事實上沈有容確實是這股倭寇的“黴頭”。本來他們是要偷襲台灣，誰想路上遇到了風暴，竟然給吹到了廈門沿海，還偏偏就是石湖水寨對麵，接著就被沈有容一頓猛打，還好跑得快，很快就溜了。但這撥鬼子也確實不知好歹，竟然還想在中國沿海“撈一票”。之後幾天，他們繞過沈有容的防區，在福建沿海大肆擄掠，搶完了又調轉船頭在台南登陸，在台灣安平建立了據點。到了這時候，他們倒還沒忘了德川家康的任務：占領台灣。
這次倭寇入侵，是嘉靖晚期倭寇被平滅後，四十多年來福建遭到的最大一次倭寇劫掠。新官上任的朱運昌氣憤不已：剛當巡撫就碰上這事，不報仇臉往哪兒擱。沈有容心裏也憋著火，打了這麼多年倭寇，這次竟讓倭寇從自己眼皮底下跑了。
領導很氣憤，將軍很憋氣，後麵就該辦事了。朱運昌隨即密令沈有容：跨海東征，把這股倭寇幹掉。話容易說，事可不容易做。在沈有容之前，明朝政府軍所有的水師將領，也隻有俞大猷曾有一次渡海東征台灣的壯舉。就那一次，還因為不熟悉水道，到了基隆就跑回來了。而這一次倭寇的流竄路線，和當年的林道乾一模一樣，就是駐紮在水道縱橫的台南。也許是認定了明軍不敢來，這撥倭寇在台灣異常囂張，四處奸淫擄掠不說，還向路過台灣的各國船隻強征稅費，理由是你過了我的地盤就要交錢。此時的福建已經是外貿大省，海上貿易是重要稅收。不解決掉這股倭寇，福建的經濟要受嚴重影響。要解決他們，就要渡海。誰去？
沈有容去！從來不曾遠洋作戰、陸軍出身的沈有容，這次要率領一支海軍跨海東征、消滅倭寇。因為台灣是中國的領土，任何膽敢侵犯中國領土的強盜，都要付出血的代價！
但這次東征一開始就不順。沈有容是個持重的人，不打無準備之仗，一下子動用了二十四艘戰船。偵查工作也做得細致，他派了士兵化妝成漁民反複偵查，鎖定了倭寇所在的位置，接著下令：十二月二十一日大軍出發。沒想到艦隊剛過澎湖就遇到風暴，二十四艘戰船隻剩下十四艘。更要命的是，關於日本人有“神風”佑護的說法又開始在明軍中流傳。關鍵時刻沈有容當機立斷：二十四艘戰船的仗我能打，十四艘的仗我也能打。他擲地有聲地說：“就是剩下一艘船，也要給我開到台灣去，誰敢說撤退，我的刀不答應！”
曆史將永遠記住這一天：1603年1月19日，沈有容率領的十四艘經過風暴考驗的戰船橫渡台灣海峽，在台南安平海域與日本“遠征軍”決戰。這是整個中國兩千年封建曆史上，中國軍隊第一次跨過台灣海峽，履行他們神聖的使命：保衛祖國神聖的國土——台灣。
日子很神聖，過程卻很簡單。這些年沈有容在福建別的沒幹，幹得最多的就是訓練海軍和改造火炮。訓練有素的中國海軍，輕鬆地給日本鬼子上了一場海軍戰術訓練課，三兩下就把倭寇打得落花流水。按照史料上的記載，這場戰鬥中國海軍“殊死向前，以一當百，敵大敗”。值得一提的是，在敗局已定的情況下，日本海軍紛紛把劫掠的財寶扔向明軍，意圖誘使明軍爭搶，自己好趕快脫身。但明軍早就經過沈有容嚴格的訓練，在金銀財寶麵前眼皮都不眨，照打不誤！結果，七艘日本戰船一艘沒跑，統統被中國海軍打沉到海裏喂王八。這場戰鬥的日軍傷亡，史料上說是“明軍斬首十五人”。其實這是明軍斬獲的日本人頭的數目，因為整個日本艦隊全沉到海裏，撈人頭實在太困難。日本真實的傷亡數字無法計算，但全軍覆沒的事實不容置疑。
這場戰鬥結束之後，出現了一段被曆代史家記錄的感人的一幕：台灣少數民族扶老攜幼，簞食壺漿，迎接大明海軍的到來。一直在台南率領鄉親們殊死抗擊倭寇的台南少數民族領袖大彌勒，率領部眾們犒勞明朝大軍。他流著淚說：“今終見王師，死無憾也！”是的，關於這一天，飽經磨難的台灣百姓等得太久了。
就在沈有容凱旋的時候，他才知道一個噩耗：一直賞識重用他的福建巡撫朱運昌過世了。跨海東征的日子裏，朱運昌一直牽掛著前線戰事。當時風暴大起，前方戰事不明，朱運昌焦慮不已，身染急症，臨終之時依然對台灣戰事念念不忘。朱運昌的過世對沈有容是個沉重打擊。他原本就是個隻知埋頭苦幹卻不會處事的人，好不容易能遇到一個賞識自己的領導，但命運給他開了這麼一個玩笑。朱運昌過世後的那些天，沈有容多次痛哭失聲，甚至哭至昏厥。這位沙場上血染戰袍卻不流淚的鐵漢也動了真情。
好在接替沈有容擔任福建巡撫的徐學聚也深知沈有容有才幹。朱運昌過世後，沈有容一度心灰意冷，想回家侍奉老母。徐學聚知道後再三挽留，誠懇攀談，終感動了沈有容。而這件事情，卻成了後來他一生難以釋懷的恨事。沈有容在福建又鎮守了兩年，本來有機會請假回鄉探母，卻又趕上荷蘭侵犯澎湖。沈有容以重兵禦敵，怒斥荷蘭入侵，逼退荷蘭艦隊。緊接著他官升浙江參將。雖然福建巡撫徐學聚一再挽留，但沈有容去意已決：他已經整整十一年沒有見過母親了，他真的想借機會回家探母。可還沒動身，喪訊就傳來了：沈有容的老母病逝。為抵禦外敵入侵而嘔心瀝血的沈有容最終沒能見到母親的最後一麵。
沈有容化悲痛為力量，把全部精力投入到打倭寇上，隻要是從他防區過的倭寇，基本別想活。萬曆四十五年（1617年），日本再度侵擾台灣、澎湖、金門等地。在時任福建巡撫的黃承玄百般邀請之下，沈有容回到了福建，擔任水標參軍，第二年就打了個漂亮仗，將企圖進犯台灣的倭寇明示有道部三艘戰船全部捕獲，且自己的部隊不傷一人。這場酣暢淋漓的大勝後，福建百姓在莒江立碑紀念。晚年的沈有容在天啟年間還曾調任北方，擔任山東副總兵，期間做的另一個重要的事，就是幫助家貧的戚繼光一家，刊刻了戚繼光的文集。兩位同樣因抗倭而名揚四海的軍人，在早年薊鎮短暫的“人生交集”後，卻用這種方式聯係到一起。天啟四年（1624年），六十七歲的沈有容在山東任上退休，三年後去世。他的八個兒子中，有三個後來犧牲在明末抗擊清軍入侵的戰場上，可謂滿門忠烈。