從萬曆二十年（1592年）萬曆朝鮮戰爭爆發開始，沈有容在家照料老母，整整三年都沒有出門，盡了孝道也當了看客，眼見著前方打得歡，自己卻插不上手。這時候的明朝在第一次抗倭援朝中擊敗了日軍。接著雙方開始了“和談”。所謂的和談，隻不過是豐臣秀吉為了準備戰爭而使的緩兵之計。談判談了三年，啥都沒談成。等豐臣秀吉準備就緒了，立刻撕破臉：不談了，接著打！
而沈有容的機會，也就因為這次“接著打”來了。
這時候的福建巡撫是金學曾，這是一個很有眼光的人。早在豐臣秀吉第一次侵朝時，他就認定豐臣秀吉狼子野心，竭力反對和談。不但有眼光，這個人也很“瘋”，他提出了一個瘋狂的戰略。以至於後來許多人認定，如果照他說的辦，當時的日本很可能就亡國了。
他提出的戰略是：集中所有的水師，發動對日本的進攻，直接攻打日本本土，滅亡日本！
如果以當時兩國的水師實力而論，明朝確實遠遠強於日本。這時候的明朝和葡萄牙等西方殖民者打了多年交道，海軍裝備早就鳥槍換炮了，無論是艦船噸位，還是火炮火力，都要遠遠壓過日本。但是渡海遠征不是小事。明朝上下都記著當年元朝征討日本失敗的前車之鑒。當年的元朝，各方麵力量都遠遠壓過日本，可兩場台風刮過，就把元帝國的無敵艦隊刮沒了。
金學曾提的這個計劃，得到了萬曆皇帝的批準。以後來的兵部資料看，那時候的明朝，主要在兩個區域集結了海軍，一個是天津、山東沿海，一個就是福建沿海。負責福建防務的總兵，是當時的另一個名將童元稹。但這種大規模的跨海遠征需要專項人才。當時的海戰已經以火器為主了，尤其需要善於使用火器作戰的將才。作為這方麵的專項人才，在家照料老母的沈有容終於盼到了機會。萬曆二十五年（1597年），沈有容被任命為福建海壇把總。這是一個負責海壇水師訓練的要職，算是當地水師的“總教官”。雖然在家閑了多年，但沈有容還是老脾氣。上班第一天，眼看著身邊將領庸碌無能，他二話不說就要辭職。金學曾好話說了一籮筐，直到答應沈有容全權處理水師操練事宜，這才讓沈有容肝火平息。之後的幾個月裏，沈有容在福建訓練水師、更新裝備，把這支海軍打造成了福建水師的精銳，就等著朝廷一聲令下，殺向日本去。
等了幾個月，一直等到萬曆二十六年（1598年）的春節都過了，卻一直沒有接到指令。又等了幾個月，望眼欲穿的沈有容總算等來了指令：別忙活了，日本鬼子投降了。
原來，豐臣秀吉因為朝鮮戰局不利，急火攻心外帶年邁，一蹬腿就咽了氣。而日本侵朝的二十萬大軍，除了少部分退回日本本土外，大部隊都在朝鮮被殲滅了。消息傳來，金學曾還是很“瘋”，他上奏說可以趁此機會直搗黃龍，徹底平滅日本。他還是想跨海東征，但萬曆不幹了。因為這時候的明朝，在西南有播州土司楊應龍叛亂，西北有韃靼順義王扯立克叛亂，實在分不出精力兼顧朝鮮。沈有容辛苦一年多，算是空忙一場，但他的好運也來了。早年在薊鎮，碰上了膽小的楊四畏；後來在遼東，碰上了愛給人穿小鞋的李成梁；如今在福建，總算遇到了一個賞識自己的好領導金學曾。就這樣沈有容紮根福建了。事實證明，金學曾對沈有容，那真不是一般的好，先讓他在廈門負責水師，後來又調到泉州等地，哪裏有倭寇就把他往哪兒派。這時候的東南，雖然大規模的倭寇侵擾絕跡了，但也時常有小規模的倭寇流竄作案。對這幫人，沈有容的態度十分明確：殺。基本是走一路殺一路，碰上倭寇就不留活的，不趕盡殺絕不算完。最瘋狂的一次，他在泉州碰上了倭寇，一路追殺，一直追到兄弟部隊把守的廣東境內，把幾十個鬼子全殺光了，這才提著鬼子頭大搖大擺地回來。這下可闖了禍。廣東的將領自然不爽：這不是欺負到我家門口來了嗎？告狀！接著就有人誣告沈有容殺良冒功。這是萬曆二十八年（1600年）的事。組織上派了調查組，查了好幾個月才還沈有容清白。本來金學曾是想提拔沈有容的，這樣一來全耽誤了。
升不升官沈有容是不在乎的，讓他打仗就好。這一年十二月金學曾調任，繼任的福建巡撫朱運昌也很器重沈有容。這個朱運昌不像金學曾那麼瘋，他主張增修沿海衛所，加強防禦。沈有容受命修繕廈門重鎮石湖水寨。最終，沈有容隻用了一年時間，沒花上級一分錢，就憑著往年殺敵得的獎勵，外加賣掉舊水寨材料的錢，就把新水寨修成了。修得好不如修得巧，石湖水寨剛落成，一支倭寇艦隊就撞進來了。這次不是普通的海匪流寇，而是日本的正規軍：德川幕府的政府軍。
按照日本有關史料的記載，當時的德川家康，在征服了琉球群島之後，就動了征服台灣的念頭。萬曆三十年（1602年）十一月，德川家康經過精心準備，派出了由七艘戰船組成的遠征艦隊。之所以才用了七艘，一是覺得台灣主要是老百姓，比較容易對付；二是這場戰鬥是以偷襲為主，艦隊太大容易暴露目標。關於這支水軍的頭領，日本史料的說法大都含糊其辭，不過從最後的戰果看，大概是不好意思說。讓他們“不好意思”的人，就是沈有容。