2.接合孢子
接合孢子是由菌絲生出的2個同形或形狀上略有不同的配子囊接合而成。這是接合菌綱的特有孢子。
同一菌絲體上的兩菌絲相接觸而形成接合孢子，稱為同宗配合；來自不同菌絲的原生質形成接合孢子，稱為異宗配合。
3.子囊孢子
子囊孢子是子囊菌綱的主要特征，子囊孢子產生於子囊中。先是同一菌絲或相鄰的兩菌絲上的兩個大小和形狀不同的性細胞互相接觸並互相纏繞，受精後生出子囊絲，多個子囊外麵被菌絲包圍形成了子囊果，子囊孢子成熟後即被釋放出來。子囊孢子的形狀、大小、顏色、紋飾等差別很大，多用來作為子囊菌的分類依據。典型的子囊中形成8個子囊孢子，也有4個或2個的。
4．擔孢子
擔孢子是擔子菌屬產生的有性孢子。在擔子菌中，兩性器官多退化，以菌絲結合的方式產生雙核菌絲，雙核菌絲的頂端細胞膨大為擔子，擔子內2個不同性別的核配合後形成1個二倍體的細胞核，經減數分裂後形成4個單倍體的核，同時在擔子的頂端長出4個小梗，小梗頂端稍微膨大，最後4個核分別進入了小梗的膨大部位，形成4個外生的單倍體的擔孢子。
四、食品中常見的黴菌
（一）毛黴屬
毛黴形狀呈毛狀，菌絲一般呈白色，菌絲為不具隔膜的單細胞。不產生假根，多核，有分枝，以孢囊孢子和接合孢子繁殖。
毛黴的澱粉酶的活力很強，可把澱粉轉化為糖，在釀酒工業上多用作澱粉質原料釀酒的糖化菌。毛黴還能產生蛋白酶，因而有分解大豆的能力。我國在製作豆腐乳、豆豉時即利用毛黴分解蛋白質產生鮮味。毛黴還可用於酒精和有機酸生產中的糖化和發酵過程。不過，它也會引起果蔬、乳製品、肉類等食品的腐敗變質，如魯氏毛黴。
（二）根黴屬
根黴屬菌絲為無橫膈的單細胞，有分枝，菌絲伸入培養基內的部分長成分枝的假根，吸收營養。靠近培養基表麵橫向匍匐生長而連接假根的菌絲稱為匍匐菌絲。由假根處著生叢生菌絲，同時有分枝的孢子囊梗，孢子囊梗頂端膨大形成圓形的孢子囊，內生孢子囊孢子。根黴在自然界分布很廣，空氣、土壤以及各種器皿表麵都有存在，並常出現於澱粉質食品上，引起饅頭、麵包、甘薯等發黴變質，或造成水果蔬菜腐爛。
根黴能產生大量的澱粉酶，將澱粉轉化為糖，是釀酒工業中常用的糖化菌。根菌也用於發酵飼料的生產。
（三）曲黴屬
曲黴屬菌絲為有橫膈的多細胞，營養菌絲多匍匐生長於培養基的表層，無假根，附著在培養基的匍匐菌絲分化出具有厚壁的足細胞，在足細胞上生出直立的
分生孢子梗，頂端膨大形成頂囊，頂囊的表麵以輻射狀生長一層或兩層小梗，稱為初生小梗和次生小梗。在小梗上生有一串串的分生孢子，不同菌種的孢子具有不同的形狀、顏色和紋飾。
曲黴是發酵工業和食品加工業的重要菌種，已被利用的近60種。應用較多的曲黴有宇佐美曲黴、黃曲黴、米曲黴和黑曲黴等。這些曲黴在中國的傳統食品豆醬、醬油、白酒、黃酒生產中起著重要的作用。現代工業利用曲黴生產各種酶製劑（澱粉酶、蛋白酶、果膠酶等）、有機酸（檸檬酸、葡萄糖酸、五倍子酸等），農業上用作糖化飼料菌種。有些菌能產生較強的酸性蛋白酶，可用來分解蛋白質或用作食品消化劑。如黑曲黴所產生的果膠酶常用於果汁澄清，柚苷酶和陳皮苷酶用於柑橘類罐頭去苦味或防止產生白色沉澱，葡萄糖氧化酶則用於食品的脫糖和除氧。
但生長在花生和大米上的曲黴，有的能產生對人體有害的毒素。曲黴毒素是曲黴在其所汙染的食品中產生的有毒代謝產物，其中最危險的是黃曲黴毒素B1，這種毒素主要和肝癌、腎腫瘤和結腸癌有關。實驗證明，黃曲黴毒素引起肝癌的能力比致癌物二甲基亞硝胺強數十倍。黃曲黴毒素主要汙染糧油及其製品，糧食、花生被汙染的機會較多，如花生米、花生油、花生醬等，其次是大米和玉米；也有人發現，杏仁、胡桃等幹果也容易遭到汙染。我國中原地區是玉米、花生的主產區，這些地區也是肝癌的高發區。
(四)青黴屬
青黴屬是產生青黴素的重要菌種。菌絲為有橫膈的多細胞，但無足細胞，無頂囊。營養菌絲深入培養基中，並生出直立的氣生菌絲，經多次分枝，產生幾輪對稱或不對稱的小梗，形如掃帚，稱為掃帚體。青黴廣泛分布於空氣、土壤和各種物品上，常生長在腐爛的柑橘皮上,呈青綠色,目前已發現幾百種。有些青黴菌能分泌酯酶、苦杏仁酶等多種酶類，大多數酶對食品工業有利，因而廣泛用於酶製劑生產中。還有些青黴菌可用於生產抗生素，如產黃青黴、青點黴用於發酵生產青黴素，同時菌絲還可以作家畜、家禽的代飼料。
青黴的孢子耐熱性較強，菌體繁殖溫度較低，因而在製麥芽、米曲、醬油曲等時，常常被它汙染。青黴是製曲上常見的雜菌，對製曲危害相當大。青黴常生長於麵包、糕點、幹酪表麵，使食品變質，是某些工業和生活中的有害菌。
(五)紅曲黴屬