然而甫一交手，劉國軒就發現自己錯了，施琅的炮船比他小不假，但卻排成了一種奇怪的陣型衝向他，還沒等他反應過來，就發現施琅水師以五艘為一對，已經把他們鳥船編隊團團包圍了，四麵全是呼嘯的炮彈，笨重的巨型鳥船，一下子被籠罩在火網中了。沒過多久，一艘艘鳥船被擊沉。澎湖水師，完了。
劉國軒的果斷出擊，成了整個戰局的轉折點。明鄭水師的官兵們，簡直不敢相信自己的眼睛：清軍的陣型，好比一張網，他們引以為自豪的巨型戰船，在密集的火網中一艘艘沉沒。澎湖守將邱輝、曾瑞、王德、吳福、王受的戰船相繼被擊沉。逆境之下，劉國軒發動了最後一擊，以噴筒火箭向清軍反撲，焚毀清軍戰船多艘，清軍也傷亡慘重，總兵朱天貴戰死，施琅的愛將藍理受重傷，肚皮被射破。此時，施琅押上了所有的預備隊，外圍待命的八十艘戰船全數投入戰鬥，他親自帶領旗艦向劉國軒衝鋒，力不能支的劉國軒終於崩潰了：他的旗艦被擊沉，他本人乘小船離開；他的艦隊全線潰敗，戰船或毀或沉……
倉皇離開的劉國軒，在登上小船的一刻，或許會想起來：施琅這套奇怪的戰法，正是著名的“五點梅花陣”，那是明鄭水師抗擊外敵，收複台灣的時候曾經用過的，那時候，那個人，經常用。
堪稱中國古代史最大規模海島攻防戰的澎湖海戰，至清晨終於見出了分曉：清軍擊沉俘虜明鄭水師大小戰船二百艘，殲敵一萬兩千人。劉國軒僅帶二十六艘戰船敗退台灣島。這是一場讓明鄭水師輸光了所有家底的戰役：那支曾經嘯傲東亞的明鄭水師，主力已在此戰中損失殆盡。鄭氏家族在台灣島二十一年的統治，至此也大勢已去。勝利，隻是一個時間問題。
澎湖慘敗之後，明鄭政權上下都很驚慌。最驚慌的當屬鄭克爽，施琅的父親就是鄭成功殺的，此時“爺債孫還”，似乎是天經地義的。台灣島上也流言滿天飛，說施琅這次來就是複仇的，要殺光鄭家所有子孫來陪葬。劉國軒也很驚慌：當年殺施琅父兄的事情，就是他執行的。眼見大勢已去，又該何去何從？
所以在澎湖戰役之後，明鄭政權就忙著開會，一幹人等嘰嘰喳喳，卻連個像樣的主意都拿不出來，主流的意見就是跑，至於往哪裏跑，有說去南下菲律賓的，馮錫範甚至還想過北上日本。還沒商量出個醜寅來，又傳來消息，台灣寧靖王自殺了。這個寧靖王，就是當年跟隨鄭經來到台灣的明朝宗室朱術桂，一直被視為明鄭政權對外的一塊“招牌”。大勢已去，“招牌”也沒了。
當時的台灣島，可謂人心惶惶，什麼流言都有，家家戶戶忙著逃難。許多有錢人二話不說，卷起東西乘船南逃東南亞。就在這時，澎湖之戰中的敗兵，也陸續跑回台灣島了，缺胳膊斷腿的，陸續在東寧街頭出現。正當大家人心惶惶時，逃兵們的話，卻讓許多人不慌了：我們都是清軍放回來的。
他們確實是清軍放回來的，澎湖之戰，施琅累積俘虜近萬人，對這些士兵，施琅的態度是“去留尊便”，有願意留下的自然好，願意回台灣和家人團聚的，還發放路費。施琅優待俘虜的事情很快在台灣島傳開了：對俘虜都這麼優待，何況台灣？
在得知消息的明鄭政權中，投降的建議很快占了主流。但是有一個疙瘩卻始終不解：施琅是和鄭家有仇的，他要報仇怎麼辦？
施琅來解疙瘩了：其實清朝平定台灣的整體方略，在戰前就定下來了，就是“寓撫於剿”，即在戰場取得壓倒優勢的情況下，采取招撫手段，力爭和平解決問題。在攻克澎湖列島後，施琅並沒有急於進兵，相反則在澎湖休整，不斷向明鄭政權發出和平信號。和平解決的突破口，還是放在了剛剛交過手的劉國軒身上。他從台灣俘虜中找到了劉國軒的親兵，托他給劉國軒捎話，表示不會與劉國軒為仇，如果劉國軒能促成明鄭歸降，他甚至願意和劉國軒結成兒女親家。為了表示誠意，施琅“折箭為誓”，對於軍人來說，這好比是發了毒誓。
施琅的誠意，最終打動了劉國軒，在明鄭政權內部，他開始極力主張歸順。他的意見在明鄭集團中尤其重要，畢竟現在台灣最後一支軍力還在他的手中，他都要降，別人還有什麼辦法。
一向喜歡弄權的馮錫範也沒了主意。在劉國軒的堅持下，明鄭政權向施琅提出了條件，即清軍入台，必須尊重“三不傷”原則，即不傷百姓，不傷官民，不傷宗室。施琅全部答應。這時候的台灣島上，已是“民心既散，誰肯死守”。歸順，已經水到渠成。
七月十五日，台灣延平郡王鄭克爽上降表，正式宣布投降。七月二十五日，康熙皇帝下赦諭，接受鄭克爽投降。八月十三日，施琅率一萬水師，從鹿耳門進入台灣受降。明鄭政權全體官員前來迎接，施琅當場宣布安民告示，禁止官兵劫掠百姓，一路紀律嚴明，於台灣百姓秋毫無犯。之後施琅巡視台灣南北，安定地方。十一月二十二日，清軍班師回朝，將鄭克爽並台灣官員一幹人等護送至北京。收複台灣的大業，至此徹底完成。
台灣的收複，意味著這場綿延數代人的戰爭，最終落下了帷幕，中國東南沿海，從此迎來了真正意義的和平。在這場戰爭中最終殊途同歸，做出選擇的人，也迎來了他們不同的結局。
進京覲見過康熙帝後，鄭克爽等一幹台灣降官們，得到了清王朝妥善安置，鄭克爽受封海澄公，從此世居北京。劉國軒和馮錫範受封伯爵。馮錫範的事跡不再見諸史料，這個弄權弄了一輩子的小人，應該徹底老實了。而職業軍人劉國軒，一度曾擔任過天津總兵，在任上清正廉潔、與民休息，尤其是他在天津推廣水稻種植，惠民頗多，也深受康熙賞識，之後康熙曾多次賞賜他財物宅邸，過世時受封太子太保。在明鄭政權諸多降將中，他應是最受信用的一個。其餘如林興珠等部將，也各有任用。當年鄭成功收複台灣時建立奇功的“藤牌軍”，在台灣收複兩年後更被調往黑龍江，參加了清軍兩次收複雅克薩的戰鬥，繼續屢建戰功。
在台灣平定初期的康熙二十二年（1683年）年底，清政府“棄台論”一度甚囂塵上，即將台灣的全島人口盡數遷回大陸，隻留一空空荒島。持此議的，是大學士蘇拜，該主張在清廷上下頗有市場。連當年舉薦施琅的李光地也認為，台灣島是可以拋棄的，至於荷蘭人要占，隻要他們願意納貢稱臣，也可以由著他們占。連收複台灣決心異常堅決的康熙帝，在戰事勝利後，竟然也認為“台灣彈丸之地，得之無所加，棄之無所損”。如果此議成真的話，這無疑是曆史的倒退；之前幾百年，數代人的心血，都將付之東流。
關鍵時刻，卻還是施琅挺身而出，在台灣收複後，他為康熙上了著名的“恭陳台灣棄留疏”，在這份事關台灣命運的奏疏中，施琅絲絲入扣，以他幾十年來對台灣的理解，全麵分析了台灣對於中國的意義，包括軍事上鞏固邊防的作用，經濟上其沃野千裏，對國民經濟的支撐，甚至地處黃金海域，巨大的商業價值。奏疏中的每一個理由，都以他親身的見聞經曆為佐證，包括當年的海商經曆，海洋征戰，在各家勢力間的反複輾轉，更包括了荷蘭人、西班牙人、葡萄牙人、日本人，不同勢力與它發生的戰火糾葛，這是一份詳細闡述台灣曆史的著名奏疏，以一個老將軍沉浮海洋的一生為佐證，證明一個簡單的道理：台灣，是中國領土不可分割的一部分。
清王朝收複台灣的戰役，真正的戰鬥隻有一戰，前後不過兩個月，而事後關於台灣命運的爭論，卻長達八個月，幾乎所有康熙朝的著名人物都牽涉進來，每天口水滿天飛的爭吵。到了康熙二十三年（1684年）四月二十一日，這場爭論也終於有了結果：依施琅奏議，清政府在台灣設台灣府，下設台灣、鳳山、諸羅三縣，繼承了南明時期鄭成功在台灣的建製，以中央政府的名義設機構統治。這以後的台灣，進入了它又一個黃金時期。在經過了戰後早期的“回大陸潮”（移民紛紛返回大陸）後，更多的沿海移民進入台灣島，至清朝乾隆年間，台灣島的人口已經突破了百萬人。而其經濟貿易，也和大陸貿易圈連接在一起。兩岸之間商船遊走頻繁，貿易繁榮，台灣的物產遠銷各省。這個五千年來中國領土中的蠻荒之地，至此已成中國國土密不可分的東南重鎮。18世紀清朝重行“海禁”前的台灣，依然延續了它在東亞貿易圈中的特殊地位，更有了大陸的堅固依托，兩岸的經濟、文化，從此更成為難斷的血脈。
戰後的施琅，也得到了清政府的表彰，被晉封為“靖海侯”，並永鎮福建水師。之後施琅在台灣招納人才，穩定人心。並力主解除海禁，發展工商業。雖然也有過壟斷貿易，掠奪田產之類的劣跡，但因他不世的功勳，依然有理由得到尊重。
然而他做的最值得尊重的一件事，是在康熙二十二年（1683年）八月二十二日，即收複台灣戰役結束的伊始，那時候的施琅，是剛剛打贏一場戰爭的勝利者。全島上下，上至明鄭王室，下至官民百姓，對他無不恭恭敬敬。可謂威風到了極點。
然而就是那一天，一直威風的施琅，卻莊重地更衣、備禮，不坐轎、不騎馬，步行出發，來到了一個地方，焚香，叩拜，獻禮，恭恭敬敬，來拜見一個人，一個他念念不忘數十年的仇人，卻也是一個給予了他一條道路，並令他奮鬥終生的前輩。
他到的地方，叫國姓爺廟。他拜祭的人，是鄭成功。
自南安侯（鄭芝龍）入台，台地始有居民（大量泉、漳移民）。逮賜姓（鄭成功）啟土，世為岩疆，莫可誰何！今琅賴天子威靈，將帥之力，克有茲土，不辭滅國之誅，所以忠朝廷而報父兄（應為“父弟”）之職也。但琅起卒伍，於賜姓有魚水之歡，中間微嫌，釀成大戾。琅與賜姓，剪為仇敵，情猶臣主。蘆中窮士，義所不為。公義私恩，如是而已！
追隨過他的身影，分享過他的光輝，衝撞過他的威嚴，逃避過他的憤怒，怨恨過他的絕情。然而沉浮起落，戎馬奔波，卻最終走上了和他一樣的道路，奮鬥著他所曾奮鬥過的事業。
直到此時此刻，相逢，未笑，恩仇卻早已盡泯。因為殊途同歸的他們，都是中華子孫。