同時，由於地位不高，受到歧視，“歸化人”大量地進入到忍者這一行業。這些“歸化人”通常都定居京都，隨後有大量的人遷移到附近的伊賀或甲賀居住，所以這兩個地方忍術異常的發達。
此後曆經朝代變遷，至戰國時代，忍術發展進入了全盛期，徹底成為一種融合了兵法、武術、宗教，包羅物理學、藥草學、心理學等各門學科的獨特的綜合性技藝。
第四節忍者與武士
戰國時代中，雖然同為大名服務，不過忍者和武士的身份分別可謂天上地下，形象一點兒說就是忍者是家奴，而武士是家臣。
這也許與日本的兵家思想分化有關，在日本首部兵學著作《鬥戰經》誕生後，開始批判《孫子兵法》中的“奇正”思想。在《鬥戰經》看來，中國兵法與日本兵法的最大不同在於中國兵法以“詭譎”為本，而日本兵法以“真銳”為主。
一、《鬥戰經》與《孫子兵法》
《鬥戰經》極力推崇正攻戰法，對《孫子兵法》的“奇正”和謀略思想大加貶斥，它指出：“漢文有詭道，倭教說真銳。”它曲解了《孫子兵法》的謀略思想，認為“五事七計”、“奇正虛實”、“用間”等謀略思想都是出於對敵人的畏懼，說“孫子十三篇，不免懼字也”，認為謀略屬於一種怯懦，是應該從作戰中舍棄的。它強調兵法以“真銳”為本，認為正攻戰法才是用兵之道。
而作為《孫子兵法》思想衍生出來的忍術與忍者，他們最重要的政治貢獻是維持社會的平衡和協調。如果千軍萬馬的衝鋒是戰爭的正麵，那秘密截獲敵電或抓獲敵方長官本人就是對戰爭的一個否定、緩和或協調。這些被武士們稱做為“欺騙、膽小、變節”的行為，忍者則稱之為“策略、狡猾、機智”。所以，他們自然便為信奉正大光明的“武士道”的武士所不齒。日文的武士一詞，其本意是“侍者”，指貼身隨從，而一些武士也確實仍充此任。一個武士首先必須效忠於他直接的領主，如有必要則為其獻身，包括避免領主被俘或其他失職行為。為報答和獎賞武士的忠誠，領主們會授予他們土地或者任命他們為小規模莊園的管理者。
二、武士道
武士遵從一定的行為準則，也就是後來所謂的“武士道”。“武士道”的創始人山鹿素行說“大八洲的生成，出自天瓊矛，形狀和瓊相似”，用天瓊矛開創天地，“就是尊重武德，表揚雄義的緣故”。武士的責任，第一是擁護其主公的家業，第二就是擁護自己和家的生存。所以武士認定了自己的主要目的，就是“為主家”。這句話的真意，就是為主和他自己的家係家名而奮鬥。“輕生死，重承諾，重義氣”這種武士獨有的特性，固然由於武士階級的生活必要，但就精神方麵看來，許多年遺傳下來的生活意識所造成的道德和信仰也是使他們肯於犧牲自己的生命而為主家奮鬥的最關健因素。在封建時代，這種為保存家係而努力的事實和奮鬥的精神，是他們最被社會讚美的。
武士精神的本質在於極端和強烈，追求一步到位的作風表現在他們的任何細節中。轟轟烈烈和平淡如水都是武士道的外在表觀。最主要的還是他們心中有無限的驕傲，這執著的驕傲不屬於自信的範疇，而是日本幕府時代的獨特曆史造成的，同時也吸收了中國儒家（尤其是教條化的宋代理學）文化及禪宗的生死觀，武士道最核心的就是格外重視“名譽”，對武士而言，名譽比生命更重要，生死一線、生死大義都不過是看破人生本質後的履行而已，如果需要死便去擔當，決不苟且偷生，這並不是說武士普遍有赴死而往的教條，其實他們更看到了生的價值，不必要的時刻也決不輕言犧牲。武士為了維護自己的名譽，性命隨時可化為鴻毛，這也許是因為日本地域狹小，沒有回旋餘地，武士們遇到問題隻能像過了河的小卒一樣拚命向前。
有趣的是作為武士行為楷模的卻是中國的誌士，他們格外推崇南宋的忠臣們，如文天祥、陸文夫、張世傑，在大義麵前選擇殺身成仁和舍生取義是武士們最正常的反應。江戶時代的朱子學者淺見絅齋在《靖獻遺言》中列舉的八位“本朝武士之鑒”是：屈原、諸葛亮、陶淵明、顏真卿、文天祥、謝枋得、劉因、方孝孺，這八人的顯著特點是他們的尊皇忠君思想和個人修養，完全不計較自身利益。在實行明治維新之前的日本，很多武士在衝向對方陣地或戰敗自殺時，都喜歡高詠文天祥的不朽詩篇“人生自古誰無死，留取丹心照汗青”。