老漁夫說：“這麼大的鯉魚，用它煮著吃，可以治咳嗽，利小便。用來熬粥可以治突然發作的耳聾；用三升醋煮一條大鯉魚，熬成汁吃，可以消水腫；用鯉魚血，可以治小兒火瘡；把鯉魚的腸子燒成灰可以驅逐爬進耳朵裏的小蟲子；用火焙幹研成末，用涼開水衝服，可以治卡在喉嚨裏的魚刺，那魚刺會自動跳出來，可神了。”
李時珍笑著說：“老伯前麵講的，我聽說過一些。最後兩條，我還真不知道。不過以後我會找機會試試。”李時珍凡事都實事求是，知道的就說知道，不知道的就說不知道，從不說假話。
有一回，李時珍為了搞清楚“舍命吃河豚”到底是怎麼回事，向一位漁民請教。這位漁民為了報答李時珍給他治好過重病的恩情，特別做了一道鮮魚給李時珍吃。這條魚肉質又細又嫩，味道實在鮮美。吃過後，漁民才告訴李時珍說這是河豚，李時珍第一次領略到河豚的可口，隻是他仍不知為什麼叫“舍命吃河豚”。漁民告訴李時珍，吃了河豚的脂油、內髒，會使人舌頭發麻；吃了河豚的魚子，會使人的肚子發脹；吃了河豚的眼睛，會使人眼睛發花。總之，吃河豚不得法，就會送命的。李時珍根據漁民介紹的經驗，他使用“油麻，子脹，眼睛花”的諺語來告誡人們，吃河豚千萬要小心，這些部位不清除幹淨，吃了就會中毒，甚至死人。
李時珍還親自下過煤窯，到過煉鉛煉汞的作坊，研究礦山工人中毒現象和職業性疾病。他把許多植物連根采回來仔細研究比較，發現萃、蓴、萍屬同一類，豬羔草、稀薟草、地菘也屬於同一類。李時珍從藥農那裏搞清楚了澤漆和大蛾不是曆代本草記載的那樣是同一藥物，而是兩種藥物。他從道士那裏學習了異汞、土黃（砒劑）的製作方法和藥用價值；他從鈴醫那裏知道了麻黃、蟾酥毒的藥用方法；他從獵人漁夫那裏知道了許多動物髒器的藥用價值。李時珍、龐憲、李建元三人背著藥筐，到山林、田野、江湖、工礦去觀察、采集藥物標本，廣泛收集民間治病的經驗，虛心向各地老百姓學習、請教。農民、漁夫、獵人、樵夫、藥農、果匠、工匠、礦工、串街鈴醫、山野道士，都成了他們的老師和朋友。
有一次，李時珍借住在一戶人家，這戶人家有個小孩，臉頰發黃腫脹，一副無精打采的樣子。李時珍心想，從外表看，這小孩可能得了“小兒積食”，等這次上山采藥回來，得空給這小孩子治治。
十來天後，李時珍一行三人從山上回來了。李時珍正惦著給這孩子治病呢，誰知道他發現孩子走近他時，竟然紅光滿麵，歡蹦亂跳沒有一絲病容了。李時珍好生奇怪，便忙問孩子的父親：
“大叔，你這孩子服過什麼藥，好得這麼快？”
這個四十開外的莊稼漢，回答得十分幹脆：“這孩子沒有服過什麼藥。不瞞您說，我們家太窮了，哪來錢請郎中、買藥呢？”
李時珍十分納悶，又找來這孩子問道：“這十來天，你除了在家吃飯外，還吃過什麼東西？”
小孩搖搖頭，沒有說話。他把手伸進衣兜裏，忽然，好像想起了什麼似的：“啊，我想起來了。”一麵說，一麵從衣兜裏摸出幾個小紅果子來：“前幾天，我到山上玩，看見小樹上結著這種紅果子，摘下一嚐，酸甜酸甜的。這幾天我天天都上山摘它來吃。不信，你嚐嚐。”孩子把果子遞給李時珍。
李時珍接過果子一看，認出這是十分普通的野果——山楂。
小孩的父親見李時珍端詳山楂，便說道：“這幾天，見他衣兜裏常裝著這種果子，我沒在意。我也納悶，小孩的胃口怎麼好了，麵色也好多了，敢情是吃了這種果子吧。”
於是，李時珍在筆記裏，把孩子的病狀及吃了山楂的變化詳細地記了下來。山楂能開胃健脾，從此便被推廣開了。
明代穆宗隆慶元年（公元1567年），李時珍這時已年過半百，仍帶著徒弟和兒子繼續出外采藥。這一次，他注意搜集藥用植物標本，特別重視發現曆代《本草》中未曾記載過的藥物。凡是民間流傳采用的藥物，他都盡量搜集記載下來。比如朱砂，今天已是消熱解毒的重要藥物，就是當年李時珍第一個在民間發現，並記載入《本草》的；其他如月季花、鳳仙、玉簪、談竹葉等二百餘種新藥，都是李時珍從流散在民間、療效明顯的藥方中發現，作為藥材首次載入《本草》的。還有“三七”，李時珍是這麼介紹的：“此藥近時始出，南人軍中為金瘡要藥，雲有奇功。”並說：“凡是杖外傷損，淤血淋漓者，隨即嚼爛，咽之即止，青腫者即消散。”這說明當時軍隊中已用三七治療杖撲損傷的出血症。同時，對血崩、無名腫毒、虎蛇咬傷等症，療效也很顯著。三七作為一種重要的中藥材，自李時珍發現載入《本草》以來，至今一直是臨床研究的熱門藥材。