奈良時代，日本本土的古代神道文化與新傳入的中國佛教文化相互碰撞，繼而相互吸收、相互融合、漸成一體。由中國兵法衍生出來、混合著宗教教義的修驗道“山伏兵法”在這一時期形成並發展起來，忍術的種子在此時又吸收到新的養分。
修驗道的宗教活動以山嶽修行為主，人們通過山間苦行以期得到純淨的心靈和健康的體魄，各山嶽神社、寺院還在各自的修道場發放護身符、治療疾病、預測吉凶等等。修驗道保留了日本原始宗教中的咒術、巫術，並使它們成為民間的普遍信仰。日本古代的神道教融合了佛教及由中國傳來的新知識，形成了修驗道三種獨特的技能——“氣合術”、“催眠術”和“醫療術”。役行者小角是日本修驗道的開山鼻祖，傳說他38八歲入山，經三十年苦修，可役使鬼神，有起死回生之能。
奈良時代至平安時代，山伏兵法與由日本密教祖師空海上人傳入的密教思想相結合，山伏勢力得到很大的發展。
修煉修驗道的山伏善於山林作戰，他們利用地形之利，依中國的《孫子兵法》理念作集體防禦，而山伏的武器“金剛杖”的用法逐漸演變成後來的劍術和槍術，為後世的忍術所汲取。
到了奈良朝晚期，屬於謀略範疇的《孫子兵法·用間篇》在山伏手中演化成包含兵（兵法）、武（武藝）、忍（忍術）三個元素的綜合技藝。這種謀略手段和特殊體術的結合，使得忍術終於有了自己獨特的形式。
同時，忍術又吸收了“陰陽道”思想，並通過密教在全國範圍內發展壯大。比如，忍術中的“察氣術”——憑借直覺預測吉凶和感應周圍環境的本領，就是從“陰陽道”中學習而來的。
“陰陽道”也許是中國的易學、天文學、道術在日本的一種本土化。日本的“陰陽道”起源於中國百家爭鳴時期的“陰陽五行學說”。在蒙昧的科學洪荒時代，為了避免災厄，人們總是希望能預先得知天地的變遷，“陰陽五行說”的出現將這一願望變成了現實。其代表典籍就是自周朝流傳至今的《易經》。
公元6世紀，中國的陰陽五行學說混合了道教咒術與密教占術，傳入日本。在日本登陸後，又滲透了一些當地文化，於是便形成了獨特的“陰陽道”。不過當這個名詞正式出現在日本史料上時，已經是10世紀的事了。當時的“陰陽道”已有別於早期的中國陰陽思想，它兼具了占卜、祭祀、天文、曆法等的應用，上至國運皇命，下至庶民之事，都可用之來解釋。前文提到的聖德太子就是運用這門知識的佼佼者。篤信佛教的他在製定“冠位十二階”及服裝顏色時都曾考慮到陰陽五行的配合，對日本社會產生了極大影響，從此陰陽師成為熱門“職業”，轉入全麵興盛時期。
奈良時代，天皇決定以“陰陽道”作為統治人民的手段之一，將其相關的技術與人才收編為國家管理，並近距離監視其發展。一般百姓嚴禁擁有《河圖》、《洛書》、《太乙》等“陰陽道”的專門典籍，“陰陽道”成為國家的獨占工具。陰陽師開始以國家專屬的占術師身份出現，在整個平安時代發展到了巔峰。
陰陽師中最有名的莫過於安倍晴明了。安倍晴明是著名的遣唐使安倍仲麻呂的第八世孫，傳說晴明的母親葛葉是和泉園（今日本大阪）信太森林中的狐精，因而晴明繼承了母親強大的靈氣，並以準確預言花山天皇的讓位而名聲大噪。
據說，晴明不但擁有收妖伏魔的能力，還能聽懂鳥語，召喚“式神”為自己做事。滕蛇、朱雀、六合、勾陳、青龍、貴人、天後、大陰、玄武、白虎、大裳、天空皆為晴明召喚的十二神將，他們完全服從並保護其主人。經史學家推測，所謂“式神”就是安倍晴明手下的秘密情報組織，也就是忍者組織。晴明和密教、山伏關係密切，其中也有許多人是晴明的信徒，他可以通過這兩大教派遍布全國的信息網獲取有用的情報。世人都說安倍晴明能洞悉人心、無所不知，其中的奧秘即在於此。
四、手工藝中的忍術
同時，由外地人傳入的科技也影響了忍術的產生：例如中國的火藥很早就傳入了日本。其他的手工藝人，例如製造工藝品的師傅、耍玩偶的師傅等也紛紛來到日本。
日本的手工藝人對其國家封建時代的文化發展貢獻極大。他們製造工具、廟堂、刀槍，佛珠、紙張以及碗筷。他們的作品簡樸自然，實用而又漂亮。
匠人們為武士製作的劍器和鎧甲尤其引人注目。日本人認為精心打造好劍的匠人能夠把自己的人格融入其作品之中。比如，關於一位名叫村正的匠人就有一個特殊的說法：他所鑄造的刀劍總是會為他的主顧帶來災難和殺身之禍。據說，當一把他製造的劍被置入溪中時，迎麵漂來的樹葉被一切兩半。而當另一位正宗的神奇匠人製造的劍被放入溪中時，迎麵漂來的樹葉都自動繞道而行，似乎是要表示尊敬。人們說，村正惡毒，正宗善良。
他們的技藝後來都對忍術有一定的影響，忍者也常用許多民間賣藝身份去從事諜報工作。因為古代日本很落後，所以日本政府非常歡迎來自科技文化高度發達的中國的移民到日本定居，因而受到中華文化熏陶的朝鮮人也受到歡迎，日本人把這些移民叫做“歸化人”（雖然歡迎，但還是歧視他們，移民很難進入上流社會，而且不能沿用原居住地的語言和文化，必須改成日本姓名並使用日語）。這些古代的技術移民將大量的先進科學技術和文化知識帶到了日本，例如製造陶器、盔甲、服裝技術以及決定性地促進了日本忍術發展的中國武術。