一、斜麵低溫保藏法
斜麵低溫保藏法是利用低溫抑製微生物的生長繁殖，從而延長保藏時間，一般適用於細菌、放線菌、酵母菌及黴菌的保藏。
操作方法：將菌種接種在適宜的斜麵培養基上，在適宜的溫度下培養，使其充分生長。如果是能形成芽孢或孢子等休眠體的菌種，待形成芽孢或孢子等體眠體後再置於4～5℃冰箱中進行保藏。
不同種類的微生物有不同的保藏期，到期後需轉接至新的斜麵培養基上，經適當培養後，再進行保藏。
此法優點是操作簡單，不需要特殊設備。缺點是保藏時間短，菌種經反複轉接後，遺傳性狀易發生變異，生理活性減退。
二、半固體穿刺保藏法
半固體穿刺保藏法是利用低溫抑製微生物的生長繁殖，從而延長保藏時間，一般適用於兼性厭氧細菌或酵母菌的保藏。
用穿刺接種法將菌種接入半固體深層培養基中央部分，注意不要穿透底部。在適宜的溫度下培養，使其充分生長。將培養好的菌種置於4～5℃冰箱中保藏。一般在保藏半年或1年後，需轉接到新的半固體深層培養基中，經培養後再進行保藏。
三、液體石蠟保藏法
液體石蠟主要起隔絕空氣作用，故此法是利用缺氧及低溫雙重抑製微生物生長，從而延長保藏時間。一般適用於真菌和放線菌的保藏。
1.無菌液體石蠟製備
將液體石蠟置於100mL的三角瓶內，每瓶裝10mL，塞上棉塞，外包牛皮紙，高壓蒸汽滅菌（0.1MPa 30min）。滅菌後將裝有液體石蠟的三角瓶置於105～110℃的烘箱內約1h，以除去液體石蠟中的水分。
2.接種、培養及保藏
將菌種接種在適宜的斜麵培養基上，在適宜溫度下培養，使其充分生長，用無菌吸管吸取無菌液體石蠟注入已長好菌的斜麵上，液體石蠟的用量以高出斜麵頂端1cm為準，使菌種與空氣隔絕，直立於4～5℃冰箱中或室溫下保藏，保藏期為1～2年。到保藏期後，將菌種轉接至新的斜麵培養基上，培養後加入適量滅菌液體石蠟，再行保藏。
四、甘油保藏法
此法是利用甘油作為保護劑，甘油透入細胞後，能強烈降低細胞的脫水作用，同時在低溫條件下，可降低細胞代謝水平，達到延長保藏時間的目的，這種方法常用於細菌保藏。
1.無菌甘油製備
將甘油置於100mL的三角瓶內，每瓶裝10mL，塞上棉塞，外包牛皮紙，高壓蒸汽滅菌（0.1MPa 20min）
2.接種、培養及保藏
挑取一環菌種接入LB液體培養基試管中，37℃振蕩培養至充分生長。用吸管取0.85mL培養液，置入一支帶有螺口蓋和空氣密封圈的試管中或一支1.5mL的Eppendorf管中，再加入0.15mL無菌甘油，封口，振蕩混勻，然後將其置於乙醇-幹冰或液氮中速凍。最後將已冰凍含甘油的培養物置-20～-70℃保藏，保藏期為半年至1年。
到期後，用接種環從凍結的表麵刮取培養物，接種到LB斜麵上，37℃培養48h。然後用接種環從斜麵上挑取一環長好的培養物，置於裝有2mL LB培養液的試管中，再加入2mL含30％無菌甘油的LB液體培養基，振蕩混勻，最後分裝於帶有螺口蓋和密封圈的無菌試管中或1.5mL的Eppendorf管中，按上述方法速凍保藏。
五、沙土保藏法
沙土保藏法利用幹燥、缺氧、缺乏營養、低溫等因素綜合抑製微生物生長繁殖，從而延長保藏時間。
1.無菌沙土管製備
取河沙若幹，用40目篩子過篩，除去大的顆粒。再用10％HCl溶液浸泡2～4h除去有機雜質，倒出鹽酸，用自來水衝洗至中性、烘幹。另取非耕作層瘦黃土若幹，磨細，用100目篩子過篩。取1份製備的土加4份沙混合均勻，裝入小試管中（如血清管大小），裝量約1cm高即可，塞上棉塞，0.1MPa滅菌1h，每天一次，連滅3d。
2.製備菌懸液
吸取3～5mL無菌水至1支已培養好的菌種斜麵中，用接種環輕輕攪拌培養物，製成菌懸液。
3.加樣及幹燥
用無菌吸管吸取菌懸液，在每支沙土管中滴加4～5滴菌懸液，塞上棉塞，振蕩混勻。將已滴加菌懸液的沙土管置於預先放有五氧化二磷或無水氯化鈣的幹燥器內。當五氧化二磷或無水氯化鈣因吸水變成糊狀時就進行更換。如此數次，沙土管即可幹燥。也可用真空泵連續抽氣約3h，即可達到幹燥效果。
4.抽樣檢查
從抽幹的沙土管中，每10支抽取1支進行檢查。用接種環取少許沙土，接種到適合於所保藏菌種生長的斜麵上，進行培養，觀察所保藏菌種的生長及其生長情況。
5.保藏
檢查合格後，可采用以下方法進行保藏：
（1）沙土管繼續放入幹燥器中，置於室溫或冰箱中。
（2）將沙土管帶塞一端浸入熔化的石蠟中，密封管口。
（3）在煤氣燈上，將沙土管的棉塞下端的玻璃燒熔，封住管口，再置4℃冰箱中保藏。此法可保藏1年到數年。
六、冷凍真空幹燥保藏法
該方法首先將待保藏菌種懸浮於保護劑中，以減少因冷凍和水分不斷升華對微生物細胞的損害，繼而在低溫下使微生物細胞快速冷凍，然後在真空條件下使冰升華，以除去水分。由於集中了多種有利用保藏的條件，因此該方法是目前最有效的菌種保藏方法之一，廣泛適用於細菌（有芽孢或無芽孢的）、放線菌、酵母菌、產孢子黴菌及病毒。其保藏期可達一年至十幾年，且存活率高、變異率低，不足之處是所需設備昂貴，操作複雜。