農業部農產品質量安全中心貫徹執行國家關於農產品質量安全認證認可及合格評定方麵的法律、法規和規章製度；發布認證標誌和認證產品目錄；受理分中心認證審查報告，並向認證合格者頒發認證證書；辦理無公害農產品標誌的使用手續，負責無公害農產品標誌使用的監督管理；接受無公害農產品產地認定結果備案；對無公害農產品標誌的印製單位進行委托和管理；開展無公害農產品質量安全認證的國際交流和合作；負責農業部農產品認證管理委員會的日常工作。
產地認證和無公害食品認證參考《無公害農產品管理辦法》第三章和第四章。
獲得無公害農產品認證證書的單位或者個人，可以在證書規定的產品、包裝、標簽、廣告、說明書上使用無公害農產品標誌。無公害農產品認證證書有效期為3年。期滿需要繼續使用的，應當在有效期滿90日前按照本辦法規定的無公害農產品認證程序，重新辦理。
農業部、國家質量監督檢驗檢疫總局、國家認證認可監督管理委員會和國務院有關部門根據職責分工依法組織對無公害農產品的生產、銷售和無公害農產品標誌使用等活動進行監督管理。
如若發現無公害農產品產地被汙染或者產地環境達不到標準要求，無公害農產品產地使用的農業投入品不符合無公害農產品相關標準要求，擅自擴大無公害農產品產地範圍，則由省級農業行政主管部門予以警告，並責令限期改正。逾期未改正的，撤銷其無公害農產品產地認定證書。
從事無公害農產品管理的工作人員濫用職權、徇私舞弊、玩忽職守的，由所在單位或者所在單位的上級行政主管部門給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
二、綠色食品認證與管理
1.綠色食品的特點
綠色食品是指遵循可持續發展原則，按照特定生產方式生產，經專門機構認證，許可使用綠色食品標識的無汙染的安全、優質、營養類食品。
綠色食品有三個顯著特征，因而食用起來更安全：一是綠色食品強調產品出自最佳生態環境。綠色食品生產從原料產地的生態環境入手，通過對原料產地及其周圍的生態環境因子嚴格監測，判定其是否具備生產綠色食品的基礎條件。二是綠色食品必須對產品實行全程質量控製。綠色食品生產實施從土地到餐桌全程質量控製。通過生產前環節的環境監測和原料檢測，生產中環節具體生產、加工操作規程的落實，以及生產後環節產品質量、衛生指標、包裝、保鮮、運輸、儲藏、銷售控製，確保綠色食品的整體產品質量，並提高整個生產過程的技術含量。三是綠色食品對產品依法實行標識管理。綠色食品標識是一個質量證明商標，屬知識產權範疇，受《中華人民共和國商標法》保護。
2.綠色食品的標準與要求
綠色食品標準分為兩個技術等級，即A級綠色食品標準和AA級綠色食品標準。
A級綠色食品標準要求：生產地的環境質量符合《綠色食品產地環境質量標準》，生產過程中嚴格按綠色食品生產資料使用準則和生產操作規程要求，限量使用限定的化學合成生產資料，並積極采用生物學技術和物理方法，保證產品質量符合綠色食品產品標準要求。
AA級綠色食品標準要求：生產地的環境質量符合《綠色食品產地環境質量標準》，生產過程中不使用化學合成的農藥、肥料、食品添加劑、飼料添加劑、獸藥及有害於環境和人體健康的生產資料，而是通過使用有機肥、種植綠肥、作物輪作、生物或物理方法等技術，培肥土壤，控製病蟲草害，保護或提高產品品質，從而保證產品質量符合綠色食品產品標準要求。
3.綠色食品的認證與管理
1993年1月11日由農業部頒布了《綠色食品標誌管理辦法》，凡具有綠色食品生產條件的單位和個人均可作為綠色食品標誌使用權的申請人。
（1）申請人填寫《綠色食品標誌使用申請書》、《企業及生產情況調查表》以及下列相關材料：
①保證執行綠色食品標準和規範的聲明。
②生產操作規程（種植規程、養殖規程、加工規程）。
③公司對“基地+農戶”的質量控製體係（包括合同、基地圖、基地和農戶清單、管理製度）。
④產品執行標準。
⑤產品注冊商標文本（複印件）。
⑥企業營業執照（複印件）。
⑦企業質量管理手冊。
⑧要求提供的其他材料。
（2）綠色食品管理部門委托通過省級以上計量認證的環境保護監測機構，對該項產品或產品原料的產地進行環境評價。
（3）綠色食品管理部門對申請材料進行初審，並將初審合格的材料報中國綠色食品發展中心。
（4）中國綠色食品發展中心會同權威的環境保護機構，對所報材料進行審核。合格的由中國綠色食品發展中心指定的食品監測機構對其申報產品進行抽樣，並依據綠色食品質量和衛生標準進行檢測；對不合格的，當年不再受理其申請。
（5）中國綠色食品發展中心對質量和衛生檢測合格的產品進行綜合審查（含實地核查），並與符合條件的申請人簽訂“綠色食品標誌使用協議”；由農業部頒發綠色食品標誌使用證書及編號；報國家工商行政管理局商標局備案，同時公告於眾。對衛生檢測不合格的產品，當年不再受理其申請。
綠色食品標誌的單位和個人，在有效的使用期限內，應接受中國綠色食品發展中心指定的環保、食品監測部門對其使用標誌的產品及生態環境進行抽查，抽檢不合格的，撤銷標誌使用權，在本使用期限內，不再受理其申請。
綠色食品標誌使用權自批準之日起3年有效。要求繼續使用綠色食品標誌的，須在有效期滿前90d內重新申報，未重新申報的，視為自動放棄其使用權。
三、有機食品及認證管理
1.有機食品的特點
有機食品（Organic food）也叫生態或生物食品等。有機食品是目前國標上對無汙染天然食品比較統一的提法。有機食品通常來自於有機農業生產體係，是一種完全不用或基本不用人工合成的化肥、農藥、生長調節劑和牲畜飼料添加劑的生產體係。有機農業在可行範圍內盡量依靠作物輪作、秸稈、牲畜糞肥、豆科作物、綠肥、場外有機廢料、含有礦物養分的礦石補償養分，利用生物和人工技術防治病蟲草害。有機農產品則是指根據有機農業和有機農產品生產、加工標準而生產出來的經過有機農產品頒證組織頒發給證書的一切農產品。