂彩。大約到京的第二天下午五時許，按照計劃召集教職員幹事會，麵對友好和不太友好的教授們，蔣夢麟很識相，放低身段很謙虛地說：他到北京大學來，主要是接受蔡元培先生的委派，代蔡先生捺捺印子的，一切仍請各位主持。
這樣的低姿態，這樣的真誠與謙虛，使反對他的人都不好意思再反對了，所以大家也就沒有怎樣他，隻得在評議會上通過了聘他做教授，擔任總務長，蔡元培離開學校的時候，蔣夢麟就名正言順代理校長了。
蔣夢麟無招勝有招的治事功夫和辦事手腕為他贏得很多好處和方便，自他來了之後，北大各方麵公認的均有寧息之象。“教育部以範源廉先生一言，降心相從。一麵明文呈總統，以胡仁源調部任用，一麵訓令大學，承認蔣君代蔡校長主持校務。安福一方麵亦複中止攻擊。僅以無名小卒請願恢複工科。”
北大內外均因蔣夢麟的到來暫時消停。7月29日晚，蔣夢麟與他的杭州同鄉邵裴子及湯爾和聊天，討論大學事務。邵裴子、湯爾和對於蔣夢麟到來之後的一切舉措，均表示認同，以為一切均措置得宜。邵裴子甚至認為行有餘力，天假此緣，使蔣夢麟充分展示其才幹，揮其健腕，“不獨外得眾心，而內部亦消滅許多反側，其發揮力誠足使人起敬也。”北大同仁、浙江老鄉都在蔣夢麟的身上看到了北大的希望與未來。
7月23日上午十時，北京大學學生全體集會歡迎蔣夢麟代表蔡元培到校主持校務。蔣夢麟在這次會議上發表即席演講，係統闡述蔡元培之偉大精神，並由此勉勵學生必須求學始能救國。他說：
餘嚐論蔡先生之為人，具中國固有文化之優點，而同時受西洋文化之陶鎔。昔孔子以有溫良恭儉讓五種美德，因以洞悉各國政治。蔡先生以具此種美德，故每至一地，於當地事，人無不樂告之。蔡先生因受西洋文化之影響，極喜音樂，以其能發人至感，且能收人生各部平均發達之效果。又倡以美術代宗教。有謂其反對宗教者，誤也。不過，蔡先生於宗教之誤謬處，不肯讚同耳。又蔡先生平時待人接物，大度包容，溫厚可親，但一遇重要大事，不肯絲毫改變其主張，所謂富貴不能淫，威武不能屈。總括以上所言，蔡先生所具者有三種精神而熔合於一爐：
一、溫良恭儉讓，蔡先生具中國最好之精神；
二、重美感，具希臘最好之精神；
三、平民生活，及在他的眼中，個個都是好人，是蔡先生具希伯來最好之精神。