崇禎朝的名臣文震孟，在應黃宗羲之請為其父黃尊素所寫的墓誌銘中，分析了魏忠賢為首的閹黨為害極大的原因。他說，劉瑾、王振當權時，小人依附他們，還自認為是旁門曲徑，生怕被別人知道。而在魏忠賢的時候，小人把依附他視為康莊大道，毫不避諱，大家都看在眼裏，明了於心，隻要是正人君子，為小人所惡，就會被魏忠賢仇恨，不必這人一定要有惹怒魏忠賢本人的積怨。因此一人的仇恨終歸有限，而眾小人的共同仇恨乃是對天下所有的正人君子，因此正人君子都被清洗難以幸存。
劉、王兩大太監當權時，依附宦官打擊政敵僅僅出於個人恩怨，到了魏忠賢當權時，迫害以東林黨人為代表的正人君子，乃是有計劃有步驟的路線鬥爭。
這種路線鬥爭曆史淵源很深，從萬曆時代的國本之爭，京察之爭開始，就有黨爭的影子。官僚體係中分為浙黨、昆黨、宣黨、齊黨、楚黨、秦黨，這種以地域為門戶本是帝製時代的政治常態，不足為奇。而顧憲成、高攀龍在無錫辦東林書院，二人的道德、學問吸引了許多士人，以弘揚學術為主，兼及議論時政，影響越來越大。
東林黨人，當然是以正人君子為主，但並非全部是君子，其所對壘的派係浙黨等也並非全部是小人。但中國古代的正人君子有個毛病，《老殘遊記》中有人評論道：“清廉的人原是最令人佩服的，隻有一個脾氣不好，他總覺得天下都是小人，隻他一個人是君子。”這種以道德標準來劃分敵我的二分法本來就很荒謬，政治遠非道德評價那樣可以黑白分明。萬曆二十一年（1593年）開始的循例考察京官，是所謂“東林”和“浙黨”早期衝突最厲害的一次，原因是東林人占優勢的吏部和浙人沈一貫為大學士的內閣，圍繞人事大權產生的矛盾，卻搞到勢如水火。後來到了泰昌、天啟時，沈一貫早就罷相，顧憲成已死，這種相互對壘的局麵應該瓦解了。
但在中國古代，兩撥讀書人之間結下了梁子，是很難冰釋的，矛盾還會隨著門生故吏代代相傳。東林人認為在當年京察時，自己公正廉明，而內閣大佬企圖以權謀私。雙方相互攻擊對方結黨。
泰昌帝皇帝位子才坐了一個多月，因沉溺女色，誤服臣下所進紅丸而暴斃，皇位傳到那個木匠皇帝天啟帝。泰昌崩駕時，泰昌所寵幸的李選侍一直在身邊服侍，她不願意搬離隻有皇帝才能居住的乾清宮，希望將甫登大位的傻少年天啟帝控製起來，達到幹政目的。楊漣和一些大臣認為這個李選侍既非先帝的正宮娘娘，又非當今皇帝的生母，正值壯年，和一個十五六歲的少年皇帝住在一個宮內，禍患無窮，便讓李選侍立刻搬出乾清宮，騰出來讓新皇進駐。這是晚明有名的“移宮案”。
“移宮案”中，楊漣、左光鬥等東林人對天啟帝掃除親政障礙，順利即位有功，因此東林諸君子得到了重用。已經罷官的東林老人趙南星、高攀龍等重新啟用，而且占據要津。趙南星為吏部尚書，高攀龍為左都禦史，掌握了人事和監察大權。楊漣也擢升為左副都禦史，左光鬥為右僉都禦史，分別為都察院二把手和三把手。其他如魏大中、顧大章、夏嘉遇、周宗建等等東林君子，都是重要的部、院和科道官員，一時間，朝政基本上被東林人把持，這就是所謂短暫的“眾正盈朝”。其他不合他們法眼，被視為小人的臣僚們當然心懷不滿，而且提心吊膽。
如果真正有大政治家的氣魄，此時東林人最重要的就是實現鄒元標所提倡的“和衷”，不能簡單以道德的標準來對待眾臣，更不能以門戶之見來處理政事。但掌握銓敘大權的東林人在提拔自己陣營裏的“正人”同時，不忘打擊報複非自己陣營的“小人”，落下了結黨營私的口實。