李時珍從雨湖引來一股湖水，美化院落，使得這一座幽雅的宅院裏有花有水，生意盎然。不僅家裏就有清溪流水、花草繁茂，推開窗戶，還能看見碧綠清澈的雨湖，望見湖上飄滿的點點漁帆，聽到悠揚的漁歌和小鳥的鳴叫。李時珍引用《詩經》裏“考般在阿，碩人之過”（碩人為盛德之人，過為寬厚的意思）兩句詩的立意，在自己的門前題了“過碩館”三個大字。同時，給自己取了個別名叫“瀕湖山人”，借以抒發無官一身輕，專心致誌著書立說的抱負。
李言聞為了支持兒子完成重編《本草》的大業，將自己多年積累的大量資料和撰寫的幾十卷著作，全交給了李時珍。老人還抱病與兒子一起探討醫學、藥學中的各類問題，審閱兒子的著作，他相信兒子能為李家給後世作出驚人貢獻。
李時珍精心照料父親，使父親的病開始好轉。在此時間裏，他完成了《瀕湖醫案》、《三焦客難》、《命門考》、《五藏圖經》、《瀕湖脈學》、《奇經八脈考》等著作。這些著作都凝聚著李時珍父子之間的深情厚誼。比如，《瀕湖脈學》就是李時珍在父親《醫學八脈法》、《四診發明》的基礎上寫成的。
中醫的脈學，自《內經》開創以來，曆代都有論述。東漢張仲景對評脈的辨證論述，散見各篇，未成專著。兩晉王叔和著有脈經12卷，因時代久遠，散失太多，到《舊唐誌》隻留下兩卷。李時珍本著“涉獵群書，搜羅百代”的治學精神，除廣收經典外，還涉及上自太倉、啟玄、叔和之學，下至唐宋金元諸名流脈學著作達48家之多，在此基礎上刪繁就簡，寫成了集脈學著作大成的《瀕湖脈學》。第一次以27脈“歌訣”及“四言舉要”，解決了通俗切用的難題，並批判了《脈訣》的謬誤。
《瀕湖脈學》全書僅2萬多字，然而字字斟酌，深入淺出，句句通俗，且俗不傷雅。以脈論醫，明理切用，音韻協調，易讀易記，故風行天下成為後世脈學的指南。我們今天全國中醫院校的脈學教材，大多取材於這本經典著作。
在這個時期裏，李時珍還寫了《命門考》、《奇經八脈考》等著作。
與此同時，他對《內經》、《抱樸子》、《千金要方》等古籍，以及藥王廟中的針灸銅人進行了深入的研究。
明代嘉靖四十三年（公元1564年），李言聞舊病複發，醫治無效去世。臨終前，他囑咐李時珍要克服困難，盡快地將《本草》重修好。
幾年以後，李時珍同哥哥李果珍一起，將父親與去世已久的母親張氏合葬在雨湖畔的蟹子地。至今，這座合葬墓還在美麗的雨湖之濱。
8.浪跡天涯為《本草》
明代中葉以後，講求實際，崇尚實踐，主張經世致用的社會思潮興起，王陽明的“知行合一”、“知行並進”的觀點，對李時珍有很大的影響。所以，在重修《本草》時，他就強調，本草雖曰“醫家藥品，其考釋性理，安吾儒格物之學”，他主張：“醫者貴在格物”。所謂格物就是推究事物的道理。在這種思想的指導下，李時珍決定深入到窮山僻壤、荒山野地、販夫走卒、平民百姓中去實地考察，訪采四方，取得第一手資料。
父親逝世後，明代嘉靖四十四年（公元1565年），李時珍時年47歲，開始了籌劃已久的“搜羅百世，訪采四方”之行。他帶著徒弟龐憲和次子建元出去作藥物查訪。龐憲曾患重病，經李時珍診治，無恙後拜李時珍為師。他為人忠厚老成，踏實肯幹，又聰慧伶俐，不僅醫學上長進快，而且藥學上也很有見識。李時珍因陪父治病，不能分身，龐憲常受李時珍之托，到各地采集許多藥物標本。次子建元，擅長繪畫，可以幫助李時珍現場繪製藥物標本圖樣。
他們三人結伴從蘄州出發，先到漢陽，然後取道襄河北上。他們有時搭船，有時乘車，有時徒步，有時雇毛驢騎著漫遊。三人每天行止不定，遇到藥物樣本多的地方，就細心考察，多采一段時間；沿途遇到病人，就停下給人看病，管治不收錢；遇到販夫、走卒，鈴醫，三三五五一起同行，可以提供單方、草藥、醫療信息的，就向他們請教，收集可以采錄的資料。因此，他們往往是走走停停，住宿也無一定，全隨考察需要而定。
有一次，李時珍三人乘坐一條漁船出去搜集資料，一位老漁夫聽說李時珍是郎中，就從魚簍中提起一條半大的鯉魚問李時珍：“郎中先生，你說說，這麼大的鯉魚能治什麼病？”李時珍謙虛地說：“我知道一些，但是不全。請大伯告訴我。”