永樂五年（1407），全書大體定稿，姚廣孝領銜進呈，朱棣閱後表示滿意，親自撰寫了《序言》，正式定名為《永樂大典》，並聘請抄書者謄抄全書。至1408年冬，《永樂大典》全書抄寫完畢。
《永樂大典》修成後，一直收藏在南京文淵閣的東閣。永樂十九年（1427），北京紫禁城建成，朱棣遷都北京，大概就在這個時期，《永樂大典》隨之運到了北京，以後長期貯藏在宮城內的文樓。而《永樂大典》原稿則存放在南京文淵閣，明代中期毀於火。
一百多年過去，嘉靖三十六年（1557）某日宮中火災，三大殿被火燒毀，火勢危及文樓。嘉靖皇帝‘好古禮文’，對《永樂大典》‘殊寶愛之’，經常有一二帙放在書幾案頭供查閱。聞聽宮中起火，嘉靖皇帝一夜之間連頒三道諭旨搶救《永樂大典》。火災之後，嘉靖皇帝萌生了將《永樂大典》再抄一部副本另外保存的念頭。
嘉靖四十一年（1562）秋，嘉靖皇帝任命徐階、高拱、張居正等人校理繕寫《永樂大典》副本。據統計，當時經過考試錄用的謄錄人員達一百餘人，嚴格按照永樂正本的冊式行款摹寫，每人每天按規定謄抄三頁。每冊錄畢，於冊後注明重錄總校官、分校官、寫書官等銜名，以示職責。全部重錄工作直到六年後的隆慶元年（1567）方告完成。正本移放到文淵閣，以後下落不明，學術界一般認為，這部正本毀於明清之際的戰火。副本一部先是存放在新落成的皇史宬，到清朝雍正年間，又移貯到天安門以南的翰林院。
《永樂大典》正本亡佚，是我國文化史上的巨大損失。然而，其厄運尚未結束。乾隆年間，為了修纂《四庫全書》，曾利用《永樂大典》輯佚古籍，當時已經發現丟失了一千餘冊。光緒元年（1875）清理《永樂大典》時，發現僅存五千餘冊。而到光緒二十年（1894），《永樂大典》更隻剩下八百餘冊。1900年，最後的厄運降臨了。八國聯軍進入北京，與東郊民巷比鄰的翰林院成為戰場，玉石俱焚，藏書四散，侵略者對《永樂大典》肆意搶掠，甚至代替磚塊，構築工事。《永樂大典》幾乎喪失殆盡，僅存的數百冊也散落世界各地。現存的《大典》祗有原書的百分之四，但保存的史料仍然非常豐富，今人編輯《全宋詞》、《全金元詞》的許多資料即來自《大典》，《大典》保存的《小孫屠》、《張協狀元》、《宦門子弟錯立身》是我們能見到的最早的南戲劇本，是研究戲曲史的重要資料。《大典》中現存宋元地方誌七百餘種，是我國最早的地方誌，也極為珍貴。 中國國家圖書館現在館藏劫餘卷帙共計161冊，估計就是他們偷過來的了。
到了他們住的地方，天，一間小屋子都擺滿了，我不敢說別的，怕太激動壞事，在一邊想如何處理。叫趙雲他們把書過秤，裝車，算錢給他們。等所有的書都拿下，一切都弄完，錢我也遞給了他們，連上先前的，一共才240塊錢。我的心放下了。看來就是這三個人幹的，分錢也隻是他們三個分的。盡管如此，還是不能在他們工地上問，在他們的地盤上，鬧起來也是麻煩.我上前笑著說：“三位大哥，你們也挺辛苦的，現在事情辦完了，小弟想請你們和我們大家一起去喝瓶啤酒，放心，肯定是我請的，怎麼樣，相遇就是緣分啊！”他們可能是錢到手了，也沒有警惕，我們一行人就到了附近的一個小吃店，大家一起喝酒，我喝飲料，我讓趙雲試探他們書的來路。
酒過三巡，他們有的嘴鬆就漏了出來。原來他們聽說這些書裏麵都有金葉子，就趁著管理上的疏漏，每天晚上幾挑子、幾挑子的運回來的。也沒有運幾天，所以也沒有人發現。但是運回來翻了個遍，裏麵都是不認識的字，根本沒有金葉子！又不甘心白送回去，就當舊書賣了。想得倆兒錢是倆兒錢。我聽明白了，叫趙雲他們把家夥拿了出來，三個人的臉色馬上變了，但是我們人多，趙雲護在我身前。我又拿出五百塊錢給他們，說：“這五百你們收著，然後立馬買票回家！這輩子別再在北京出現！你們知道你們偷的是什麼嗎？是國寶永樂大典啊！六百年下來就剩下這麼點書了，你們這次幸好是遇見我了，不然，當廢紙被毀了，你們被抓你們就是死一百次也不夠！錢我付了，看在你們也是糊塗的份上，我也仗義點，不送你們進局子。痛快回家老老實實做人！”他們一聽，臉都嚇綠了。我叫龍騰帶兩個人看著他們，送他們上火車。我帶著趙雲和車一起回分點，把那裏的也一起裝車，然後，開車直衝北京市政府！