唐代“安史之亂”後，中國佛教的其他宗派，如禪宗、律宗、淨土宗等均已進入南嶽衡山，特別是南派禪宗的興起，占據了中國佛教的半壁江山，於是天台宗的聲勢大不如從前。到了唐末，天台宗內部紛爭不已，九祖荊溪湛然八傳至宋代的四明知禮(960—1023)以後便分為山家和山外兩大流派，其中山家為四明正宗，其傳承不斷。在南嶽衡山的天台宗一派，至宋代衰落後，一直到了晚清才出現了短暫的中興，高僧迭出。天台宗第40代高僧默庵(1840—1897)，曾主持南嶽祝聖、福嚴、大善等寺。他對中國佛學各派能融會貫通，對天台宗的經論有其獨到的見解。一生著述頗豐，弟子遍及湖湘大地，深受南嶽僧俗的尊崇。默庵的弟子超有，助其師振興大善寺，使大善寺列為南嶽衡山著名佛教叢林之一。與默庵同時及其以後，天台宗在南嶽的名僧還有海岸、維持、天然等人。
二、南禪、“祖源”、磨鏡台
佛教傳入中國之後，經過幾百年的改造，逐漸變成了能適應中國封建社會主流發展的中國化了的宗教。在隋唐時期，中國佛教形成了八大宗派。在八大宗派中，禪宗是後來興起的，但是，它卻是在中國佛教史上力量最大、影響最深遠的一個宗派。中國佛教宗派的興起與形成，一方麵與寺院經濟的興起和佛教理論改革分不開，另一方麵也與統治階級的支持和利用分不開。所謂“教興寄在帝王”正好說明了這一問題。這種變化實際上是中國佛教不斷進行自身改革的結果。禪宗的出現，就是中國佛教本身的一次重大改革。隨著唐王朝大一統局麵的形成，統治階級總是利用宗教作為一種不可或缺的精神支柱和統治、駕馭百姓的一種工具，而宗教也必須全力爭取統治階級的支持，才能得以生存與發展，二者是互相聯係、密不可分的。
禪宗因其主張用禪定來概括佛教的全部修習而得名，他可以說是一個完完全全由中國獨立創立起來的佛教宗派。禪宗最重所謂的“祖統”和“法嗣”，它把梁武帝時從印度來華弘法傳道、有著“一葦渡江”傳說的菩提達摩奉為始祖。達摩傳慧可，稱二祖，以下依此遞傳為：三祖僧璨、四祖道信（580—651）、五祖弘忍(601—674)，是為早期禪宗五祖。弘忍的主要弟子有10人，其中最著名的是神秀（?—706）和慧能(638—713)，分別為北派禪宗和南派禪宗的創始人，故有“南能北秀”之說。北派禪宗強調“拂塵看淨”，力主漸修，要求打坐“息想”，起坐拘束其心。以其謹守《楞伽經》及傳統師教，缺少發展和創新，隻是靠武則天的崇重和徒眾的繁盛，才擴大了禪宗的勢力和影響。所以，經唐中宗、唐睿宗之後，就逐漸衰落下去，世稱為“漸悟派”。南派禪宗提倡心性本淨，佛性本有，覺悟不假外求，不讀書，不禮佛，不立文字，強調“以無念為宗”，認為“即心是佛”，隻要明心見性，就可以頓悟成佛，故世稱為“頓悟派”。由於南宗不主張坐禪，認為隻要心誠，一經頓悟，即可成佛，其理論和修行方法都簡單易行。這些理論對於那些長年打坐、背誦佛經的沙門來說，既省錢又省力；對於統治者來說，這種學說極易領會和利用，是深受歡迎的；對廣大信徒來說，“頓悟說”比“漸悟說”更具有吸引力。因此，南宗一派很快取代了北宗的地位，成為中國佛教禪宗的主流。南宗的勢力和影響，逐漸擴展到全國，不但受到唐王朝的重視，而且在士大夫和百姓中得到廣泛傳播。在這個意義上來說，慧能是禪宗的真正開創者。南嶽衡山的禪宗，不僅幾乎全是南宗一派，更重要的是南嶽衡山還是南派禪宗的發源地之一。
南派禪宗在六祖慧能門下，有南嶽懷讓(677—744)和青原（今江西吉安）行思(?—740)兩大係。南嶽懷讓後來被尊為禪宗七祖，死後封贈為“大慧禪師”。石頭希遷接受了青原行思的衣缽而被尊為禪宗八祖。他倆人都是以南嶽衡山為中心，先後在福嚴寺、南台寺住持，弘揚佛法，不僅使南派禪宗迅速發展，而且自南向北，其傳承遍及海內外，並遠至朝鮮和日本。
禪宗南嶽一係，由懷讓所創。懷讓，俗姓杜，唐金州安康（今陝西安康）人。武則天天授二年(691)出家，先在荊州玉泉寺依弘景學習律宗，無所收獲。再去嵩山慧安處學禪，亦不得要領。最後來到韶州（今廣東韶關）曹溪拜禪宗六祖慧能為師，在慧能身邊學法並服侍慧能近15年，“深領頓悟法門之要旨”。唐玄宗先天二年(713)，慧能圓寂，懷讓離開曹溪來到南嶽衡山，住持般若寺（今福嚴寺）觀音台，以此為道場，宣揚禪宗的頓悟之說。但是，懷讓在般若寺並沒有公開地收徒開壇，講經說法。隻是帶著為數不多的弟子在一起修行，傳授禪法，研究佛理。懷讓在他的弟子中，對馬祖道一的評價最高，而最終發揚光大禪宗南嶽一係的也正是這位馬祖道一。
道一(709—788)，唐代漢州什邡（今四川什邡）人，俗姓馬，故稱為馬道一或馬祖道一。馬道一本是北派禪宗僧人，於唐玄宗開元年間從四川來到南嶽衡山，在離懷讓大師住持的般若寺約一裏許的地方結成茅庵（即後來著名的“馬祖庵”），終日習禪，打坐修行。懷讓看出這個沙門是個“法器”，能成正果，於是便來啟迪點悟馬道一。根據《佛教經籍選編》(36)之《古尊宿語錄》卷一的記載：懷讓“一日將磚於庵前磨，馬祖亦不顧。時既久，乃問曰：‘作什麼？’師雲：‘磨作鏡。’馬祖雲：‘磨磚豈能成鏡？’師雲：‘磨磚既不能成鏡，坐禪豈能成佛！’祖乃離座雲：‘如何即是？’師雲：‘譬牛駕車，車若不行，打牛即是，打車即是？’又雲：‘汝學坐禪，為學坐佛？若學坐禪，禪非坐臥。若學坐佛，佛非定相，於無住法，不應取舍。汝若坐佛，即是殺佛。若執坐相，非達其理。’馬祖聞斯示誨，豁然開悟，禮拜問雲：‘如何用心即合無相三昧？’師雲：‘汝學心地法門，如下種子，我說法要，譬比天澤，汝緣合故當見其道。’馬祖雲：‘道非色相，雲何能見？’師雲：‘心地法眼，能見乎道，無相三昧，亦複然矣。’祖雲：‘有成壞否？’師雲：‘若以成壞聚散而見道者，非也。聽吾偈曰：心地含諸種，遇澤悉皆萌，三昧華無相，何壞複何成。’馬祖一蒙開悟，心地超然。”馬道一於是徹悟，向懷讓執弟子禮，搬進觀音台，跟隨懷讓學禪10年，精通南派禪宗學說之玄妙。
這就是中國佛教禪宗曆史上懷讓在南嶽衡山磨鏡台傳道點悟馬道一的著名故事。當年懷讓磨鏡開悟馬道一的盤石至今依然存在，磐石上刻有“祖源”兩個大字，其徑約二尺許，為明代以前的石刻。這兩個字的意思是說，馬道一就是在這裏接受了懷讓的點化和禪宗的“頓悟”之說，而後才被稱為“馬祖”的。離磨鏡台不遠，就是七祖塔，即懷讓大師墓。墓前原來有唐代名相裴休題寫的“最勝輪塔”碑。馬祖道一在附近創建的草庵，後來被臨濟宗僧人重建，命名為“馬祖庵”，因為馬祖受法於懷讓，故又名“傳法院”。
懷讓於唐玄宗天寶三年(744)圓寂，被唐敬宗封贈為“大慧禪師”。馬道一於唐肅宗(756—762)時先後到福建、江西一帶宣揚南禪的頓悟之說。唐代宗(762—779)時住洪州（今江西南昌）開元寺，門下僧徒雲集，被尊為江西“馬祖”，創立了“洪州宗”。人稱“江西主大寂，湖南主石頭”，與南嶽衡山的石頭希遷為當時並世的兩大禪宗領袖人物。唐德宗貞元四年(788)，馬道一圓寂，被唐德宗封贈為“大寂禪師”，清代雍正帝又加封為“普照大寂禪師”。馬道一的入室弟子共139人，均各為一方宗主，禪宗南嶽一係自此得到了極大的發展。
馬道一的首座弟子為百丈懷海（720—814）。懷海，福州長樂（今福建長樂）人，俗姓王，幼年出家，師事馬祖道一，為入室弟子。唐德宗興元元年(784)，居洪州百丈山（今江西奉新縣）闡述禪法。以前禪師一向多居律寺，懷海認為禪宗與律宗的習慣不同，開始創建禪林（院），立叢林法規，即禪宗著名的《百丈清規》，並提倡沙門“一日不作，一日不食”的農禪製度。叢林製度一經興起，對於禪宗及各佛教宗派學說的發展與融合，對佛教寺院的建設，都有著不可估量的影響。正因為如此，百丈懷海也就成為禪宗祖師殿中與達摩祖師、六祖慧能兩位並列在一起而受人供奉的顯赫人物了。
在百丈懷海門下有溈山靈祐(771—853)在潭州溈山（今湖南寧鄉），靈祐的弟子慧寂(807—883)在袁州的仰山（今江西宜春），先後發揚禪宗，師徒唱和，相互契會，自成一家，形成了中國佛教禪宗五家之一的溈仰宗；懷海的另一位弟子黃檗希運(?—855)傳至臨濟義玄（?—867），義玄住鎮州（今河北正定）臨濟院，其禪風痛快峻烈，以“當頭棒喝”著稱，創立中國佛教禪宗五家之一的臨濟宗；臨濟宗經數傳至石霜楚圓(986—1039)，因住湖南瀏陽石霜山而得名，石霜楚圓生前被時人稱為“西河獅子”，聲譽極高，圓寂後，被宋仁宗趙禎封贈為“慈明大師”。再傳黃龍慧南(1002—1069)。慧南因住隆興府（今江西南昌）黃龍山而得名，俗姓章，信州玉山（今江西玉山）人，11歲出家，受法於石霜楚圓，其禪風以嚴厲痛快著稱，圓寂後被宋徽宗趙信封贈為“普覺禪師”，創立了臨濟宗中的黃龍派；石霜楚圓的另一弟子楊歧方會(992—1049)，因住袁州楊歧山（今江西宜春）而得名，俗姓冷，在楊歧山創立了臨濟宗中的楊歧派。